- •Ферменты-2
- ••Выдвинутая в 1913 году Л. Михаэлисом и
- •Структурно-функциональная организация ферментов. Схема
- •Структурно-функциональная организация ферментов.
- •• Активный центр включает в себя:
- ••1 этап: постепенное «причаливание» S к «якорной» площадке F.
- ••Химические связи, действующие при этом:
- ••Якорный участок трипсина представлен длинным узким карманом с отрицательно заряженный Асп в глубине
- ••В гидрофобном кармане, образованном радикалами Гли, Три и Лей, химотрипсина располагается боковая цепь
- ••В основе химических реакций лежит образование и разрыв химических связей
- •Биологически важными нуклеофилами являются –NH2, -OH, -SH, и имидазольные группы аминокислот. Нуклеофильные формы
- ••Электрофильные реагенты :
- ••По направлению реакций с учетом конечного результата можно выделить следующие типы реакций
- ••2. Реакции кислотно- основного взаимодействия
- ••Факторы, определяющие активность ферментов [E], [S], [P], Km.
- •• Существенное влияние на активность ферментов оказывает реакция среды. Для проявления их оптимального
- ••В некоторых случаях сдвиг pH на единицу снижает активность фермента на 80%. Поэтому
- •Оптимум рН
- •Фермент
- •Влияние температуры
- ••Так как все ферменты являются белками, а белки при температуре выше 40-500 С
- ••Активность фермента повышается при повышении температуры. Начиная с определенной температуры, совпадающей с началом
- •Специфичность ферментов
- ••Правда, лишь небольшая часть ферментов обладает абсолютной специфичностью, т.е. катализирует превращение только одного
- •Регуляция активности ферментов
- •Активная регуляция:
- ••Регуляция путем изменения количества фермента.
- ••Замена глюкозы на лактозу приводит к индуцированному синтезу фермента галактозидазы, расщепляющей лактозу на
- ••В животных тканях подобный быстрый синтез ферментов наблюдается реже, однако при поступлении в
- ••С другой стороны, иногда под действием этих гидроксилаз чужеродные вещества превращаются в более
- ••Регуляция активности по принципу обратной связи.
- •Аллостерическая регуляция.
- •Свойства аллостерических ферментов:
- •Существует 2 вида веществ (эффекторы), которые оказывают на фермент двоякое действие:
- ••При взаимодействии аллостерического фермента с аллостерическим активатором резко возрастает степень сродства фермента к
- ••Кинетика
- •Имеется реакция:
- •Основы термодинамики катализа
- •Энергия активации
- •Термодинамика ферментативных
- •Кинетика ферментативных
- •Кинетика ферментативных реакций. pH
- •Кинетика ферментативных реакций. Температура
- ••Активность фермента зависит от концентрации субстратов.
- ••Если концентрация субстрата [S] очень низкая, ограничивающим скорость реакции становится этап образования комплекса
- •• Если концентрация субстрата [S] высокая, количество образующегося комплекса ES зависит от количества
- ••Ограничивающим скорость реакции становится этап образования продукта (катализ). В реакции, катализируемой ферментом имеется
- •Кинетика ферментативных реакций. Концентрация субстрата
- ••Важным для правильной оценки результатов исследования зависимости скорости реакции от концентрации является измерение
- ••При взаимодействии фермента и субстрата очень быстро наступает равновесие между скоростью образования и
- ••В реакции, катализируемой ферментом можно выделить четыре реакции, каждая из которых характеризуется собственной
- ••Важной качественной характеристикой фермента является константа Михаэлиса
- ••тогда, количество свободного фермента: [Et] - [ES]
- ••[этап 2] гипотеза: Образование
- ••Уравнение Михаэлиса и Ментен графически – прямоугольная гипербола
- ••Каково физическое значение Km? Уравнение Михаэлиса-Ментен можно преобразовать к такому виду
- ••Из этого уравнения легко показать, что
- ••Наиболее удобное сочетание эффективности и контроля соблюдается при условии, если концентрация субстрата одного
- ••Знание Км позволит Вам оценивать концентрацию субстрата, необходимую для гарантии насыщения. Эта концентрация
- ••В физиологических условиях, для эффективной работы, концентрация субстрата должна быть на уровне Км
- ••Практически рассчитать значения Км и Vmax, пользуясь кривой, описываемой уравнением Михаэлис и Ментен
- •• Такой способ выражения позволяет более точно рассчитать значения Км и V. Пересечение
- •Примеры использования данных кинетических исследований ферментов в медицине
- ••Альдегиддегидрогеназа обычно существует в двух формах, с высоким сродством (низкие значения Км) к
- ••Семейная пара с генетической предрасположенностью к болезни Неймана- Пика ожидает ребенка. Им известно,
- ••Если сфингомиэлин не распадается должным образом, нарушается нейронная передача. Физиологические последствия болезни Наймана-Пика
- ••Семейная пара с генетической предрасположенностью к болезни Неймана- Пика ожидает ребенка. Им известно,
- ••У беременной были получены клетки плода (путем амниоцентеза) и размножены методом тканевой культуры.
