1. Поділ і ізоляція даних

Коли дані ізольовані в окремих файлах, доступ до них досить важкий. Труднощі істотно зростають, коли необхідно витягти дані з більш ніж двох файлів.

2. Дублювання даних

Через децентралізовану роботу з даними, проведеної в кожному відділі незалежно від інших відділів, у файловій системі фактично заохочується безконтрольне дублювання даних, і це неминуче. Безконтрольне дублювання даних небажано по наступних двох причинах.

1. Дублювання даних супроводжується неощадливою витратою ресурсів, оскільки на введення надлишкових даних потрібно витрачати додаткові час і гроші. Більше того, для їхнього зберігання необхідно додаткове місце в зовнішній пам'яті, що пов'язано з додатковими накладними витратами. У багатьох випадках дублювання даних можна уникнути за рахунок спільного використання файлів.

2. Дублювання даних може привести до порушення їхньої цілісності. Інакше кажучи, дані в різних відділах можуть стати суперечливими.

3. Залежність від даних

Фізична структура й спосіб зберігання записів файлів даних жорстко зафіксовані в коді програм додатків. Це значить, що змінити існуючу структуру даних досить складно, виконання всіх цих дій вимагає більших витрат часу й може з'явитися причиною появи помилок. Дана особливість файлових систем називається залежністю від програм і даних (program-data dependence).

4. Несумісність форматів файлів

Оскільки структура файлів визначається кодом додатків, вона також залежить від мови програмування цього додатка. Наприклад, структура файлу, створеного програмою мовою COBOL, може зовсім відрізнятися від структури файлу, створюваного програмою мовою С. Пряма несумісність таких файлів ускладнює процес їхньої спільної обробки.

5. Фіксовані запити/швидке збільшення кількості додатків

З погляду користувача можливості файлових систем набагато перевершують можливості ручних картотек. Відповідно зростають і їхньої вимоги до реалізації нових або модифікованих запитів. Однак файлові системи багато в чому залежать від програміста, тому що всі необхідні запити й звіти повинні бути створені саме ім. У результаті події звичайно розвивалися по одному з наступних двох сценаріїв. У багатьох організаціях типи створюваних запитів і звітів мали фіксовану форму, і не було ніяких інструментів створення незапланованих або довільних (ad hoc) запитів як до самих даних, так і до відомостей про те, які типи даних доступні.

В інших організаціях спостерігалося швидке збільшення кількості файлів і додатків. В остаточному підсумку наступав момент, коли співробітники відділу ОД були просто не в змозі впоратися з усією цією роботою за допомогою наявних ресурсів. У цьому випадку навантаження на співробітників відділу ОД настільки зростала, що неминуче наступав момент, коли програмне забезпечення було невзмлзі адекватно відповідати запитам користувачів, ефективність його падала, а недостатність документування мала як наслідок додаткове ускладнення супроводу програм. При цьому часто ігнорувалися питання підтримки функціональності системи: не передбачалися заходи щодо забезпечення безпеки або цілісності даних; засоби відновлення у випадку збоїв апаратного або програмного забезпечення були вкрай обмежені або взагалі були відсутні. Доступ до файлів часто обмежувався одним користувачем, тобто не передбачалося їхнє спільне використання навіть співробітниками того самого відділу В кожному разі, подібна організація роботи із часом зживає себе, і потрібно шукати інші рішення.