6 курс / Клинические и лабораторные анализы / Лабораторная_диагностика_туберкулеза_Ерохин_В_В_ред_

РАБОЧАЯ ТЕТРАДЬ СЛУШАТЕЛЯ

• Особенности основных тест-систем для ПЦР-диагностики туберкулеза Цель семинара – формирование у слушателей современных

представлений о способах визуализации результатов ПЦР, интерпретации данных и основных тест-системах, представленных на отечественном рынке.

Семинар будет проведен в интерактивной форме. При обсуждении темы семинара учитывается самоподготовка по модулю 9 «Молекулярно-генетические методы для выявления микобактерий туберкулезного комплекса и НТМБ» темы 9.2. «ПЦР-основа для молекулярно-генетических исследований во фтизиатрии» и темы 9.3. «Методология проведения ПЦР-анализа»

Рекомендуемая литература

1.Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. Изд. Мир, 1984 г. 479 с.

2.Ребриков Д.В., Саматов Г.А., Трофимов Д.Ю. и соавт. ПЦР «в реальном времени». Под ред. Д.В. Ребрикова, – изд 2-е, испр. и доп. – М.: БИНОМ. Лаборатория знаний. – 2009. – 223 с.

3.Bustin S.A. Real-Time PCR. Encyclopedia of Diagnostic Genomics and Proteomics. – 2005. – P. 1117–1125.

4.Bustin S.A. Developments in real-time PCR research and molecular diagnostics // Expert Rev Mol Diagn. – 2010. – Vol. 10(6). – P. 713– 715.

5.Bustin S.A., Benes V., Nolan T., Pfaffl M.W. Quantitative real-time RT-PCR – a perspective // J. Mol. Endocrinol. – 2005. – Vol. 34. – P. 597–601.

6.Espy M. J., Uhl J. R., Sloan L. M., Buckwalter S. P., Jones M. F., Vetter E. A., Yao J. D. C., Wengenack N. L., Rosenblatt J. E., Cockerill F. R. III, Smith T. F. Real-Time PCR in Clinical Microbiology: Applications for Routine Laboratory Testing // Clin. Microbiol. Rev.

– 2006. – Vol. 19. – P. 165–256.

7.Walker N.J. A Technique whose time has come // J. Science. – 2002.

– Vol. 296. – P. 557–559.

Тема 9.5. «Эффективность использования* ПЦР для диагностики туберкулеза в клинике»

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

* Демонстрационный материал к семинару представлен на диске. Может быть распечатан в качестве раздаточного материала.

•Сравнение результатов ПЦР-диагностики с традиционными методами выявления микобактерий.

•Место ПЦР-анализа в лабораторной диагностике туберкулеза

Цель семинара – формирование у слушателей представлений о месте ПЦР-анализа

Рекомендуемая литература

1.Приказ МЗ РФ №109 от 21.03.2003. «О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации»

2.Ngamlert K., Sinthuwattanawibool C., McCarthy K.D., Sohn H., Starks A., Kanjanamongkolsiri P., Anek-vorapong R., Tasaneeyapan T., Monkongdee P., Diem L., Varma J.K. Diagnostic performance and costs of Capilia TB for Mycobacterium tuberculosis complex identification from broth-based culture in Bangkok, Thailand // Trop Med Int Health. – 2009. – Vol. 14(7). – P. 748–753.

3.Susceptibility testing of Mycobacteria, Nocardiae and other aerobic Actinomycetes; Approved Standards. – M 24-A. – Vol. 23. – №18.

Модуль 10. Молекулярно-генетическая идентификация микобактерий

Тема 10.4. «Методы,* применяемые для видовой идентификации НТМБ»

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

•методы идентификации микобактерий до вида;

•этапы проведения ПЦР-анализа с последующей гибридизацией продуктов амплификации на стрипах;

•принцип использования метода масс-спектрометрии для идентификации микобактерий до вида;

•идентификацию микобактериальных культур до вида – алгоритм

применения в практике противотуберкулезной лаборатории Цель семинара – формирование у слушателей представлений о

современных методах идентификации микобактерий до вида и алгоритме их применения в практике противотуберкулезной лаборатории.

Семинар будет проведен в интерактивной форме. При обсуждении темы семинара ведущий и слушатели используют материалы лекций по теме модуля 10. «Молекулярно-генетическая иденти-

* Демонстрационный материал к семинару представлен на диске. Может быть распечатан в качестве раздаточного материала.

Раздел 3. МЕТОДИЧЕСКИЕ МАТЕРИАЛЫ К СЕМИНАРАМ

РАБОЧАЯ ТЕТРАДЬ СЛУШАТЕЛЯ

фикация микобактерий» темы 10.1 «Основные мишени и методы, позволяющие дифференцировать МБТК от НТМБ», а также учитывается самоподготовка по модулю 10. Молекулярно-генетиче- ская идентификация микобактерий. «Методы, позволяющие дифференцировать виды микобактерий внутри туберкулезного комплекса», «Молекулярные мишени, позволяющие проводить видовую дифференциацию НТМБ», «Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ».

