Федеральное агентство по высокотехнологичной медицинской помощи в установленной сфере деятельности осуществляет следующие полномочия:

- проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, включая научно-исследовательские, опытно-конструкторские и технологические работы для государственных нужд, в том числе для обеспечения нужд Росмедтехнологии;

- осуществляет в порядке и пределах, определенных федеральными законами, актами Президента РФ и Правительства РФ, полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в установленной сфере деятельности, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным казенным предприятиям и федеральным государственным учреждениям, подведомственным Росмедтехнологии;

- организует деятельность по оказанию государственных услуг в сфере здравоохранения при предоставлении высокотехнологичной медицинской помощи, в том числе в рамках государственного задания на оказание высокотехнологичной медицинской помощи;

- организует разработку, внедрение и применение современных медицинских технологий, новых методов диагностики и лечения;

- организует направление граждан РФ на лечение за границей;

- организует деятельность по подготовке в ординатуре, аспирантуре и докторантуре медицинских работников для сферы здравоохранения в части разработки, реализации современных медицинских технологий и оказания высокотехнологичной медицинской помощи;

- осуществляет ведение баз данных в установленной сфере деятельности;

- осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных государственных унитарных предприятий и утверждает экономические показатели их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса;

- осуществляет функции государственного заказчика федеральных целевых программ, научно-технических и инновационных программ и проектов в сфере деятельности Росмедтехнологии;

- взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;

- осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;

- обеспечивает в пределах своей компетенции защиту сведений, составляющих государственную тайну;

- обеспечивает мобилизационную подготовку аппарата Росмедтехнологии, а также контроль и координацию деятельности находящихся в его ведении организаций по мобилизационной подготовке;

- организует профессиональную подготовку работников Росмедтехнологии, их переподготовку, повышение квалификации и стажировку;

- осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Росмедтехнологии;

- осуществляет функции главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета, предусмотренных на содержание Росмедтехнологии и реализацию возложенных на Росмедтехнологии функций;

- организует конгрессы, конференции, семинары, выставки и другие мероприятия в установленной сфере деятельности;

- осуществляет иные функции по управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ.

В соответствии с Положением о Федеральном фонде обязательного медицинского страхования ФОМС РФ является самостоятельным государственным некоммерческим финансово-кредитным учреждением. Основными задачами ФФОМС являются: обеспечение реализации Закона РФ "О медицинском страховании граждан в Российской Федерации"; обеспечение предусмотренных законодательством Российской Федерации прав граждан в системе обязательного медицинского страхования; достижение социальной справедливости и равенства всех граждан в системе обязательного медицинского страхования; участие в разработке и осуществлении государственной финансовой политики в области обязательного медицинского страхования; разработка и осуществление комплекса мероприятий по обеспечению финансовой устойчивости системы обязательного медицинского страхования и созданию условий для выравнивания объема и качества медицинской помощи, предоставляемой гражданам на всей территории Российской Федерации. Руководство деятельностью ФФОМС осуществляется правлением и его постоянно действующим исполнительным органом - исполнительной дирекцией, возглавляемой исполнительным директором.