3) Ацитилирование гистонов. Впервую очередь аш3 и аш4.

фермент HAT (ацетилтрансфераза) . вытаскивает н-концы. Низкоацилированые гистоны – молчащий хроматин.

HDAC – снимает ацилирование – снижение транскрипционного уровня.

Интенсивность транскрипции – баланс этих ферментов.

Ацетилтрансфераза так же божет ацилировать другие белки. FAT – ацитил трансфераза факторов.

Сверх работа HAT – рак.

Момимо ацилирования гистоны подвержены другим модификациям. Гистоновый код. = эпигонетика.

Могут быть фосфорилированию, метилированию, адф рибозилированию, убиквенитированы, ацетилированы. Набор этих модификаций = гистоновый код. Есть белки которые способны распознавать эти особый гистоны. Бромо домер (белок TF2) он распознает ацитилированный гистон аш3. Этот белок может начать транскрипцию. Есть белки несущие хромодомен. (HP1) эти белки распознают метелированные гистоны и это маркер неактивного состояния хроматина,.

Модель работы белковых комплексов – читатель или писатель.

С комплексом читатель связывается писатель который расптространяет соседнию метку. Последовательности инсуляторы – барьерные – препяствуют распространению сигнала. Могут работать особые барьерные белки, которые связаны с хроматином, барьерные белки, которые конкурируют за данную модификацию.

