Управление здравоохранением осуществляется как на общегосударственном уровне, так и на уровне субъектов РФ. В соответствии с «Основами законодательства Российской Федерации об охране здоровья граждан» к ведению высших органов государственной власти и управления в области охраны здоровья граждан относится: установление основ федеральной государственной политики в области охраны здоровья граждан, разработка и реализация федеральных программ по развитию здравоохранения; принятие и изменение федеральных законов в области здравоохранения и контроль за их исполнением; разработка и утверждение Программы государственных гарантий обеспечения граждан РФ бесплатной медицинской помощью, базовой программы обязательного медицинского страхования и установление тарифов взносов на обязательное медицинское страхование; защита прав и свобод человека в области охраны здоровья; охрана семьи, отцовства, материнства и детства; определение доли расходов на здравоохранение при формировании государственного бюджета; управление федеральной государственной собственностью, используемой в области охраны здоровья граждан; установление структуры и порядка деятельности федеральных органов управления государственной системой здравоохранения; координация деятельности органов государственной власти и управления, субъектов государственной, муниципальной и частной систем здравоохранения; охрана окружающей среды и обеспечение экологической безопасности; организация государственной санитарно-эпидемиологической службы и обеспечение государственного санитарно-эпидемиологического надзора на территории страны;
Высшие органы законодательной власти определяют основные направления государственной политики, принимая законы и утверждают федеральные программы по вопросам охраны здоровья населения, а также утверждают государственный бюджет с определением доли расходов на здравоохранение.
Президент Российской Федерации руководит реализацией федеральной государственной политики в области охраны здоровья граждан. Правительство Российской Федерации осуществляет федеральную государственную политику в области здравоохранения и финансирует федеральные программы. Центральным отраслевым органом руководства здравоохранением в составе правительства является МинздравРФ, возглавляемое Министром здравоохранения, организационная структура и штатное расписание Минздрава утверждается соответствующим Постановлением правительства. Существенную роль в управлении здравоохранением страны выполняет Коллегия Министерства здравоохранения Российской Федерации, в состав которой входит Министр здравоохранения, его заместители и другие руководящие работники здравоохранения.
Среди основных функций Министерства здравоохранения необходимо указать следующие: разработка и реализация программ по развитию здравоохранения, базовой программы обязательного медицинского страхования; разработка программ подготовки медицинских и фармацевтических работников; разработка и реализация мер по спасению жизни людей в чрезвычайных ситуациях; развитие материально-технической базы здравоохранения; координация и финансирование научных исследований; разработка порядка лицензирования медицинской и фармацевтической деятельности; разработка и утверждение стандартов медицинской помощи и контроль за их соблюдением; сертификация лекарственных препаратов и изделий медицинского назначения; разработка единой системы статистического учета и отчетности в органах и учреждениях здравоохранения; международное сотрудничество в области здравоохранения.
В подчинении у Министерства здравоохранения Российской Федерации находятся Министерства здравоохранения республик, входящих в состав российской Федерации, комитеты по здравоохранению автономных округов, автономной области, краев и областей, а также Москвы и Санкт-Петербурга.
Минздрав России→(Полномочный представитель Минздрава, Окружной координационный совет по здравоохранению)→Главные специалисты по основным специальностям→Окружные федеральные медицинские центры по основным специальностям→Субъекты РФ.