Билет 26

1. Рентгеноструктурные исследования нк. Модель двойной спирали днк.

Структура двойной спирали ДНК была предложена Френсисом Криком и Джеймсом Уотсоном в 1953 году на основании рентгеноструктурных данных, полученных Морисом Уилкинсом и Розалинд Франклин, и «правил Чаргаффа», согласно которым в каждой молекуле ДНК соблюдаются строгие соотношения, связывающие между собой количество азотистых оснований разных типов.

Существует несколько форм ДНК:

А-ДНК - правозакрученная компактная спираль. Возникает при дегидратации. 11 оснований на виток, диаметр 23 Å.

B-ДНК - правозакрученная спираль при 100% гидратации. 10 оснований на виток с поворотом каждого нуклеотида на 36^o. Диаметр 20 Å. Та самая, которую предсказали Уотсон и Крик. Предполагают, что в А-форме ДНК выполняет роль матрицы в процессе транскрипции (синтез РНК на молекуле ДНК), а в В-форме – роль матрицы в процессе репликации (синтез ДНК на молекуле ДНК).

C-ДНК - правозакрученная спираль, возникает при низкой влажности и наличия таких ионов, как литий и магний. 9.3 оснований на виток, диаметр спирали – 18А.

Z-ДНК - левозакрученная спираль с 12 основаниями на виток. Содержит нуклеиновые основания как в анти, так и в син-конфигурации (син – сахар и нуклеиновое основание находится в одной плоскости, друг над другом, анти – гликозидная связь развёрнута и основание и сахар не перекрываются).

2. Рестриктазное картирование днк с использованием концевой метки. Картирование последовательностей с помощью двух рестриктаз.

Многие рестриктазы отличаются супермегавысокой специчностью, что позволяет точно определять сайты гидролиза. В частности, самый простой рутинный способ убедиться, что перед тобой ожидаемая плазмида – порезать её несколькими рестриктазами и посмотреть на агарозном форезе.

Существует ещё более точный метод – картирование с использованием концевой метки. В данном примере необходимо определить местонахождение сайтов PstI. Берут плазмиду, режут ещё сначала по одному уникальному сайту. В данном случае EcoRI. Производят фосфорилирование концов с 35-м изотопом фосфора. Режут уже линейную молекулу по второму уникальному концу. Итого, получили фрагмент, содержащий на 3’ конце радиоактивную метку. Добавляют эндонуклеазу рестрикции PstI и проводят частичный (!) гидролиз. Продукт реакции наносят на агарозный форез и авторадиографируют.

Билет 27

1. Олиго- и полинуклеотиды. Нк дезоксирибо- и рибо-ряда. Межнуклеотидные и n-гликозидные связи - сходство и различие в составе днк и рнк.

Олигонуклеотид — короткий фрагмент ДНК или РНК, получаемый либо путем химического синтеза, либо расщеплением более длинных полинуклеотидов .

Нуклеотиды являются сложными эфирами нуклеозидов и фосфорных кислот. Нуклеозиды, в свою очередь, являются N-гликозидами, содержащими гетероциклический фрагмент, связанный через атом азота с C-1 атомом остатка сахара.

В природе наиболее распространены нуклеотиды, являющиеся β-N-гликозидами пуринов или пиримидинов и пентоз — D-рибозы или D-2-дезоксирибозы. В зависимости от структуры пентозы различают рибонуклеотиды и дезоксирибонуклеотиды.

Фосфатный остаток в нуклеотидах обычно образует сложноэфирную связь с 2'-, 3'- или 5'-гидроксильными группами рибонуклеозидов, в случае 2'-дезоксинуклеозидов этерифицируются 3'- или 5'-гидроксильные группы.

Какие различия в межнуклеотидных и гликозидных связях – не знаю.