Примером активации транскрипции является цАМФ. Включаются гены, у которых в промотере, перед промотором – регуляторный участок. Для цАМФ – это CRE регуляторный участок. ЦАМФ активируе протеинкиназу А, она фосфорилирует белок, которые связывается с CRED, потом чето еще потом HAT которая запускает транскрипцию. Отличие в геноме человека и шимпанзе – 1,2%. А отличия в уровне метилирования ЗНАЧИТЕЛЬНО выше. Метилированные гены умолкают. Осуществляют экспрессию генома 3 фермента : Рнка полимера 1 РНК полимераза 2 РНК полимераза 3 Различаются по реакции с ядом бледной поганки – альфа-аманитин. 2 – очень чувствит. 1 – не чувствит. 3 – умеренно чувствит. РНК полимераза 1 – синтез рибосомных РНКа 2 – синтез информационной 3 – синтез остальных например Т РНК полимера 1. В результате ее работы формируется ядрышко. Функции ядрышка – синтез и созревание рРНК. 2 перетяжки – центромера и еще одна выше – вторая – место где гены рРНК Цистрон – тот участок ДНК который считывается подряд. Там 3 гена. 28S рРНК спейсер 5,8S рРНК спейсер 18S рРНК далее нетранскрибируемый спейсер и опять 28 5,8 18 По мере процессинга идет формирование ядрышка – внутрядерного компартмента. Все ядрышко заполнено гранулярным компанентом – это зрелый суб рибосом. В гранулярном компаненте более плотные электронно плотные тяжи – это фибриллярный компанент. + Фибрилярные центры (более светлые) Гранулярный = разрезанные 28 5,8 18 Фибриллярный = 45 S пре рРНК Фибрилярный центр = рибосомная ДНК. Одному ядрышковому организатору может соответствовать несколько фибриллярных центров. Фибриллярный центр помимо рРНК, ДНК топо изомераза, РНК полимераза 1, белок фактор который связывается с геном выше по течению – фактор имеющие сродство к серебру, красится в черный цвет. Хороший тест с помощью которого можно оценить гистологию опухолей. Много ядрышковых конгламератов - все плохо и плохой прогноз. Фибриллярный компонент = 45с пре РНК + рибосомная ДНК + рнк полимераза 1 + 2 белка. Первый связан с малыми ядрышками РНК и и осуществляет редактирование. Белок нуклеалин который осуществляет и модулирует конформацию рибосомной и разрезает предшественник. Транскрипция идет на границе фибриллярного центра и фибриллярного компонента. Гранулярный компонент. Туда дакидываются 5S рРНК. Там рибосомные белки и белок нуматрин, участвует в созревание едениц рибосом, фактически шаперон белков-рибосом. Редактирование. Обноружено было при исследован ДНК кинедопластин. У них огромная МХ там расширение где ОЧЕНЬ много ДНК. Этот участок МХ – кинетопласт. Кинетопластная ДНК – 2 вида колец. Макси м мини. Макси кольца – структурные гены. Мини кольца – неизвестно зачем. Помимо этого у кинетопластид нашли белок и не могли к нему подобрать соответствующий ген. В РНК встраивается до 400 дополнительных урацилов и происходит несколько делеций. Изменений информации на уровне РНК – редактирование. Получ что мини кольца – кодируют РНК ГИДЫ, которые осуществляют редактирование. Предшественник рРНК тоже претерпевает такое редактирование. Малые ядрышковые РНК осущесвтляют редактирование, они образуют шпильки. Они комплиментарно связываются с предшественником. Для правильно позиционирование фермента, которые будет осуществлять метилирование или псевдоурединилирование Осуществляет дискирин и еще какой-то белкок. Малые ядрошковые РНК. Участвуют в редактирование, работают как РНК гиды. Беруться из ИНТРОНОВ. Интроны кодируют малую ядрышковую РНК. Оказалось что в ядрышке созревают СРП частицы. В ядрышке у дрожжей идет процессинг транспортных РНК. Так же там идет дозревание некоторых ядерных РНК. В ядрышке секвестрируются временно неработающие белки. Например белки для выхода из митоза. Для выхода из мейоза. Ну и еще белок ингибитор MDM 2 который ингибирует p53. Если белок есть в ядрышке – его больше нигде нет. И наоборот Процессинг иРНК 3 основных этапа. 1) Котранскрипционно происходит КЭПИРОВание 5 штрих конца. Сначало идет синтез. 5 штрих конца. На 5 штрих навешивается Семь гуанизин КЭП, с ним связываются кэп байндинг протеинс. 