Меню редактирования - «Edit»
Меню
редактирования содержит базовые операции
над файлом. Экран редактирования показан
на рис.20.
Рис.20.Меню редактирования файлов «Edit».
«Undo» отменяет последнее действие в файле.
«Redo» отменяет действия команды «Undo».
«Cut» удаляет и копирует выделенные части молекул в файле.
«Copy» создаёт дубликат всей молекулы в буфере обмена.
«Copy As» предоставляет текстовые представления молекул, присутствующих на рис.21.
Рис.21.Команда меню «Copy As»
«Past» вставляет последние данные, скопированные в буфер обмена.
«Clear» удаляет все химические структуры на экране.
«Select All» выделяет всё на экране.
«Select None» отмена выделения атомов.
Меню обзора «View»
Меню
«View»
предоставляет пользователю возможность
добавлять и настраивать обзор молекул.
Рис.22. Меню «View»
«New View» создает новое окно.
«Duplicate View» создаёт дубликат текущего отображения молекул, рис.23.
Рис.23. «Duplicate View»
Пункт меню «Detach View» отображает молекулу в новом окне.
Рис.24. «Detach View».
«Close View» закрывает окно просмотра.
«Center» выровняет молекулу (ы) по центру экрана.
«Full Screen» открывает окно на весь экран.
«Reset Display Types» возвращает к стандартному типу отображения «Ball and Stick».
Функция «Set Background Color..» позволяет изменять цвет фона. Цвет фона может быть любого цвета, пример цвета показан на рис.25.
Рис.25. «Set Background Color..».
«Projection» обеспечивает выбор проекции. Существует два типа проекций (перспективная и орфоганальная проекция), проекция по умолчанию - перспективная проекция. Перспективная проекция показывает более реалистичный (3D) вид молекулы. Ортогональная проекция показывает и выстраивает молекулу для плоского (2D) вида, где все атомы выстраиваются так, чтобы казаться одинаковыми.
«Display Axes» отобразит оси в нижнем левом углу, как это показано на рис.26.
Рис.26. «Display Axes»
«Debug Information» предоставляет дополнительную информацию о том, что происходит на экране. Отладочная информация показана на рис.27.
Рис.27. «Debug Information»
«Use Quick Render», настраивает трехмерное молекулярное изображение, так чтобы обеспечить быструю передачу изображений на медленных компьютерах.
«All Molecules in File...» позволяет ранее созданые. В появившемся диалоговом окне на рис.28 можно выбрать и отредактировать молекулу, щелкнув по названию молекулы.
Рис.28. «All Molecules in File...»
«Crystal
View Options ...»
при выборе данного пункта, откроется
панель инструментов, показанная на
рис.29. Эта панель позволяет редактировать
индексы Миллера и другие элементы для
любой кристаллической структуры[5].
Рис.29. «Crystal View Options ...»
Пункт
«Properties»
предоставляет свойства молекул, атомов,
связей, изменение углов и конформеров.
В этих настройках отображаются общие
сведения о молекуле и атомах, представленных
на рис.30.
Рис.30. «Properties»
Библиографический список
Mera-Adasme, R. Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure / R. Mera-Adasme, F. Mendizbal, C. Olea-Azar and etc. // J. Phys. Chem.- 2011. P. 17.
Salciccioli, M. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt Using Theory and Isotopic Labeling Experiments / M. Salciccioli, M. Barteau, G. Chen, G. Vlachos // J. Am. Chem. Soc. -2011 P. 20.
Tutorial Avogadro // http://difusion.df.uba.ar URL: http://difusion.df.uba.ar/ConectarIgualdad/Tutorial%20Avogadro.pdf (дата обращения: 07.04.2017).
Avogadro – ввод структуры // [Электронный ресурс]. URL: http://qchemtos.narod.ru/files/Avogadro.pdf (дата обращения: 07.04.2017).
Learning Avogadro - The Molecular Editor // [Электронный ресурс].URL: https://dasher.wustl.edu/chem430/software/learning-avogadro.pdf (дата обращения: 08.04.2017).