
- •1.Предмет изучения и основное содержание биофизики.
- •2. Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем, принцип узкого места, понятие фазовой траектории.
- •3. Качественное исследование простейших моделей биопроцессов. Поведение переменных на фазовой плоскости вблизи состояния равновесия.
- •4. Биологические триггеры. Фазовый портрет тригерной системы. Способы переключения стационарных состояний тригерной системы.
- •5. Колебательные процессы в биологии. Фазовый портрет автоколебательной системы.
- •6. Термодинамика систем вблизи равновесия. Первый и второй закон термодинамики. Живые системы.
- •Термодинамика живых систем
- •7. Второй закон термодинамики в открытых системах. Поддержание неравновесных состояний в бисистемах.
- •8. Теорема Пригожина
- •9. Термодинамика систем вдали от равновесия.
- •10. Энтропия, информация и биологическая упорядоченность.
- •11.Пространственная организация макромолекул.
- •Слабые невалентные взаимодействия в биологических системах.
- •13. Электронно-конформационные взаимодействия в макромолекулах
- •14. Спин электрона.
- •18. Механизмы переноса электрона и миграции энергии в биоструктурах.
- •19. Механизмы ферментативного катализа. Конформационные перестройки и высота барьера активации реакции
- •20. Молекулярная организация биологических мембран. Жидкомазаичная модель мембраны. Межмолекулярные взаимодействия в мембранах.
- •21. Механические и конформационные свойства мембран. Фазовые переходы биомембран.
4. Биологические триггеры. Фазовый портрет тригерной системы. Способы переключения стационарных состояний тригерной системы.
Биосистемы переключаются из одного режима функционирования в другой, что соответствует нескольким устойчивым стационарным состояниям системы. Система, обладающая двумя или несколькими стационарными состояниями, между которыми возможны переходы, называется триггерной. На фазовой плоскости они обладают двумя или более устойчивыми особыми точками. Области влияния особых точек обычно проходят через неустойчивую особую точку типа «седло» (рис. 1.5).
Рис. 1.5. Фазовый портрет триггерной системы с двумя устойчивыми особыми точками
Количество стационарных состояний в системе определяется числом точек пересечения главных изоклин вертикальных и горизонтальных касательных (жирные линии). Точка пересечения изоклин b представляет собой седло, а точки пересечения главных изоклин а и с, лежащие по обе стороны от сепаратрисы седла (пунктирная линия), — устойчивые узлы. Если начальное положение изображающей точки расположено левее сепаратрисы седла, система находится в области влияния особой точки а и стремится к этому устойчивому стационарному состоянию. Из начальных точек, лежащих правее сепаратрисы, система будет двигаться к устойчивой особой точке с.
В триггерных системах стационарные состояния зависят от начальных условий.
В биосистемах существуют способы переключения устойчивых стационарных состояний:
резко увеличить переменную x,
изменить параметры системы (рН, температуру и др.).
При восстановлении параметра система уже будет работать в требуемом режиме с (координаты несколько изменятся) (рис. 1.6).
Рис.
1.6. Процесс параметрического переключения
триггерной системы на фазовой плоскости
При изменении управляющего параметра система, находившаяся в начале процесса переключения в точке а(ао) с соответствующими координатами x и у на фазовой плоскости (I), окажется вследствие изменения фазового портрета в области притяжения устойчивого узла с (IV), куда она самопроизвольно перейдет (через стадии, изображенные на рис. II и III)
Способность триггерной системы к переключению явилась предпосылкой для использования этой системы при моделировании процессов, ведущих к дифференциации тканей. Каждая клетка обладает набором возможных устойчивых режимов, но фактически в данный момент функционирует лишь в одном из них. В процессе дифференциации происходит переключение режима функционирования клетки.
5. Колебательные процессы в биологии. Фазовый портрет автоколебательной системы.
К колебательным процессам относятся периодические биохимические процессы, например, колебания в гликолизе, периодические процессы фотосинтеза, колебание численности видов и др.
Автоколебательные системы: характеризующие систему величины изменяются периодически в силу свойств самой системы без какого-либо периодического воздействия извне.
На фазовой плоскости стационарное решение автоколебательной системы представляется предельным циклом (рис. 1.7).
Рис. 1.7. Устойчивый предельный цикл на фазовой плоскости ху
Предельный цикл — это замкнутая кривая на фазовой плоскости, к которой в пределе при t → ∞ стремятся все интегральные кривые. Предельный цикл представляет стационарный режим с определенной амплитудой, не зависящей от начальных условий, а определяющейся видом уравнений системы. Существование предельного цикла на фазовой плоскости есть основной признак автоколебательной системы. Очевидно, что при автоколебательном процессе фаза колебаний может быть любой.
Всякой замкнутой траектории соответствует бесконечное множество периодических движений, отличающихся выбором начала отсчета времени. Если периодическому движению соответствует замкнутая кривая, к которой с внешней и с внутренней стороны приближаются (при возрастании t) соседние траектории по спиралям, то эта замкнутая траектория будет предельным циклом.
Все фазовые траектории, проходящие в окрестностях предельного цикла представляют собой спирали, «наматывающиеся» или «сматывающиеся» с него.Живые системы подвергаются бесконечному числу случайных влияний, однако сохраняют режим функционирования.