2) Второй тоже индет котранскрипционно сплайсинг 3) Навешивание поли А хвоста на 3 штрих конец. Когда начинает работать рнк полимераза 2. После сборки 20-30 нуклеотидов, одновременно происходит 2 события 1) навешивается на транскрипцт 7 метилгуанозиновый кэп и одновременно с этим происходит гиперфосфорилирование с-конца РНК полимеразы 2 и после этого РНК полимераза 2 начинает работать в полную силу. Процесс кэпрования нужен: он выполняет защитную функцию, защищает от экзорибонуклеаз, нужен для того чтобы правильно шел сплайсинг, для того чтобы эта РНК вышла из ядра в цитоплазму, и для того чтобы рибосомы распознали эту иРНК. Рибосома распознает РНК по кэпу. Второй момент идет сплайсинг, - разрезание и сшивка. Сплайсиннг – вырезание интронов и сшивка экзонов. (в готовой иРНК) малые ядернык РНК осуществляют спласинг. БЛЯТЬ мяш РНК и мя РНК – РАЗНЫЕ ВЕЩИ ПЕРЕСМОТРЕТЬ. У1 У2 У4 У6 ЭПитоп SM обработав препарат антителами к белку, можно понять где находятся факторы сплайсинга и помимо этого есть белки которые осуществляют регуляцию сплайсинга. Эти регуляторы сплайсинга выбирают место которые надо вырезать. Малая ядРНк заставляет изменить конформацию, вырезает интрон – лариат (кольцо с хвостом) Сплайсинг предает геному дополнительную гибкость. Навешивание поли А хвоста. Как только вырезался последний интрон. Навешивается огромный полимер из остатков аденазина около 200 штук по определенному сайту. Функции хвоста – определяет экспорт из ядра, этим хвостом транскрипт до последнего удерживается в ядре. Затем этот хвост необходим для того чтобы нормально шла трансляция и дегродация РНК в которой прошла трансляции. Сплайсинг. А) Альтернативный. Присущ большому количесту белков, например ламинов, фибронектину, для имунноглобулинов. В случае фибронектина у предшественника 7 экзонов. 2 формы фибронектина 1) – тупо все интроны вырезаются из предшественника. Клеточн поверхности. 2) вместо с двумя интронами еще и вырезается 5 экзон. Плазмы 5 экзон кодирует мембранный домен. Транс-сплайсинг Тот случай когда есть один предшественник. В одну РНК пришиваются экзоны разных предшественников и как правило экзон который пришивает на 5 штрих конце – пришитый лидер. Без этого пришитого лидера трансляции не идет. Инфузория тетрахимера. рРНК в гене который кодир 28 с рРНК там есть интрон, этот интрон способен самостоятельно вырезаться. Он запустил рРНК в дрожжи и оказалось, что это рибос РНК тетрохимера сама принимает изогнутую конформацию и сама свой интрон вырезает – автосплайсинг (самосплайсинг) Учение о рибозимах. РНК сама обладает каталич активностью При спласинг искали структуру сплайсосому. Оказалось, что это временный белковый комплекс, он очень коротко живущий, очень быстро распадается. Он такой маленький, что его трудно увидеть. Тельца Кахаля. Скрученные тельца в соматических клетках. Сферы диаметром до половины микрона. В ооцитах птиц, амфибий есть белковые сферы они тоже похоже на скрученные тельца, диаметр 1 микрон. В скрученные тельцах сомат клетках есть белок п80 (80кда) – коелин. Он есть и в белковых сферах. Так же в этих тельца малая ядерная РНК u1 u2 u4 u6 Белок фибриларин. В них нету важных факторов сплайсинга, зато там есть все три РНК полимеразы. Тельца кахаля – место где собираются транскриптосомы, там выявляются только зрелые малые РНК. Тельца кахала бывают часто ассоциированы со СПЕКЛАМИ, При обработке ядер антителами к фактору сплайсинга, оказалось там много точек в ядре, где много этих факторов сплайсинга. СПЕКЛ = интер хроматиновые гранулы. Они содержат малые ядерные РНК + белки регуляторы сплайсинга.. Спеклы = депо факторов сплайсинга. Перехроматиновые фибриллы – синтезирующиеся иРНК. В ядре есть еще куча всяких компартментов бла бла бла. Пространственная организация ядра. Нужны структурные белки ядра. Ядерно0белковый матрикс. Сейчас говорят структурные белки ядра. Если выделить ядро из клетки, потом начнем жестко обрабатывать ДНКАЗОЙ РНКАЗОЙ, подержим в растворе солей с высокой ионной силой, все равно останется ядерный матрикс. Это фибрилогранулярная сеть. Если такой остаток обработать трипсином или проназой или щелочьей, то все растворится, значит этот каркас – белок. В ядерно белковый матрикс входит плотная подстилка, которая подстилает ядерную оболочку – ламина. Состоит из белков ламинов = ламины А Б и С. Относятся к классу промежуточных филаментов. От ламинов все промежуточные филаменты произошли. Ламины поляризуются голова к хвосту. Один ламин контактит с ядерной оболочкой – СООН концом, а альфа-спираль связывается с хроматином (гетерохроматин) Точки с ламинами ассоциированми начала репликации и транскрипции (ориджины) отсюда последовательности связанные с ламинами стали называть MAR. Матрикс атачмент регион. Ламинопатии – мутации которые затрагивает ламины (120 штук) вызывают мышечные дистрофии, кардиомиопатию и т.