Полимеразная цепная реакция ПЦР
ПЦР позволяет обнаружить МКО в исследуемом материале по наличию в нем ДНК микроба (без его выделения в чистую культуру), а точнее – специфичного гена.
выделяют |
t С |
|
Материал → |
ДНК → |
две нити ДНК + праймеры → |
|
денатурация |
|
↓tС |
|
|
→ |
|
две копии гена, амплификация |
ДНК – полимераза + нуклеотиды
Результаты ПЦР, проведенные с праймерами, специфичными
для вируса гриппа А подтипов Н5 и Н7
ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНОМА ВГС И ПОЛОЖЕНИЕ УЧАСТКА ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ РНК ВГС, КОДИРУЮЩЕГО НУКЛЕОКАПСИДНЫЙ БЕЛОК ( % гомологии)
d 345 GGGCCCCAGGTTGGGTGTGCGCACGACAAGGAAGACTTCGGAGCGGTGGG |
(50) |
||
d 346 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
(50) |
||
d 347 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . |
. . . . . . . . |
.(50) |
d 345 AACCACGTGGAAGACGACAACCCATCCCCAAAGATCGGCGTTCCAATGGC (100) |
|
||
d 346 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . |
(100) |
d 347 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . |
(100) |
d 345 AAGTCCTGGGGTAAACCAGGATATCCCTGGCCCCTATATGGGAATGAGGG (150) |
|
||
d 346 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . |
(150) |
d 347 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . |
(150) |
d 345 GCTCGGGTGGGCAGGATGGCTCCTGTCCCCCCGAGGTTCCCGTCCCTCTT (200) |
|
||
d 346 . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . . . |
(200) |
d 347 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
. . . .. . . . . |
(200) |
d 345 GGGGCCCCACTGACCC |
|
|
|
d 346 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . |
|
|
|
d 347 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
РНК ВГС была выделена из культур клеток головного мозга мышей сосунков на 3-й день после инфекции и из культур клетокСПЭВ, хронически инфицированных ВГС, на 3-й и 5-й месяцы соответственно. Последовательности ВГС из продуктов ПЦР выделенных фрагментов РНК ВГС, соответствующей области гена, кодирующего нуклеокапсидный белок ВГС (от 439 до 751 нуклеотида) были подвергнуты прямому
секвенированию. Практически никаких изменений в первичной структуре этой области генома ВГС не было выявлено в
течение 5 месяцев персистенции ВГС в культурах клеток.
Автоматические секвенирование
G T G A G G C G C T G C
Новые методологии: протеомный анализ, транскрипционный профайлинг, siRNA-silencing
Протеомика - это наука, изучающая качественный и количественный состав белков, синтезируемых
клеткой, закономерности их посттрансляционной
модификации
Задача– разработка платформы для получения протеома микроорганизмов с ограниченной емкостью генома (микоплазмы, хламидии и хеликобактер) и определения профиля посттрансляционной модификации белков.
В настоящее время в медицине применение методов протеомного анализа позволяет выявить маркеры сердечно-сосудистых и онкологических заболеваний на ранней стадии заболевания (клиническая протеомика)
Транскрипционный анализ (профайлинг) экспрессии генов - процесс, в котором наследственная информация от гена (последовательности нуклеотидов ДНК) преобразуется в функциональный продукт — РНК или белок. Экспрессия генов может регулироваться на всех стадиях процесса: и во время транскрипции, и во время трансляции, и на стадии посттрансляционных модификаций белков
РНК-интерференции (RNA interference ― RNAi) – это механизм подавления экспрессии (активности) гена на стадии трансляции (синтез белка из аминокислот), либо нарушение транскрипции (перенос информации с ДНК на РНК) определенных генов.
small interfering RNA ― siRNA (silencing RNA) – обладают способностью «выключать», «глушить» любой ген, то есть делать его «неактивным»
Фенотипирование (рекомбинантный культуральный тест)
«Принцип Червонной королевы»
«…приходится бежать со всех ног, чтобы только остаться на том же месте».
Lewis Carroll,
Для эволюционнойThroughсистемыtheнередко lookingнепрерывноеglass развитие вида
необходимо лишь для того, чтобы поддерживать его жизнеспособность