Рекомендуемая литература

1.Приказ МЗ РФ №109 от 21.03.2003. «О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации»

2.Lee A.S., Jelfs P., Sintchenko V., Gilbert G.L. Identification of nontuberculous mycobacteria: utility of the GenoType Mycobacterium CM/AS assay compared with HPLC and 16S rRNA gene sequencing. //J. Med. Microbiol. – 2009. – Vol. 58. – P. 900–904.

3.Richter E., Rьsch-Gerdes S., Hillemann D. Evaluation of the GenoType Mycobacterium Assay for Identification of Mycobacterial Species from Cultures // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – P. 1769– 1775.

4.Shitikov E., Ilina E., Chernousova L., Borovskaya A., Rukin I., Afanas’ev M., Smirnova T., Vorobyeva A., Larionova E., Andreevskaya S., Kostrzewa M., Govorun V. Mass spectrometry based methods for the discrimination and typing of mycobacteria // J. Infection, Genetics and Evolution. – 2012. – Vol. 12. – P. 838–845.

5.Susceptibility testing of Mycobacteria, Nocardiae and other aerobic Actinomycetes; Approved Standards. – M 24–A. – Vol. 23. – №18.

Тема 10.5. «Значение молекулярно-генетической идентификации* микобактерий для фтизиатрической клиники»

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

•лекарственная чувствительность НТМБ;

•НТМБ как «маска» ШЛУ ТБ;

•значение молекулярно-генетической идентификации НТМБ для исключения ошибок диагностики (дифференциация туберкулез/микобактериоз);

•частота выявления НТМБ в клинике с использованием моле- кулярно-генетических методов;

* Демонстрационный материал к семинару представлен на диске. Может быть распечатан в качестве раздаточного материала.

Цель семинара – формирование у слушателей представлений о возможных ошибках в диагностике туберкулеза, связанной с недостаточными знаниями о природе и методах идентификации НТМБ

Семинар будет проведен в интерактивной форме. При обсуждении темы семинара ведущий и слушатели используют материалы лекций модуля 10. «Молекулярно-генетическая идентификация микобактерий» по теме 10.5 «Значение молекулярно-генетической идентификации микобактерий для фтизиатрической клиники», а также учитывается самоподготовка по теме 10.4 «Методы, применяемые для видовой идентификации НТМБ».

Рекомендуемая литература

1.Литвинов В.И., Макарова Н.В., Краснова М.А. Нетуберкулезные микобактерии. – М.: МНПЦБТ. – 2008. – 256 с.

2.Оттен Т.Ф., Васильев А.В. Микобактериоз. – СПб: Медицинская пресса. – 2005. – 224 с.

3.Приказ МЗ РФ №109 от 21.03.2003. «О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации»

4.An official ATS/IDSA statement: diagnosis, treatment and prevention of Nontuberculous Mycobacterial diseases // Am. J. Respir. Crit. Care Med. – 2007. – Vol. 175. – P. 367–416.

5.Daley C.L., Griffith D.E. Pulmonary non-tuberculous mycobacterial infections // Int. J. Tuberc. Lung Dis. – 2010. – Vol. 14, № 6. – Р. 665–671.

6.David L., Heyman М. Diseases due to other mycobacteria. – Washington: American Public Health Association. – 2004. – Р. 572–573.

7.Falkinham J.O. Nontuberculous Mycobacteria in the environment. // Clin Chest Med. – 2002. – Vol. 23. – P. 529–551.

8.Griffith D.E., Aksamit T., Brown-Elliott B.A. et al. An official ATS/IDSA statement: diagnosis, treatment, and prevention of Nontuberculous Mycobacterial diseases. // Am J Respir Crit Care Med. – 2007. – Vol. 175. – P. 367–416.

9.Sato A. Geographic distribution of MAIC serovars isolated from pa-

tients in five cities of Japan // Kansenshogaku Zasshi. – 2000. – Vol. 74. – № 1. – P. 64–72.

10.Susceptibility testing of Mycobacteria, Nocardiae and other aerobic Actinomycetes; Approved Standards. – M 24–A. – Vol. 23. – №18.

11.Von Rhein C.F., Arbeit R.D., Horsburgh R., Ristola M.A., Waddell R.D., Tvaroha S.M. et al. Sources of disseminated Mycobacterium avium infection in AIDS. // J Infect. – 2002. – Vol. 44. – Р.166–170.

