3. Роботи
Дослідження про мову новгородських грамот XIII і XIV століття (1886)
Дослідження про Несторова літописі (1890)
Про творах преподобного Нестора (1890)
Дослідження в галузі російської фонетики (1893)
Кілька слів про Несторової Житії Феодосія (1896)
Найдавніші редакції Повісті временних літ (1897)
Вихідна точка літочислення Повісті временних літ (1897)
Києво-Печерський патерик і Печерська літопис (1897)
Про початковому Київському літописному зводі (1897)
Хронологія найдавніших російських літописних зведень (1897)
Відгук про твір Eugen Scepkin "Zur Nestorfrage" (1898)
Початковий Київський літописний звід і його джерела (1900)
Дослідження про Двинских грамотах XV століття (1903)
Ермолинская літопис і Ростовський владичний звід (1904)
Сказання про покликання варягів (1904)
Корсунська легенда про хрещення Володимира (1908)
Одне з джерел літописного сказання про хрещення Володимира (1908)
Розвідки про найдавніших російських літописних зведеннях (1908)
Передмова до початкового Київському зводу і Несторова літопис (1909)
Замітка про складання Радзівіллівського списку літопису (1913)
До питання про найдавніші слов'яно-кельтських відносинах (1912)
Несторова літопис (1913-1914)
Нестор літописець (1914)
Повість временних літ (1916)
Житіє Антонія і Печерська літопис
Київський Початковий звід 1095
Нарис сучасної літературної мови (1913)
Нарис найдавнішого періоду історії російської мови (1915)
Введення в курс історії російської мови (1916)
Відгук про твір П. Л. Маштакова : "Списки річок Дніпровського басейну", складений академіком А. А. Шахматова. Петроград, 1916.
Нотатки з історії звуків лужицьких мов (1917)
Замітка про мову волзьких болгар (1918)
Синтаксис російської мови (1 т. - 1925; 2 т. - 1927)
Найдавніші долі російського племені (1919)
Огляд російських літописних зведень XIV-XVI ст. - К.: 1938. [9]
Заклав основи істор. вивчення літ. рос. мови, зробив значний внесок в теор. мовознавство, досліджував питання сучасної та істор. діалектології, акцентології, істор. фонетики, повноголосся, порівняльної фонетики й граматики слов'ян. мов ("Дослідження в галузі російської фонетики", 1893; "До історії звуків російської мови", 1896— 1903; "До історії наголосів у слов'янських мовах", 1898; "Курс. історії російської мови", ч. 1—3, 1909—11, та ін.). Ш. перший застосував порівняльно-істор. метод у дослідженні літописів, простежив історію давньорус. літописання, яке він розглядав у тісному зв'язку з історією народу. Заклав основи текстологічного аналізу літописів і текстології як науки. Праці Ш. "Києво-Печерський патерик і Печерський літопис" (1897), "Про так званий Ростовський літопис" (1904) та ін. мають велике значення як для історії, так і для філології. Ш. розшукав і підготував до друку багато літописів. У працях "До питання про утворення руських наріч і народностей" (1899), "Вступ до курсу історії російської мови" (ч. 1, 1916), "Найдавніша доля руського племені" (1919) та ін. Ш. обстоював думку про спільне походження всіх слов'ян. вважав, що рос, укр. та білорус. мови утворилися з єдиної давньорус. мови. В багатьох наук. працях приділив увагу фонетиці та граматиці укр. мови. Спеціально питанням укр. мови Ш. присвятив праці: "Як у малоруській мові зникла палаталізація приголосних перед е та і" (1903), "Пам'яті К. П. Михальчука" (1914),"Короткий нарис історії малоруської (української) мови" (1916), ряд рецензій на праці Б. Д. Грінченка, Є. К. Тимченка, А. Ю. Кримського та ін. Брав участь у виданні "Український народ у його минулому й сучасному" (т. 2, 1916). В 1907 Ш. і Ф. Є. Корш висували кандидатуру І. Я. Франка в дійсні члени Петерб. АН. Разом з Ф. Є. Коршем, П. Ф. Фортунатовим та ін. передовими вченими виступав за скасування заборони укр. друкованого слова, обстоював необхідність розвитку укр. мови й л-ри. Брав участь у підготовці "Словника російської мови" (1891—1916), у створенні Діалектологічної комісії тощо.
У праці «До питання про утворення російських наріч» (1894), по суті, висловився за три українські наріччя — «українське», галицьке і північне. Пізніше він підтримав думку О. Соболевського про наявність двох наріч української мови — північного і південного. Спираючись на О. І. Соболевського, О. О. Шахматов до північного наріччя відносив частину карпатських говірок. О. О. Шахматов писав, що південне наріччя, яке простягається від Карпат до Дону, поділяється на південно-східні говори, з одного боку, і на західні та північно-східні — з другого. Західна і північно-східна група, на його думку, становить перехідні говори, змішані в різний час з говорами північного наріччя; південно-східні говори південного наріччя зберегли свій первісний тип у чистому вигляді. На думку О. О. Шахматова, західні і північно-східні говори південного наріччя первісно лежали на північ від говорів сучасної південно-східної групи.
