- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •Глава 1. Введение.
- •1.1. Физика и биология
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
Модуль упругости
идеальной цепочки, растягиваемой за
концы силой f:
и
(
).
Упругость обусловлена тепловым движением, т.е. флуктуациями конформаций, а флуктуации в клубке имеют макроскопический характер. Отсюда следует, что упругое поведение клубка должно зависеть от его общего размера Rl•N (для идеальной цепи =1/2, для цепи с исключенным объемом =3/5), но не от каких-либо микроскопических параметров звеньев. Поскольку для реальных цепей с исключенным объемом =3/5, видно, что hN в степени больше единицы: hNr, (r>1)
Этот результат имеет простой физический смысл: в реальной цепи связи воспринимают не только внешнюю нагрузку, как в идеальной цепи, но еще и расталкивающее действие межзвенных контактов. Для реальной цепи =3/5 получается нелинейная зависимость растяжения от силы hf2/3, т.е. мы видим, что полимерный клубок с исключенным объемом ведет себя под действием внешней нагрузки совсем не так, как идеальная цепь.
Анализируя эти рассуждения, можно отметить, что главным явилось предположение о том, что из всех характеристик клубка упругие свойства зависят лишь от его общего размера lN, т.е. что этот размер является единственным характерным масштабом клубка. В этом предположении заключена так называемая гипотеза масштабной инвариантности, или скейлинга (scale – масштаб). Теории, основанные на этой гипотезе, называются скейлинговыми. Самым важным в скейлинговых теориях является учет флуктуаций плотности звеньев.
2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
Макромолекулы создают избыток давления со своей стороны от мелкопористой перегородки (давление растворителя с обеих сторон одинаково). Этот избыток и есть осмотическое давление.
В разбавленном
растворе (с<<c*)
не перекрывающихся клубков (с
– концентрация полимера в растворе,
с*
- концентрация полимера в клубке)
осмотическое давление – это избыток
давления за счет давления клубков на
перегородку. Поскольку число клубков
в единице объема пропорционально с/N,
осмотическое давление:
,
N>>1
(число звеньев).
Когда концентрация полимерного раствора достигает с*, клубки начинают перепутываться и в полуразбавленном растворе при c>>c*, отталкивание звеньев дает больший вклад в давление, чем поступательное броуновское движение целых клубков.
По теории Флори для осмотического давления получили бы kT•Bc2 (В – второй вириальный коэффициент, B=a3, a – размер звена).
Согласно скейлинговым рассуждениям клубки имеют единственный характерный макроскопический размер – размер R клубка как целого. Тем самым есть лишь одна характерная концентрация N/R3c* и поэтому осмотическое давление:
,
где f – функция, которую и требуется определить.
В полуразбавленном
растворе, т.е. при с/с*>>1
было установлено: f(с/с*)(с/с*)5/4,
т.е.
.
Иными словами, был получен существенно отличающийся от теории Флори результат. Причина расхождения заключается в том, что в теории Флори флуктуации концентрации звеньев никак не учитываются. Разбавленные и неразбавленные растворы полимерных клубков сильно флуктуируют, и пренебрежение флуктуациями для этих систем приводит к значительным ошибкам.
Скейлинговые рассуждения есть, по сути дела, простой способ получить результаты точной флуктуационной теории. Эксперименты полностью подтвердили скейлинговую формулу с9/4 (а не kTBc2kTa3c2, а – длина звена).
С ростом концентрации различие этих результатов уменьшается. Это указывает на то, что по мере концентрирования роль флуктуаций уменьшается, в концентрированном растворе они вообще несущественны.