Раздел 3. МЕТОДИЧЕСКИЕ МАТЕРИАЛЫ К СЕМИНАРАМ

Vladimirskii M., Perelman M., Chernousova L., Erokhin V., Zasedatelev A., Mirzabekov A. Identification of rfampin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains by hybridization, PCR, and ligase detection reaction on oligonucleotide microchips // J. Clin. Microbiol.

– 2001. – Vol. 39. – P. 2531–2540.

4.Vasylieva I.,Samoilova A., Larionova E., Chernousova L. Impact of rapid diagnostics of M.tuberculosis drug resistance by GenoType MTBDRplus GenoType MTBDRsl (Hain Lifescience GmbH, Germany) on efficacy of treatment of MDR/XDR TB patients // Am. J. Respir. Crit. Care Med. – 2012. – Vol. 185. – A3313.

Тема 11.3. «Спектр мутаций в геноме МЛУ и ШЛУ штаммов»*

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

•Мутации в геноме МБТ с МЛУ и ШЛУ, выделенных от впервые выявленных больных

•Мутации в геноме МБТ с МЛУ и ШЛУ, выделенных от больных с неудачей лечения и рецидивами

Цель семинара – формирование у слушателей представлений о спектре мутаций в основных генах, ответственных за устойчивость к рифампицину, изониазиду и фторхинолонам

Семинар будет проведен в интерактивной форме. При обсуждении учитывается самоподготовка по модулю 11 «Молекулярногенетические основы резистентности микобактерий» темы 11.1 «Гены микобактерий, ответственные за устойчивость к ПТП».

Рекомендуемая литература

1.Владимирский М.А., Аляпкина Ю.С., Варламов Д.А., Алексеев Я.И., Шипина Л.К., Шульгина М.В., Домотенко Л.В., Быкадорова К.Р., Гащенко Н.Н., Ендоурова Л.Б., Иванова О.В., Ильина Е.А., ЛевковаО.А., Маркова Т.В., Наземцева В.П., Павлова Е.П., Полозов А.И., Шишкина Н.В. Применение метода ПЦР в реальном времени для определения и контроля за распространением лекарственно-устойчивых штаммов микобактерий туберкулеза // Туберкулез и болезни легких. – 2008. – №4. – С. 38–44.

2.Кузьмин А.В., Васильева И.А., Черноусова Л.Н. Эффективность химиотерапии деструктивного туберкулеза легких, основанной на результатах экспресс-детекции лекарственной чувствительности к изониазиду и рифампицину тест-системой «ТБ-Био-

* Демонстрационный материал к семинару представлен на диске. Может быть распечатан в качестве раздаточного материала.

Раздел 3. МЕТОДИЧЕСКИЕ МАТЕРИАЛЫ К СЕМИНАРАМ

РАБОЧАЯ ТЕТРАДЬ СЛУШАТЕЛЯ

чип» // Проблемы туберкулеза и болезней легких. – 2006. – №

8. – P. 17–23.

3.Носова Е.Ю., Галкина К.Ю., Антонова О.В., Гармаш Ю.Ю., Скотникова О.И., Мороз А.М. Молекулярно-биологический микрочип ТБ-БИОЧИП-2 для определения чувствительности Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной усточивостью к фторхинолонам у больных с впервые выявленным и хроническим течением туберкулеза // Вестник РАМН. – 2008 – Т.3. – С. 16–19.

4.Afanas'ev M.V., Ikryannikova L.N., Il'ina E.N., Sidorenko S.V., Kuz'min A.V., Larionova E.E., Smirnova T.G., Chernousova L.N., Kamaev E.Yu., Skorniakov S.N., Kinsht V.N., Cherednichenko A.G., Govorun V.M. Molecular characteristics of rifampicinand iso- niazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates from the Russian Federation // J. Antimicrob. Chemother. – 2007. – Vol. 59. – P. 1057–1064.

Тема 11.4. «Значение ускоренных методов детекции ЛУ для* повышения эффективности лечения туберкулеза»

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

•Время установления ЛУ МБТ молекулярно-генетическими и традиционными микробиологическими методами.

•Эффективность лечения туберкулеза по результатам ускоренного определения лекарственной чувствительности МБТ моле- кулярно-генетическими методами.

Цель семинара – формирование у слушателей представлений

об эффективности использования ускоренных методов определения ЛЧ микобактерий для назначения адекватной химиотерапии в короткие сроки.

Семинар проводится в интерактивной форме. При обсуждении учитывается самоподготовка по модулю 11. «Молекулярно-гене- тические основы резистентности микобактерий» темы 11.2 «Мо- лекулярно-генетические методы определения ЛУ МБТ».

Рекомендуемая литература

1.Бастиан И., Порталс Ф. Туберкулез с множественной лекарственной устойчивостью. – М.: Медицина и жизнь, 2003.

