- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •Глава 1. Введение.
- •1.1. Физика и биология
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
3.9. Простые и сложные белки
Если белки кроме полипептидных цепей содержат компоненты неаминокислотной природы, то они являются сложными.
Небелковая часть называется простетической группой, а белковая часть – апопротеином.
Сложный белок называется холопротеином. Простетической группой могут быть органические вещества, ионы металлов, углеводы, липиды и т. п.
3.10. Химические реакции пептидов
Для свободных аминоконцевых групп пептидов характерны те же реакции, что и для свободных аминокислот:
ацетилирование – это замещение водорода в органическом соединении остатком карбоновой кислоты RC = О. Это значит, что эти реакции можно использовать для определения белков.
СOОН-концевая группа белков, как и свободная группа в аминокислотах, может этерифицироваться (восстанавливаться). Этерификация – это получение эфиров из кислот и спиртов:
RCOOH+R’OH RCOOR’+H2O
реакция обратима (H2SO4 связывает воду).
NH2-концевой остаток белка также количественно реагирует с нингидрином, с образованием окрашенных продуктов, как и свободные аминокислоты. Это используется для обнаружения и количественного определения пептидов (белков) при разделении их хроматографическим методом.
Широко используется известная реакция для белков (но не для свободных аминокислот) – биуретовая реакция. В результате обработки белка CuSO4 в щелочном растворе образуется комплексное соединение Cu2+ и белка окрашенного в фиолетовый цвет. Концентрацию белка в этом комплексе можно определить с помощью спектрофотометра.
3.11. Кислотно-основные свойства белков
Эти свойства нативных белков зависят от числа ионизированных боковых групп (R- групп): α-амино- и α-карбоксильная группы не вносят существенного вклада в эти свойства.
Свойства зависят от типов остатков и их последовательности. Для белков характерны определенные изоэлектрические значения рН, при которых они (белки) в целом не несут электрического заряда. В изоэлектрической точке значение рН определяется числом ионизированных R-групп, а также их рК. Это значение будет больше 7, если белок содержит большое число остатков основных аминокислот, и меньше 7, если в белке содержатся кислые аминокислотные остатки (глутаминовая, аспарагиновая кислоты).
У большинства глобулярных белков изоэлектрическая точка лежит в интервале рН 4,5-7. Из кривых титрования можно определить знак и величину суммарного заряда этого белка при любом значении рН. При значениях рН, лежащих выше изоэлектрической точки белок будет обладать отрицательным зарядом. Этот заряд будет увеличиваться с возрастанием рН в соответствии с кривой титрования, и наоборот.
рН изоэлектрической точки может существенно измениться при изменении концентрации солей в растворе, которые по-разному влияют на степень ионизации боковых групп.
3.12. Осаждение белков в виде солей
Большинство белков можно осадить из водного раствора добавляя кислоты (хлорную, 3-CL-уксусную кислоты), которые образуют с белками кислотонерастворимые соли. Эти реактивы используют для “осветления” биожидкостей и клеточных экстрактов, когда проводят анализ содержания низкомолекулярных компонент раствора. Осаждают белки метафосфорная, вольфрамовая и фосфо-вольфрамовая кислоты. Белки можно осадить и с помощью высоких концентраций солей.
