Основные функции, инструменты Открытие файла

Общий вид программы ChemCraft после запуска в операционной системе Microsoft Windows приведен на рис. 4.

Рис. 4. Общий вид программы Avogadro после запуска

Для открытия файла, нужно нажать на пункт меню File и из выпавших вариантов выбрать Open, как это показано на рис.5.

Рис. 5. Пункт меню File.

Avogadro поддерживает множество форматов, такие как, CML, XYZ, SDF, Mol2, PDB и др.

На рис. 6 показан файл ethanol.cml, открытый и отображаемый с использованием стандартного типа отображения Ball and Stick. При открытии нового файла Avogadro переключается с инструмента Draw Tool на инструмент Navigate Tool, который позволяет просматривать молекулу без ее редактирования.

Рис. 6. Отображение файла ethanol.cml с помощью стандартного типа отображения Ball and Stick.

Создание молекул

Молекулы можно создавать и редактировать с помощью инструмента рисования(draw tool).

Рис. 7. Инструмента рисования(draw tool).

Начать создавать молекулу можно, щелкнув левой кнопкой мыши по черному полю. Это приведет к образованию атома углерода[4]. Щелчок правой кнопкой мыши на атоме удалит его, как показано на рис.8.

Рис. 8. Экран создания молекулы.

Левый клик и перетаскивание курсора покажут связь с двумя атомом углерода.

Рис. 9. Связь между атомами.

В выпадающем меню «Element» можно выбрать различные элементы. Ввод атомарного символа (например, «A-s» для мышьяка) – изменит выбранный элемент.

Рис. 10. Выпадающее меню изменения элемента.

Флажок «Adjust Hydrogens» на рис.11 проверяет, количество водородов в молекуле и автоматически регулирует количество для удовлетворения валентности[4].

Рис. 11. Флажок Adjust Hydrogens.

Количество связей может быть изменено с помощью выпадающего меню «Bond Order».

Рис. 12. Меню «Bond Order».

В меню «Extensions» можно оптимизировать геометрию молекулы, выбрав «Optimize Geometry», как показано на рис.13.

Рис. 13. Оптимизация молекулы.

Режимы выбора атомов.

Существует три режима выбора: «Atom / Bond», «Residue» и «Molecule».

Режим выбора «Atom / Bond» предоставляет пользователю возможность выбрать один атом внутри молекулы, путём клика левой кнопки мыши по атому, это показано на рис.14. Нажатие кнопки «Shift» на клавиатуре позволяет выбрать несколько атомов. Клик правой кнопкой мыши по черному полю, очистит сделанный выбор.

Рис. 14. Режим «Atom / Bond».

Режим выбора «Residue»,рис.15, выбирает весь осадок в молекуле, нажимая на один из атомов в осадке.

Рис. 15. Режим «Residue».

Режим выбора «Molecule» выбирает всю молекулу, нажимая на атом. Двойной щелчок по молекуле, также выберет всю молекулу, пример выбора показан на рис.16

Рис. 16. Режим «Molecule».

Молекулы также можно выбирать, нажимая и перетаскивая курсор, как на рис.17.

Рис. 17. Выбор молекул курсором.

Основные пункты меню Меню файл - «File»

Меню «File» предоставляет стандартные возможности: создания нового файла, открытия и закрытия, а также для его сохранения[5].

Рис.18. Меню «File»

«New» открывает новый файл в программе Avogadro.

После выбора «Open» файл, который был сохранен ранее, доступен в открывшемся окне.

«Open Recent» отображает список недавно открытых файлов.

«Close» закрывает открытое окно.

«Save» сохраняет файл.

«Save As ...» позволяет сохранить новый файл без перезаписи исходного файла.

«Revert to Saved» отменяет все изменения, внесенные в файл.

«Export» помогает создавать файлы в программе Avogadro, которые можно открывать с помощью стороннего софта.

Рис.19.Пункт меню «Export».