д. В ядерный матрикс помимо ламинов входит белок топоизомераза 2. NuMa – белок ядерного матрикса. Кальмудолин зависимая протеинкиназа. Так же в ядре есть АКТИН . Актин составляет фажну. Часть матрикса. В ядре много актин связывающий белков. Актин помогает модулировать структуру хроматина. Актин принимает участие в работе РНК полимераз. Актин обеспечивает механическую прочность крупных ядер. Актин так же участвуе в позиционирование гена. В ядре есть особая конформация актина, к нему нужные особые антитела. В ядре есть хросомные территории и между ними интерхросомные компартнменты. Флюоресцентная гибридизация FISH. Участики комплиментарные ДНК зонд с меткой Каждая хромоса занимает определен участок в ядре. Молчащие гены ближе к переферии, более активные гены на границе хромосомной территории. В выпетленных участках будет идти транскрипция. АПОПТОЗ. Очень быстрый процесс. При некрозе клетка вздувается начинается денатурация и коагуляция белков и идет воспалительный процесс. При апоптозе клетка сжимается, ядро конденсируется, фрагментируется и ДНКА режется на маленкьие кусочки, сама клетка выставляет на свою поверхность фосфатидил серин – сигнал для макрофага. При этом когда макрофагм видет ФС, клетки фагоцитирующие перестают выделять цитокины – нету воспаления. Апоптоз характерен для многоклеточных. Но у раститтльных объектов тоже есть. Есть дискуссия на счет апоптоа у однклеточных. Примеры апоптоза, отваливающийся хвост головастика, разборка перепонки между пальцами в эмбрион развитие. В эмбриональн развитие много нейронов, они конкурируют за жизнен важные факторы, а эти факторы синтезируются клетками мишенями, какому нейрону достанутся жизн важные факторы – те выживут. Остальные сдохнут в ходе апоптоза. Чтобы уничтожить клетки эффекторные или зараженные вирусом. Включается антиапоптический фактор п53. Положительный сигнал – жизнь дальше – ростовые факторы, налич пит веществ в среде. Отрицательный сигнал – повышение уровня окислит в среде, появлен свободных радикалов, разрушение ДНК. Накопление белков которые не могут фолдануться, наличие определен молекул, фактор некроза опухолей или лиганд FAS. Выявить апоптот клетки с помощью туннель теста можно он выявляет разрезанную ДНК Гены отвечающие за апоптоз – цел дес. Белки каспазы. Цистеин аспартат протеазы. Пилят между аспартатом и цистеином Каспазды – 2 группы 1) инициаторы 8, 9 , 10 2) Эффекторы 3,6,7. Каспазы существую в клетке все время в виде про каспаз, для аткивации нужен сигнал. Нужен протеалитический процессинг. Пути апоптоза. Из вне, задействуются рецепторы смерти. Есть лимфоцит киллер, он несет FAS лиганд. На поверхности другой клетки рецептор тримерный к этому лиганду – рецептор смерти. К домену рецептора подстраивается адапторный белок, белок называется FADD MORT к этому адаптерному белку будет подстраиваться каспаза. Собрался коплекс DISC. Дес индусинг сигналинг комплекс. В таком комплекса происходит протеолитический процессинг каспазы, она активизируется (это все прокоспаза 8) после процессинга – коспаза 8 просто. Дальше она активирует про коспазу 3, образуется каспаза 3, она пойдет резать другие белки. И будет активировать те белки которые пойдут в ядро и будут ебашить ДНКА. Сигнал изнутри В этом пути задейственны белки из семейства Bcl-2. БСЛ2 – антиапоптатический белок. проапоптаические факторы bax bak bad. Bax и bak делают дыру в МХ. Бак делает дырку, а БАКС встраивается. Наружу начинает выходить цитохром С они связываются с апаф1 APAF1 – фактор активирующий апоптатич протеазы. Эти апаф1 выстраиваются в розочку (вместе с цитохромами) туда встраивается прокоспаза 9. В составе такой розетки, прокоспаза 9 активируется идет протеолитический процессинг и образуется коспаза 9. Она будет активировать прокоспазу 3. Розетка = апоптосома. В организме человеках сдыхает от 50 до 70 млн клеток апоптозом. Ингибиторы апоптоза – IAP. ИАП ингбирует коспазу и вырубает ее. Впервые ингибиторы коспаз были обнаружен в вирусах. Апоптозу способствуют каспаза 3,6,7. Апоптоз вызывает белок п53. Аптоптоз ингибирается белком XIAP. Белок DIABLO ингибирует XIAP. На диабло ингибирует сурвивин.