Аминокислотные остатки белков, подвергшиеся фотоаффинному мечению арилазидными реагентами
Аминокислотный |
Число |
остаток |
выявлений |
Tyr |
16 |
Lys |
13 |
Trp |
8 |
Thr |
5 |
Cys |
4 |
Ile |
3 |
Pro |
3 |
Аминокислотный |
Число |
остаток |
выявлений |
Asn |
2 |
Arg |
2 |
Val |
2 |
Met |
2 |
Leu |
1 |
Asp |
1 |
His |
1 |
Продукты фотоиндуцировнного взаимодействия арилазидных реагентов с боковыми радикалами тирозина и триптофана
|
|
|
|
O |
|
|
CH |
|
|
|
|
|
|
|
CH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
CH2 |
||
|
|
N C |
F |
NH |
CH |
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
||||||
|
|
H |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
N |
C |
F |
NH |
|
NH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
H |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
OH |
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
N |
C |
F |
N3 |
h |
|
|
h |
|
N |
C |
F |
N3 |
|
|
|
H |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
H |
|
|
h |
|
|
|
h |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
||
|
|
CH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
CH |
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
N |
C F |
NH2 |
|
|
|
|
|||
|
|
CH2 |
|
|
|
|
|
|
|
|
CH2 |
||||
|
|
|
|
|
|
H |
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
O |
O |
O |
|
|
|
NH |
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
OH |
|
|
|
NH C |
N N |
C NH |
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
O |
NH |
O2N |
|
O2N |
|
O |
NH |
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
C |
|
h |
||||||
|
|
|
O2N |
C |
|
h |
|
|
|
h |
O2N |
|
|
||
|
|
h |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
N3 |
|
||
|
|
|
|
|
|
N3 |
|
O |
|
|
h |
|
|
||
|
|
|
|
|
|
h |
|
O |
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
NH |
C |
N N |
C NH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
O2N |
|
O N |
|
|
|
|
O |
|
|
O NH |
|
|
|
h |
|
|
|
H2N CH C NH |
||||||
|
|
CH |
|
|
|
|
2 |
|
|
||||||
|
C |
|
|
|
|
h |
|
|
|
h |
|
CH2 |
|||
|
|
|
CH2 |
|
|
|
|
|
|
||||||
O2N |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
O C |
|||||
|
|
|
|
|
NO2O |
|
NO2O |
|
|
|
|
||||
|
|
N |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
NH2 |
|||
|
|
|
|
|
|
C NH |
|
C NH |
|
|
|
|
|
||
|
|
H |
|
OH |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
NO2 |
|
NH2 |
|
|
|
|
|
|
|
Продукты фотоиндуцировнного взаимодействия арилазидных реагентов с боковыми радикалами тирозина и триптофана
•Фотоиндуцированное взаимодействие 4-азидоперфтор- бензоильной группы с боковым радикалом тирозина протекает по С Н связи бензильного атома углерода, в то
время как 5-азидо-2-нитробензоильный реагент реагирует по орто-положению бензольного кольца. При фотовзаимодействии перфторазидоарильной группы с остатком триптофана образуется продукт модификации по бензольному ядру индольной группы триптофана. В то же время, взаимодействие реагента на основе 5-азидо-2- нитробензойной кислоты с остатком триптофана приводит к образованию производного кинуренина продукта
«скрытой» модификации по пиррольному кольцу
Модификация триптофана
Тип заместителя в бензольном кольце определяет природу частиц, образующихся при облучении арилазидных реагентов в водных растворах.
В «темновых» стадиях фотоаффинной модификации биополимеров могут принимать участие:
ароматические нитрозосоединения (электроноакцепторный заместитель в
пара-положении к азидогруппе).
N |
|
|
|
N |
|
N |
|
|
|
N |
|
* |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
CF3 |
|
|
.. |
|
|
|
|
CF3 |
C |
|
CF3 |
||
|
|
|||||
|
|
|
|
|
||
h
R |
|
R |
|
R |
(1) |
|
|
|
(2) |
|
|
|
h
HN- N+ C CF3
(3) R
O
SN
O
N3
APTP
|
OH OH |
|
|
O |
|
|
NH |
|
CH2Br |
|
|
|
N |
|
|
O |
|
|
H |
|
|
|
|
|
|
N |
|
|
|
F C |
C |
|
|
|
3 |
N |
|
|
|
|
BATDHP |
|
|
|
|
O |
S |
S |
|
|
NH |
N |
||
|
|
|
|
N
F3C C N PTHBEDS
p66
+ ДНК
UV
SH |
фотогруппа |
+ R'S |
SS
S S 
*
S S
*
Расщепление
Гель
Гель
A |
Б |
РНК-полимераза
ДНК
pppA, pppG, pppC, pppUS
O
N3 CCH2Br
O
N3 CCH2
S |
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
NH |
|
|
HN |
|
CH2NH2 |
|
РНК-полимераза |
||
|
|
|
|
|
|
||||
N |
O |
O |
|
N |
|
|
|
|
ДНК |
|
|
|
|
|
CH2NH2 |
||||
|
|
|
|
|
|
pppA, pppG, pppC, pppU |
|||
мРНК |
|
|
|
мРНК |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
N |
CF3 |
|
O |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
CO N |
||
|
|
|
|
|
N |
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
S |
|
|
|
O |
|
|
O |
|
CF3 N |
|
|
|
|
|
|
CH2NH |
|
||
N |
|
|
HN |
|
|
C |
|
N |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
N
O O
N
мРНК |
мРНК |
|
|
|
O |
|
|
|
|
O |
|
|
|
|
|
|
NH |
|
|
|
|
NH |
|
РНК-полимераза |
|
O |
N |
O |
|
|
O |
N |
O |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
ДНК |
O |
|
NH2 |
CF3 |
N |
O |
|
HN |
CF3 |
|
pppA, pppG, pppC, pppUNH |
|
|
N |
|||||||
|
SCNCH2 |
|
||||||||
2 |
|
|
|
|
|
C |
NHCH2 |
|||
|
|
|
N |
|
|
|
||||
|
РНК |
|
|
|
РНК |
|
N |
|||
|
|
|
|
|
|
S |
|