Пізніше О. О. Шахматов у дечому змінив свій погляд на діалектне членування української мови, виділяючи в ній наріччя: північномалоруське, східноукраїнське (на схід від Дніпра), галицьке (в Галичині і на Буковині), карпатське (лемки, бойки, гуцули) і угроруське.
МДК було утворено 1904 року з ініціативи академіка О. Шахматова на базі гуртка для вивчення історії і діалектології російської мови (діяв з 1901 року), працювала під керівництвом академіка Ф. Корша при відділенні російської мови і словесності Петербурзької Академії наук.
Метою створення Московської діалектологічної комісії була праця в області діалектології. З 1915 року головою МДК стає один із її засновників Д. М. Ушаков, який займав цей пост аж до ліквідації комісії у 1931 році. Моско́вська діалектологі́чна комі́сія (МДК) (пізніше - Постійна комісія з діалектології української мови) – об'єднання мовознавців, метою якого була попередня підготовка та обробка матеріалів для укладання діалектологічної карти російської мови, підготовка регіональних карт для зведення їх у діалектологічний атлас Росії. У Московській діалектологічній комісії з самого початку її формування працювали такі науковці як О. Шахматов, М. Дурново, Д. Ушаков. Серед членів МДК був і Агатангел Кримський. Комісія займалася різноманітною науковою діяльністю, у її рамках велася розробка методів діалектологічних досліджень, обговорювалися питання уніфікації транскрипції, обговорення теоретичних проблем діалектології і лінгвістичної географії. МДК уклала ряд програм для регіональних польових обстежень говорів, систематизувала та узагальнила наявні діалектологічні
М.С.Чемоданов вбачає велику заслугу О.О.Шахматова у тому, що він був "п іонером комплексного методу вивчення мовних явищ в їх історії". На думку М.С.Чемоданова наукові інтереси О.О.Шахматова зосереджувалися, головним чином, навколо питань історичної фонетики російської мови. Нажаль не посилаючись на конкретні студії, М.С.Чемоданов лише відзначає, що як лінгвіста, О.О.Шахматова "гостро цікавить встановлення певних фонетичних закономірностей" в історії східнослов'янських мов.
Наступним значним доробком в галузі вивчення питань історичної фонетики східнослов'янських мов Ю.В.Шевельов вважає доробок О.І.Соболевського, О.О.Шахматова та Г.В.Ягича. І хоча у студіях О.О.Шахматова (за визначенням Ю.В.Шевельова) відбито здатність мовознавця бачити у щонайдрібніших фактах матеріал для широких узагальнень, проте факт аналізу О.О.Шахматовим проблеми взаємодії вокалізму і консонантизму в історії слов'янських, насамперед східнослов'янських, мов в межах цілісної концепції не отримав належної оцінки. Твердження про зворотний вплив консонантизму на вокалізм в історії слов'янських мов уперше представлене в працях О.О.Шахматова, який розглядав зв'язок вокалізму і консонантизму як взаємодію. Коли вище у цій статті мова йшла про погляди В.В.Колесова, вже було відзначено як відбився системний підхід О.О.Шахматова до історико-фонетичних явищ. В.А.Глущенко характеризує проблему взаємодії вокалізму і консонантизму реалізовану у концепції О.О.Шахматова, як одну з "центральних проблем" історичної фонетики слов'янських (насамперед східнослов'янських) мов. У рамках зазначеної концепції О.О.Шахматов реконструював, з одного боку, паралельні процеси палаталізації і лабіалізації (лабіовеляризації) приголосних, з іншого боку, паралельні процеси V-депалаталізації та V-делабіалізації. Сама ідея палаталізації приголосних будь-якого місця творення в спільнослов'янській мові в П.Ф.Фортунатова (а слідом за ним і в О.О.Шахматова) виникла з системних міркувань: палаталізація задньоязикових у спільнослов'янській – очевидний факт, але вибірність задньоязикових не знаходить пояснення, тому необхідно припустити, що палаталізації зазнавали й приголосні іншого місця творення – передньоязикові та губні. Висновок про палаталізацію всіх приголосних спільнослов'янської мови в зазначеній позиції став твердженням глобальної важливості. Проте О.О.Шахматов не зупинився на цій тезі. Системний підхід до мовних явищ дозволив йому зробити подібний висновок щодо впливу на приголосні голосних заднього ряду. Імовірно, що саме системні міркування примусили О.О.Шахматова реконструювати поряд з V-депалаталізацією паралельний процес V-делабіалізації. Сутність розглянутих процесів О.О.Шахматов убачав у перерозподілі тембру, у передачі високого й низького тембру приголосних голосним у межах складу. Надалі в історії східнослов'янських мов низький тембр приголосних міг повертатися до наступних голосних: відбувалися процеси лабіалізації голосних і делабіалізації приголосних, тобто втрати останніми самостійної, позиційно не зумовленої ознаки лабіалізованості. У складах з високим тембром подібний процес не відбувся [2, 164].