- ••При знакомстве с материалом по кинетике ферментов могло сложиться впечатление, что кинетика всех
- ••У ферментов, подчиняющимся принципам кинетики Михаэлиса и Ментен с позиций процессов, протекающих в
- ••Таким образом, природа вынуждена обратиться к "кооперативным" системам, в которых маленькие изменения в
- ••Аллостерический белок определяется как белок, содержащий два или больше топологически различающихся центра связывания
- ••Кооперативность - модификация константы связывания лиганда белком предшествующим связыванием другого лиганда. Константы связывания
- ••. Км обычно принимается как константа связывания субстрата, поскольку ее проще измерять, чем
- •Значения Vmax и Km определяются при экстраполяции линий до пересечения с осью абсцисс
- ••Два лиганда один из которых влияет на связывание другого, могут быть химически идентичны,
- •У аллостерических ферментов
- ••Аллостерический фермент содержит ряд активных центров, в самом простом случае по одному на
- •• Центральная линия графика - типичная сигмовидная кривая в отсутствии любого эффектора. В
- ••Денатурация – нарушение пространственной структуры фермента с последующей потерей активности фермента. Денатурация вызывается
- •Ингибиторы бывают разные:
- ••Среди примеров необратимо действующих ингибиторов можно назвать диизопропилфторфосфат (ДИПФФ). Это соединение вошло в
- ••Ацетилсалициловая кислота (известный всем аспирин) является необратимым ингибитором циклооксигеназы- фермента участвующего в синтезе
- ••Ингибитором синтеза протеогликанов стенки бактерий является пенилиллин, структура которого напоминает D- аланин, встраиваемый
- ••Предшествующее связывание субстрата к активному центру в свою очередь, вызывает изменения конформации центра
- •Различают два механизма конкурентного торможения.
- •Конкурентные ингибиторы не
- ••Малоновая кислота тормозит активность дегидрогеназы янтарной кислоты, занимая активный центр на ферменте. Учитывая
- •Конкурентное торможение
- ••Регуляция активности ферментов путем химической модификации: Реакции ограниченного протеолиза, аденилирования, рибозилирования, ацетилирования, фосфорилирования
- ••Активность фермента можно изменить путем ковалентной модификации его структуры.
- •Регуляция активности ферментов
- ••Гормон, циркулирующий в крови, попадает в межклеточную жидкость и контактирует с поверхностью клетки,
- ••Уровень, образовавшийся под действием АЦ, цАМФ определяется не только активностью АЦ, но и
- ••цГМФ оказывает эффекты противоположные цАМФ.
- •Изоферменты, их природа,
- ••1) скорстью катализа;
- ••Изоферменты имеют адаптивное значение, т. е. придают специфику метаболизма.
- ••Существует 5 изоферментных форм:
- ••Остальные изоферменты занимают промежуточное положение.
- •Изменение активности ферментов в онтогенезе.
- •Глюкоза утилизируется анаэробным путем (анаэробный гликолиз), т. к. ткани плода не способны к
- •3. Грудной
- •6. Зрелый.
•Регуляция активности по принципу обратной связи.
Допустим в клетке есть многоступенчатый биосинтетический процесс, каждая стадия которого катализируется собственным ферментом:
• |
E1 |
E2 |
E3 |
E4 |
||
• |
A |
-- |
> |
X --> |
Б |
--> B --> Г --. ... P |
Накопление продукта P оказывает мощное ингибирующее действие на фермент E1.
Аллостерическая регуляция.
Аллостерические ферменты - это ферменты, располагающиеся в начале метаболического потока или на его узловых этапах и управляют этим метаболическим потоком.
Свойства аллостерических ферментов:
1.Являются олигомерами состоящими из протомеров.
2.Имеют как минимум два центра: активный центр и центр аллостерической регуляции.
3.Имеют ось симметрии.
4.Протомеры изменяют свою структуру в пределах олигомеров.
5.Изменение конформации олигомеров ограничено конформациями отдельных протомеров.
Существует 2 вида веществ (эффекторы), которые оказывают на фермент двоякое действие:
1)активаторы; |
2) ингибиторы. |
Аллостерический фермент имеет 2 центра аллостерической регуляции : -центр аллостерической активации
- центр аллостерического ингибирования.
•При взаимодействии аллостерического фермента с аллостерическим активатором резко возрастает степень сродства фермента к субстрату, точнее возрастает степень сродства активного центра к субстрату.
•При взаимодействии аллостерического ингибитора с аллостерическим ферментом, резко понижается степень сродства фермента к субстрату.
•Кинетика
ферментативных
реакций
Имеется реакция:
S → P + Q
•Представим эту реакцию в виде отдельных новых стадий:
S + E = ES = E + P
подстадии:
1.E + S = ES
2.ES = ES*
3.ES* = ES**
4.ES** = ES***
5.ES*** = EP
6.EP = E + P S*, S**, S*** - новые модификации субстрата, обусловленные изменением энергетической плотности, заряда и т. д.
Основы термодинамики катализа
•Д. Кошланд предположил, что с термодинамической точки зрения
ферменты ускоряют химические реакции за счет снижения энергии активации.
Энергия активации
•Энергия активации - энергия, необходимая для перевода всех молекул моля вещества
в активное состояние при данной температуре, т. е. это та энергия, которая
необходима молекуле, чтобы преодолеть
энергетический барьер.
–Фермент снижает энергию активации путем увеличения числа активированных молекул, которые становятся реакционно-способными на более низком энергетическом уровне, т. е. снижается и энергетический барьер.
Термодинамика ферментативных |
|
|
реакций |
G |
Энергия активации |
|
ферментативной реакции |
GA1 |
Энергия активации |
|
|
|
неферментативной |
GA2 |
реакции |
|
|
|
Энергетический |
|
барьер |
G1 |
|
G = G2 – G1 |
|
G2 |
|
|
t |