Презентации 2020 / 04-19-GP-GenomVariabMarkers
.pdf
Типы полиморфизма генома:
Пример
распределения повторов в геноме человека
21
Геномика и протеомика
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Секвенирование |
Генотипирование (идентиф-я маркеров) |
(Генетическая дактилоскопия, ДНК типирование)
1.ПДРФ (RELP) - полиморфизм длин рестриктных фрагментов.
2.ПЦР для анализа размера ДНК
3.Гибридизация или ПЦР + гибридизация. Чипгибридизация
22
Геномика и протеомика
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Генотипирование (идентиф-я маркеров)
1. ПДРФ (RELP) - полиморфизм длин рестриктных фрагментов
(Restriction fragment length polymorphism) 1 вариант – рестрикция ДНК + ДНК-
гибридизация
23
Геномика и протеомика
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Генотипирование (идентиф-я маркеров)
2. ПЦР. Например, анализ длин фрагментов с повторами.
Болезнь Хантингтона – Размножение CAG-
кодона (Glu) >36
в гене HTT
ПЦР-анализ VNTRаллеля 6 человек. №6 – гомозита.
STR-локусы хромосом
24
Геномика и протеомика
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Генотипирование (идентиф-я маркеров)
3. Гибридизация или ПЦР+гибридизация. Чип-гибридизация.
25
Геномика и протеомика
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Генотипирование – ДНК-микрочип (DNA microarray)
- для гибридизации с кДНК или мРНК. Для выявления профилей экспресии, однонуклеотидных полиморфизмов, генотипирования.
Микрочип с ~40 000 олигонуклеотидами
Технологии изготовления:
1.Струйная печать
2.фотолитография (In-situ synthesized)
Часто несколько проб на один ген для повышения специфичности
3.Illumina high-density bead arrays –
цветокодированные 3-мкм кварцевые бусины
26
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Генотипирование – ДНК-микрочип (DNA microarray or slide)
- выявления профилей экспресии, однонуклеотидных полиморфизмов, генотипирования.
Двухцветный микроэррейный эксперимент – |
|
разница между нормальными и раковыми |
|
клетками |
27 |
|
Молекулярно-генетические маркеры используются в
1.Идентификация личности и судебная медицина. Определение степени родства. Восстановление родственных связей.
2.Картирование и исследование заболеваний. Диагностика.
3.Определение предрасположенности к заболеваниям
4.Предсказание фенотипических признаков
5.Классификация заболеваний и пациентов и др.
6.Определения совместимости донора и реципиента при трансплантации
7.Эпидемиология
8.Филогения
9.Идентификация продуктов по ДНК (определение состава: соя, вид мяса, происхождение) и т. д.
28
Геномика и протеомика
Молекулярно-генетические маркеры используются в
1.Идентификация личности и судебная медицина. Определение степени родства. Восстановление родственных связей.
Базы данных ДНК-профилей:
Самая большая - Национальная база Великобритании «NDNAD» с 1995 г, 2015 - 5.7 млн проб,
Россия 2008 г - ФЗ «О государственной геномной регистрации в РФ»
Исландия - база генотипов всего населения страны, ~ 300 тыс человек
29
Геномика и протеомика
Идентификация и анализ полиморфизма генома:
Анализ по митохондриальной ДНК – в клетке много копий мтДНК, у
человека 102-104 на клетку, размер 16,5 kb. 1 мит-я содержит 2-10 копий => если ДНК в образце мало или деградирована, анализируют мтДНК. Передается только по материнской линии, не подвергается рекомбинации, только редкие случайные мутации. Может быть получена из любых биоматериалов: волосы (с корнем), старые кости, зубы.
1920 г
Анна А.
1925-1980 - Анна Андерсон - авантюристка или |
|
принцесса Анастасия Романова? В 1991 анализ мтДНК |
|
установил, что это Франциска Шанцковская из Польши |
Анастасия Романова |
30
Геномика и протеомика