Начало врачебной и научной деятельности в России.
В том же году С. П. Боткин был приглашен на должность адъюнкта5 терапевтической клиники Медико-хирургической академии (впоследствии Военно-медицинская академия) в качестве помощника профессора П. Д. Шнпулинского и оставался в этой должности в течение года. Спустя год П. Д. Шнпулинский подал в отставку. Тогда группа профессоров немецкого происхождения, игравшая большую роль в академии, предложила передать терапевтическую клинику одному из старших профессоров. В ответ на это С. П. Боткин заявил, что он выйдет в отставку.
Борьба, разгоревшаяся между С. П. Боткиным и ставленником группы профессоров-немцев, была одним из наиболее острых и драматических моментов в процессе обновления кадров академии. Это была борьба между новыми, прогрессивными взглядами и отживающими, реакционными устоями, борьба русской демократической науки и общественности с немецким засильем, насаждавшимся антинародным царским режимом.
Конференция академии находилась в нерешительности, не зная, как поступить, когда во время прений явилась депутация от студентов с настойчивой и решительной просьбой назначить на освободившуюся кафедру С. П. Боткина. Об этом же просили и врачи, прикомандированные к академии для усовершенствования знаний. В письме, адресованном конференции академии, они характеризовали С. П. Боткина как единственного и незаменимого профессора, который может удовлетворить их потребности. После лестной оценки его деятельности и желания слушателей иметь его своим профессором, конференция решила вопрос в пользу С. П. Боткина - он был выбран ординарным профессором.
Полный сил, 28-летний профессор стал руководителем кафедры и на этом посту проработал почти 30 лет. В этой борьбе группа русских профессоров, врачей и студентов одержала верх над ставленниками немецкой группировки. Избрание С. П. Боткина на должность профессора кафедры было лишь частным случаем этой борьбы. Обострил обстановку в это время профессор И. М. Якубович, заявивший, что С. П. Боткин за один год работы в академии сделал больше, чем большая часть членов совета в течение всей их профессорской деятельности.
Получив в свое распоряжение академическую клинику внутренних болезней, Боткин в высшей степени энергично повел дело. Он устроил при клинике прием приходящих больных, что было совершенной новостью, и во время этого приема прочитывал для студентов и врачей целые лекции, представлявшие тщательный разбор больных. Лаборатория клиники вскоре расширилась, и в ней закипела научная работа. Под непосредственным руководством Боткина, его ученики принялись за разработку новых научных вопросов, возбужденных их учителем, который со своей стороны продолжал учиться и развивать свою тонкую наблюдательность.
Пожертвовав науке почти всеми остальными жизненными интересами, Боткин всецело отдался клинике, не отвлекаясь от нее ни частной практикой, ни даже заботами о сохранении своего здоровья и материальном обеспечении своей семьи, которую он, тем не менее, очень нежно любил. К каждой из своих лекций Боткин обыкновенно тщательно подготавливал и собирал материалы; поэтому они носили печать строго обдуманной работы. В лекции он вкладывал весь запас новых наблюдений, приобретенных им при клинических исследованиях, а так как они сопровождались и тщательнейшим разбором больных, то понятно, почему эти лекции, несмотря на полное отсутствие в них эффектов и показного красноречия, были драгоценны для слушателей. Горячее увлечение научным трудом и любовь к врачебному искусству были заметны в каждом поступке профессора и передавались его ученикам, которые, подражая ему, усиленно работали в клинике.