2. Систематика микроорганизмов

2.1. Типы таксономии биологических объектов

Существует два основных типа таксономии (т.е. систематики или классификации) биологических объектов – филогенетический и практический. В последние годы в систематику микроорганизмов пришли молекулярные генетики и своими исследованиями смешали два этих принципа. Как результат, современная классификация микробов стала, несомненно, более научной, но, к сожалению, более путанной. Кроме этого, она менее удобна для применения в практической работе – даже в научных журналах многие авторы продолжают пользоваться устаревшей классификацией или совмещать обе системы; тем более, что более новые системы таксономии еще не устоялись и меняются с калейдоскопической быстротой. Ниже будут, как правило, приводится традиционные варианты таксономии микроорганизмов, любители «передового рубежа науки» могут почерпнуть нужную информацию в научной периодике и монографической литературе.

А. Филогенетическая систематика биологических объектов называется также естественной систематикой.

1. При этом типе таксономии биологических объектов в один таксон (группу классификации) объединяются объекты, имеющие общий корень происхождения. Т.е. общий принцип такой классификации можно сформулировать как «кто от кого произошёл».

2. Филогенетическая (естественная) систематика является основным типом таксономии, применяемой в общей биологии.

Б. Практическая систематика биологических объектов называется также искусственной систематикой.

1. При этом в один таксон объединяются биологические объекты, схожие по своим признакам. Общий принцип такой классификации можно сформулировать как «кто на кого похож».

2. Практическая (искусственная) систематика является основным типом таксономии, применяемой в микробиологии.

2.2. Признаки, лежащие в основе современной таксономии микроорганизмов

Микроорганизмы классифицируются на основе морфологических, биохимических, физиологических (культуральных), серологических и молекулярно-биологических признаков.

А. Морфологические признаки выявляются с помощью микроскопического метода исследования. Можно сказать, что описывая морфологию микроорганизмов, описывают все те признаки, которые видны в микроскоп.

1. Морфологические признаки включают в себя форму, размер и строение бактериальной клетки или вирусной частицы.

2. Морфологические признаки используются и в классификации бактерий и в классификации вирусов.

Б. Биохимические признаки микроорганизмов изучаются в ходе культурального метода исследования.

1. Под биохимическими признаками понимают биохимическую активность бактерий (так как вирусы не имеют собственного метаболизма, то об их биохимической активности говорить не приходится). Т.е. какие субстраты разлагает бактериальная клетка и какие продукты её метаболизма при этом образуются.

2. Биохимические признаки используются в классификации бактерий, но не вирусов.

В. Культуральные (или физиологические) признаки так же изучаются в ходе культурального метода исследования.

1. Под культуральными признаками понимают характер роста микроорганизмов на искусственных питательных средах.

2. Культуральные признаки так же используются лишь в классификации бактерий, но не вирусов, так как последние не растут (как облигатные паразиты) на искусственных питательных средах.

Г. Серологические признаки изучаются с помощью иммунологического метода исследования (а именно, с помощью серологических реакций). Эта группа признаков микробов изучается в курсе иммунологии.

1. Под серологическими признаками микроорганизма понимают его антигенный состав.

2. Серологические признаки используются в классификации как бактерий, так и вирусов.

Д. Молекулярно-биологические признаки микроорганизмов выявляются при генетическом исследовании.

1. К молекулярно-биологическим признакам относят особенности строения нуклеиновых кислот микроорганизмов.

а. С помощью специальных методов, о которых речь пойдёт ниже, в разделе, рассказывающем о генетике бактерий, изучают строение ДНК.

б. Используют в таксономии микроорганизмов и особенности строения их РНК.

1. Структура иРНК используется для классификации РНК-геномных вирусов.

2. У бактерий с таксономической целью используют особенности 16S рРНК. рРНК находится вне сферы действия отбора, и эволюционируют только в ходе спонтанных мутаций, скорость которых постоянна. Поэтому количество нуклеотидных замен в молекулах сравниваемых рРНК может служить мерой эволюционного расстояния между организмами.

2. Включение молекулярно-биологических признаков в систематику сближает оба типа таксономии, так как сходство на уровне нуклеиновых кислот отражает не только простое сходство признаков, но и эволюционную близость сравниваемых микроорганизмов. Молекулярно-биологические признаки использую (с вышеуказанными особенностями) в классификации как бактерий, так и вирусов.