2.Васильева И.А., Черноусова Л.Н., Заседателев А.С., Соболев А.Ю., Михайлович В.М. Клиническое значение микрочиповой технологии определения лекарственной устойчивости микобак-

терий туберкулеза // Проблемы туберкулеза. – 2002 – № 6 – С. 21–24.

3.Исакова Ж.Т. Практическое значение тест-системы «ТБ-био- чип MDR» в экспресс-идентификации штаммов M.tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью// Клиническая лабораторная диагностика. – 2009. – № 2. – С. 50–51.

4.Кузьмин А.В., Васильева И.А., Черноусова Л.Н. Эффективность химиотерапии деструктивного туберкулеза легких, основанной на результатах экспресс-детекции лекарственной чувствительности к изониазиду и рифампицину тест-системой – «ТБ-БИО- ЧИП»// Проблемы туберкулеза и болезней легких. – 2006. – №8. – С. 17–23.

5.Hillemann D., Rusch-Gerdes S., Richter E. Evaluation of the GenoType MTBDRplus assay for rifampin and isoniazid susceptibility testing of Mycobacterium tuberculosis strains and clinical specimens// J Clin Microbiol. – 2007. – № 45(8). – Р. 2635–2640.

6.Mitchinson D.A., Nunn A.J. Influence of initial drug resistance on the response to short-course chemotherapy of pulmonary tuberculosis// Am Rev Respir Dis. – 1986. – № 133. – Р. 423–430.

7.Rossman M.D., MacGregor R.R. Tuberculosis: clinical management and new challenges // McGraw Hill Inc., New York, 1995.

Модуль 12. Организация лаборатории молекулярногенетических методов исследований

Тема 12.2. «План рабочих зон лаборатории молекулярногенетических исследований и рекомендуемый комплект оборудования»

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

•Основополагающие принципы методик, которые необходимо учитывать при планировке лабораторий, выполняющих моле- кулярно-генетические исследования

•Размещение ПЦР-рабочих зон в условиях бактериологической лаборатории

•Рекомендуемый комплект оборудования для молекулярно-ге- нетических исследований

•Рекомендуемый комплект расходных материалов

•Инженерно-техническое обеспечение исследований

Цель семинара – формирование у слушателей представлений о системе обязательных/необходимых мер для использования моле-

Раздел 3. МЕТОДИЧЕСКИЕ МАТЕРИАЛЫ К СЕМИНАРАМ

8.Санитарно-эпидемиологические правила "Порядок выдачи са- нитарно-эпидемиологического заключения о возможности проведения работ с возбудителями инфекционных заболеваний человека I–IV групп патогенности (опасности), генно-инже- нерно-модифицированными микроорганизмами, ядами биологического происхождения и гельминтами" СП 1.2.1318-03, Минздрав России, 2003.

9.Санитарно-эпидемиологические правила и нормативы СанПиН 2.1.7.2790-10 «Санитарно-эпидемиологические требования к обращению с медицинскими отходами». – М., 2010.

10.Санитарно-эпидемиологические правила СП 3.1.1295-03 «Профилактика туберкулеза от 25.06.2003 г.

11.Санитарные правила и нормы "Правила сбора, хранения и удаления отходов лечебно-профилактических учреждений" СанПиН 2.1.7.728-99, Минздрав России, 1999.

12.Черноусова Л.Н. Алгоритм микробиологических исследований для диагностики туберкулезной инфекции. Методическое пособие для врачей (сокращенный вариант) // Туберкулез и болезни легких. Нью-терра. – 2011. – №11. – С. 58–67.

13.Черноусова Л.Н., Севастьянова Э.В., Андреевская С.Н., Ларионова Е.Е., Смирнова Т.Г. Алгоритм микробиологических исследований для диагностики туберкулезной инфекции. Методическое пособие для врачей №УМО-17-28/248 от 12.07.2011 М. – 2011. – С. 52.

14.Шухов B.C., Рюмина И.И. Безопасность на рабочих местах в ле- чебно-профилактических учреждениях/Профилактика риска профессионального инфицирования вирусами гепатитов В, С, ВИЧ // Пособие для медицинских работников. – М., 2008. – 79 с.

Тема 12.3. «Меры по предотвращению контаминации в лаборатории, использующей молекулярно-генетические методы»

Количество аудиторных часов – 1 Вопросы, прорабатываемые на семинаре:

•Соблюдения поточности движения биоматериала

•Деконтаминационная обработка оборудования и помещений Цель семинара – ознакомление слушателей с мероприятиями

по предотвращению контаминации в лаборатории молекулярногенетических методов исследования.

Семинар будет проведен в интерактивной форме. При обсуждении темы семинара ведущий и слушатели используют материалы методических указаний и санитарно-эпидемических правил, рег-

Раздел 3. МЕТОДИЧЕСКИЕ МАТЕРИАЛЫ К СЕМИНАРАМ