4.1. Міждержавна рада
Вищий орган Євразійського економічного співтовариства. До його складу входять глави держав і урядів спільноти.
Міждержавна рада розглядає принципові питання Співтовариства, пов'язані зі спільними інтересами держав-учасниць, визначає стратегію, напрями і перспективи розвитку інтеграції і приймає рішення, спрямовані на реалізацію цілей і завдань ЄврАзЕС.
Міждержавна рада збирається на рівні глав держав не рідше одного разу на рік, на рівні глав урядів - не рідше двох разів на рік.
Міждержавна рада ЄврАзЕС приймає рішення консенсусом. Прийняті рішення стають обов'язковими для виконання у всіх державах - членах Співтовариства. Виконання рішень відбувається шляхом прийняття необхідних національних нормативних правових актів відповідно до національного законодавства.
4.2. Інтеграційний комітет
Постійно діючий орган Євразійського економічного співтовариства. До його складу входять заступники глав урядів держав ЄврАзЕС. До числа основних завдань Інтеграційного комітету належить забезпечення взаємодії органів ЄврАзЕС, підготовка пропозицій щодо порядку денного засідань Міждержавної ради, а також проектів рішень і документів, контроль за реалізацією рішень, прийнятих Міждержавною радою. Засідання Інтеграційного комітету проводяться не рідше чотирьох разів на рік.
У Інтеграційному комітеті рішення приймаються більшістю у дві третини голосів. Кількість голосів при прийнятті рішень в Інтеграційному комітеті відповідає внеску кожного боку до бюджету Співтовариства.
Росія - 40 голосів
Білорусь - 15 голосів
Казахстан - 15 голосів
Киргизія - 7,5 голосів
Таджикистан - 7,5 голосів
Узбекистан - 15 голосів
4.3. Секретаріат
Виконує функцію організації та інформаційно-технічного забезпечення роботи Міждержавної ради і Інтеграційного комітету. Секретаріат очолює Генеральний секретар Євразійського економічного співтовариства. Це вища адміністративна посадова особа спільноти, яка призначається Міждержавною радою.
6 жовтня 2007 в Душанбе в ході засідання Міждержради ЄврАзЕС генеральним секретарем Співтовариства було призначено Таїр Мансуров.
Місце знаходження Секретаріату - місто Алма-Ата ( Казахстан) та місто Москва ( Росія).
4.4. Міжпарламентська асамблея
Орган парламентського співробітництва в рамках ЄврАзЕС, який розглядає питання гармонізації (зближення, уніфікації) національного законодавства і приведення його у відповідність з договорами, укладеними в рамках ЄврАзЕС, з метою реалізації завдань Співтовариства.
Міжпарламентська асамблея формується з парламентаріїв, що делегуються парламентами країн Співтовариства.
До її складу входять:
від Росії - 42 парламентаріїв
від Білорусії - 16 парламентаріїв
від Казахстану - 16 парламентаріїв
від Киргизії - 8 парламентаріїв
від Таджикистану - 8 парламентаріїв
від Узбекистану - 16 парламентаріїв
Секретаріат Міжпарламентської асамблеї розміщується в Санкт-Петербурзі ( Росія).
4.5. Суд Співтовариства
Забезпечує однакове застосування договірними сторонами Договору про заснування Євразійського економічного співтовариства та інших діючих в рамках Співтовариства договорів та прийнятих органами ЄврАзЕС рішень. Суд Співтовариства розглядає також спори економічного характеру, що виникають між членами ЄврАзЕС з питань реалізації рішень органів ЄврАзЕС і положень договорів, що діють в рамках Співтовариства, дає по них роз'яснення та ув'язнення.
1 січня 2012 в Мінську почав роботу суд ЄврАзЕС. Він розглядає економічні спори між країнами-членами Єдиного Економічного Простору, а також між окремими фірмами і підприємцями [4].