Хасавюртовские соглашения

31 августа 1996 года представителем России Александром Лебедем и представителем Ичкерии Асланом Масхадовым в российском городе Хасавюрте были подписаны мирные соглашения, согласно которым российские войска выводились из Чечни, а решение о статусе республики откладывалось на пять лет (до 31 декабря 2001 года). Чечня вновь стала де-факто независимым, но непризнанным государством.

Межвоенный кризис в Чечне

После гибели Дудаева временным исполняющим обязанности Президента стал Зелимхан Яндарбиев. На президентских выборах в январе 1997 года Президентом ЧРИ стал Аслан Масхадов. Однако мира и спокойствия в республике не наступило. Реальная власть принадлежала полевым командирам, поделившим всю республику на зоны влияния, а правительство фактически контролировало лишь город Грозный, превращённый в ходе боевых действий в руины. Разрушенные города и сёла не восстанавливались, экономика по-прежнему оставалась криминализованной. Между тем, в республике нарастало влияние ваххабизма, распространяемого наёмниками из арабских стран.

Вторжение боевиков в Республику Дагестан

Кульминацией роста ваххабизма стало вторжение 7 августа 1999 года боевиков Шамиля Басаева и Хаттаба на территорию входящей в состав России Республики Дагестан. Целью вторжения являлось воссоединение с боевиками в ваххабитском анклаве - Кадарской зоне Дагестана, а затем захват власти в Дагестане и выход к Каспийскому морю. Боевики натолкнулись на сопротивление российской армии и дагестанского ополчения и после почти месячных боёв, в сентябре 1999 года были вынуждены отступить на территорию Чечни. Несмотря на осуждение вторжения Масхадовым, российское правительство, главой которого стал бывший директор ФСБ Владимир Путин, приняло решение провести новую военную операцию против самопровозглашённой республики, которая стала началом Второй чеченской войны.

Вторая чеченская война

Российские войска вошли в Чечню и заняли равнинные зате́речные районы республики, 18 октября 1999 г. форсировав реку Терек. 17 декабря крупный десант ВДВ был высажен близ чеченского участка Государственной границы России, таким образом, перекрыв сообщение ЧРИ с Грузией.

26 декабря начался новый штурм Грозного. По характеру он значительно отличался от предыдущего штурма 1994-1995 гг. - в город не вводилась уязвимая в уличных боях бронетехника; вместо этого применялись массированные артиллерийские и авиационные удары. 30 января 2000 года боевики прорвались из города через минные поля, неся при этом большие потери, а 6 февраля Грозный был окончательно взят российскими войсками. 22-29 февраля начался бой за райцентр Шатой - последнюю крупную базу сепаратистов. 28 февраля крупный отряд боевиков Хаттаба попытался прорваться через Аргунское ущелье. В бою у высоты 776 двухтысячному отряду боевиков противостояло девяносто российских десантников; в итоге высота была занята боевиками. 7 марта 2000 года отступивший из Грозного отряд боевиков чеченского полевого командира Руслана Гелаева был блокирован в селе Комсомольское. Село было взято российскими войсками, но Гелаеву с частью боевиков всё же удалось уйти в Панкийское ущелье Грузии.

К концу марта 2000 года активная фаза боевых действий завершилась и боевики перешли к тактике партизанской войны.