- •Калинин Виталий Леонидович. Репликация генома
- •Классификация днк-полимераз
- •Днк-полимеразы e. Coli
- •1.2.1. Днк-полимераза I e.Coli
- •1.2.2. Днк-полимераза II e.Coli
- •1.2.3. Днк-полимераза III e. Coli
- •1.3. Эукариотические днк-полимеразы и днк-полимеразы археев
- •1.3.1. Днк-полимераза
- •Главные эукариотические днк-полимеразы
- •1.3.2. Днк-полимераза
- •1.3.3. Днк-полимераза
- •1.3.4. Днк-полимеразы и
- •1.3.5. Днк-полимеразы археев
- •1.4. Скользящие зажимы днк-полимераз и их погрузчики
- •1.4.1. Скользящие зажимы – факторы процессивности днк-полимераз
- •1.4.2. Погрузчики скользящего зажима
- •Литература
- •Глава 2. Вспомогательные белки репликации днк
- •2.1. Днк-геликазы
- •2.1.1. Общая характеристика геликаз
- •5’3’ 3’5’
- •3’ 5’
- •1 22 138 174 345 471
- •2.1.3. Днк-геликаза репликативной вилки у эукариотов
- •2.1.4. Механизм действия гексамерных днк-геликаз
- •1 10 70 245
- •2.2. Белки, связывающие однонитевую днк
- •1 21 254 301
- •Домены dвр-а - dвр-d белка rpAизображены в виде ладоней, а онДнк – в виде стрелки
- •2.3. Праймазы
- •1 100 200 300 400 500 582
- •1 2 3 4 5 6
- •2.4. Днк-лигазы
- •2.5. Днк-топоизомеразы
- •Литература
- •Глава 3. Инициация репликации хромосомной днк
- •3.1. Инициация репликации хромосомы e. Coli
- •3.1.1. Белок-инициатор DnaA
- •1 56 129 350 429
- •Ihf r5(m)
- •3.1.3. Этапы инициации репликации на онр oriC
- •3.1.4. Регуляция инициации репликации хромосомы e. Coli
- •Секвестрирование oriC
- •3.2. Инициация репликации у дрожжей Saccharomyces cerevisiae
- •3.2.1. Области начала репликации (онр) ars и комплекс узнавания онр (orc)
- •Gaaaagcaagcataaaagatctaaacataaaa tctgtaaaataaca
- •Изогнутыми стрелками отмечены сайты инициации двунаправленной репликации хромосомной днк. Приведена последовательность комплементарной нити сайта acs
- •3.2.2. Этапы пути инициации репликации на онр у дрожжей
- •3.3. Инициация репликации у высших эукариотов
- •3.3.1. Белковые компоненты и путь инициации репликации
- •3.3.2. Проблема существования областей начала репликации у высших эукариотов
- •90 40 60 165 330 65 190 (П.Н.)
- •17 5 23 (Т.П.Н.)
- •55 Т.П.Н.
- •Caaaagcaagacaaa gacaagc tccaaataagattca Ori хомячка (cho)
- •3.4. Регуляция инициации репликации в эукариотических клетках
- •Литература
Литература
Льюин Б. «Гены», М., Мир, 1987, с. 396-431.
Brush G.S., Kelly T.J. Mechanisms for replicating DNA // In “DNA Replication in Eukariotic Cells”, Cold Spring Harbor Lab. Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1996, pp. 1-43.
Alberts B. DNA replication and recombination // Nature, v. 421, 431-435, 2003.
Bollum F.J. Therminal deoxynucleotidyl transferase // In “The Enzymes”, v. 10, p.145-171, 1974.
Marians K. Prokaryotic DNA replication // Ann. Rev. Biochem., v. 61, 673-719, 1992.
Joyce C.M. Polymerase structures and function: variation on a theme? // J. Bacteriol., v. 177, 6321-6329, 1995.
