МИНОБРНАУКИ РОССИИ

Федеральное государственное бюджетное

образовательное учреждение высшего образования

«Казанский национальный исследовательский

технологический университет»

Кафедра __неорганической химии

Направление____18.04.01 Химическая технология

Программа____ Компьютерные и экспериментальные методы исследования и моделирования структуры и свойств наносистем и материалов

Группа_____426-М6

Курсовая работа

по дисциплине

Основы компьютерного моделирования структур химических соединений

Тема программный пакет Avogadro для отображения структур и свойств химических соединений.

Зав.кафедрой____________________________________ (А.М. Кузнецов)

^{подпись}

Руководитель____________________________________ (Т.Н. Гришаева)

^{оценка дата подпись}

Студент_________________________________________(Р.В. Андреев)

^{подпись}

2017 г.

Оглавление

ОБЩИЕ СВЕДЕНИЯ О ПРОГРАММЕ 2

Особенности программного пакета Avogadro 2

УСТАНОВКА ПРОГРАММЫ AVOGADRO. 4

ОСНОВНЫЕ ФУНКЦИИ, ИНСТРУМЕНТЫ 6

Открытие файла 6

Создание молекул 7

Режимы выбора атомов. 10

ОСНОВНЫЕ ПУНКТЫ МЕНЮ 13

Меню файл - «File» 13

Меню редактирования - «Edit» 15

Меню обзора «View» 16

БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК 21

Общие сведения о программе

Avogadro - многофункциональная программа, предназначенная для молекулярного моделирования, квантовой химии, биоинформатики, наук о материалах и родственных областей научного знания[1].

Avogadro позволяет легко построить или изменить структуру молекулы, открывать огромное количество форматов файлов, обеспечивает отличное качества рендеринга молекул и белковых структур, может служить графической оболочкой для множества квантовохимических пакетов и самостоятельно проводить полуэмпирические расчеты с визуализацией в окне программы[1].

Возможности Avogadro легко расширяются плагинами, которые могут быть написаны на C++/Qt или Python. Программа работает на всех популярных ОС, включая Windows, Linux и Mac OS X.

Особенности программного пакета Avogadro

Кросс-платформенность: Молекулярный конструктор для Windows, Linux и Mac[2].

Бесплатно, Open Source. Простота установки и доступны все исходные коды (GNU GPL).

Международная: Переводы на китайский, французский, немецкий, итальянский, русский, испанский и более.

Интуитивно понятный: встроенная легко работать для студентов и исследователей как передовые[2].

Скорость: Поддержка многопоточной визуализации и вычислений.

Расширяемый: Модуль архитектуры для разработчиков, включая интерактивные инструментоы, команды и сценарии Python[2].

Гибкий: Возможности включают импорт химических файлов Open Babel, несколько вычислительных пакетов, кристаллов, биомолекул и т.д.

Кроме того, Avogadro предоставляет библиотеки (libavogadro), которые могут быть использованы для разработки программного обеспечения[2].

Avogadro - свободный продвинутый молекулярный редактор, разработанный для использования поперечной платформы по вычислительной химии, молекулярного моделирования, биоинформатики, науки материалов, и связанных областей. Удобный интерфейс, прост в изучении[3]. 

Установка программы avogadro.

Avogadro устанавливаются стандартно, запуском программы-установщика. Стартовое окно установщика показано на рис.1

Рис. 1. Стартовый экран установщика.

На рис.2 показано лицензионное соглашение, которое необходимо прочитать и нажать кнопку «Принять».

Рис. 2. Окно лицензионного соглашения.

Далее выбираем директорию установки программы и жмём «Далее».

Рис. 3. Экран выбора папки установки.