Steitz T.A. DNA polymerases: structural diversity and common mechanisms // J. Biol. Chem., v. 274, 17398\5-17398, 1999.
Brautigam C.A., Steitz T.A. Structural and functional insights provided by crystal structures of DNA polymerases and their substrate complexes // Curr. Opin. Structural Biol., v. 8., 54-63, 1998.
Jäger J., Pata J.C. Setting a grip: polymerases and their substrate complexes // Curr. Opin. Structural Biol., v. 9., 21-28, 1999
Patel P.H., Suzuki M., Adman E., Shinkai A, Loeb L.A. Prokaryotic DNA polymerase I: evolution, structure, and “base flipping” mechanism for nucleotide selection // J. Mol. Biol., v. 308, 823-837, 2001 .
Михайлов В.С. ДНК-полимеразы эукариот // Мол. биол., т. 33, 567-580, 1999.
Stuckl M., Stagljar I., Jonsson Z.O., Hűbscher U. A coordinated interplay: proteins with multiple functions in DNA replication, DNA repair, cell cycle / checkpoint control, and transcription // Progr. Nucleic Acid Res. Mol. Biol., v. 65, 261-299, 2001.
Hűbscher U., Maga G., Spadari S. Eukaryotic DNA polymerases // Ann. Re. Biochem., v. 71, 000-000, 2002.
Budd M.E., Campbell J.I. Interrelationships between DNA repair and DNA replication // Mutat. Res., v. 451, 241-255, 2000
Foiani M., Lucchini G., Plevani P. The DNA polymerase - primase complex couples DNA replication, cell cycle progression and DNA damage response // Trends Biochem. Sci., v. 22, 424-427, 1997
Burgers P.M.J. Eukaryotic DNA polymerases in DNA replication and repair // Chromosoma, v. 107, 218-227, 1998.
Burgers P.M.J., Koonin E.V. et al. Eukaryotic DNA polymerases: proposal for a revised nomenclature // J. Biol. Chem., v. 276, 43487-43490, 2001.
Aravind L., Koonin E.V. Phosphoesterase domains associated with DNA polymerases of .different origins // Nucl. Acids Res., v. 26, 3746-3752, 1998.
Cahn I.K.O., Ishino Y. Archaeal DNA replication: identifyng the pieces to solve a puzzle // Genetics, v. 152, 1249-1267, 1999.
Hingorani M.M., O’Donnell M. Sliding clamps: a (tail)ored fit // Curr. Biol., v. 10, R25-R29, 2000.
Tsurimoto T. PCNA, a multifunctional ring on DNA // Biochem. Biophys. Acta, v. 1443, 23-39, 1998.
Lopes de Saro F.J., O’Donnell M. Interaction of the sliding clamp with MutS, ligase and DNA polymerase I // Proc. Nat. Acad. Sci. USA, v. 98, 8376-83802, 2001.
Dalrymple B.P., Kongsuwan K., Wijffels G., Dixon N.E., Jennins P.A. A universal protein-protein interaction motif in the eubacterial DNA replication and repair systems // Proc. Nat. Acad. Sci. USA, v. 98, 11627-11632, 2001.
Mossi R., Hűbscher U. Clamping down on clamps and clamp loader. The eukaryotic replication factor C // Eur. J. Biochem., v. 254, 209-216, 1998.
Trakselis M.A., Benkovic S.J. Intricacies in ATP-dependent clamp loading: variation across replication systems // Structure, v. 9, 999-1004, 2001.
Ellison V., Stillman B. Opening of the clamp: an intimate view of an ATP-driven biological machine // Cell, v. 106, 655-660, 2001.
Neuwald A.F., Aravind L., Spouge J.L., Koonin E.V. AAA+: a class of chaperone-like ATPases associated with assembly, operation, and disassembly of protein complexes // Genome Res., v. 9, 27-43, 1999.
Vale R.D. AAA proteins: lords of the ring // J. Cell Biol., v. 150, F13-F19, 2000.