Київський національний університет імені Тараса Шевченка ННЦ « Інститут біології та медицини»
Робота
на тему:
«Використання програми Origin для кількісного підрахунку на прикладі діатомових водоростей роду піннулярія»
Презентацію підготувала
Студентка 2 курсу 12 групи
Денної форми навчання
Савчук Альона Сергіївна
Київ 2016
Зміст
Вступ
Загальний огляд програми Origin
Основні відомості про діатомові водорості роду піннулярія
Експериментальна частина
Висновки
Огляд літератури
Вступ
Останні досягнення в біології характеризуються інформаційною революцією в молекулярній біології. Це зумовлено розвитком швидких технік сіквенування ДНК і пов’язаних з комп’ютерами технологій, що допомагають працювати зі зростаючими потоками інформації. В більшості випадків біоінформатику сприймають як використання комп’ютерів для опрацювання і обробки біологічної інформації. Для багатьох біоінформатика – це синонім „комп’ютерної молекулярної біології” – використання комп’ютерів для характеристики молекулярних компонентів живих систем. В широкому розумінні біоінформатика означає використання комп’ютерних технологій для маніпуляції і аналізу біологічних даних. Тому вона використовує підходи і методи багатьох наук – від штучного інтелекту і роботизації до аналізу геному. Стосовно геному термін „біоінформатика” використовується для комп’ютерної маніпуляції і аналізу масивів даних про послідовності ДНК і білків. Останнім часом термін „біоінформатика” почали використовувати для маніпулювання і аналізу тримірними структурами даних. Поява біоінформатики завдячує двом основним моментам – накопиченню інформації щодо первинної структури нуклеїнових кислот і білків і розробці і розповсюдженню завдяки мережі Інтернет біологічних баз даних і програм для оперування з ними.
На даний момент на ринку комп’ютерних програм представлений великий вибір найрізноманітніших програм ,які можуть допомогти у біологічних дослідженнях.
Тому актуальність моєї роботи полягає у використанні пакету програм Origin для отримання кількісного аналізу досліджуваного графічного зображення на прикладі діатомових водоростей роду піннулярія.
Загальний огляд програми Origin
Origin - пакет програм фірми OriginLab Corporation для чисельного аналізу даних і наукової графіки, що працює на комп'ютері під керуванням операційної системи Microsoft Windows.
Для виконання операцій можна використовувати як інструмент графічного інтерфейсу користувача (діалоги / меню), так і викликати їх в програмах. В Origin включений власний компілятор C / C ++ з підтримкою та оптимізацією векторних і матричних обчислень.
Origin створена для створення двовимірної, тривимірної наукової графіки, яка створюється за допомогою готових шаблонів, доступних для редагування користувачем.
За допомогою Origin можна проводити чисельний аналіз даних, включаючи різні статистичні операції, обробку сигналів і т. п.
Рис.1 Загальний вигляд пакету програм фірми Origin
Основні відомості про діатомові водорості роду піннулярія
Діатомові водорості (від грец. διά — «крізь» і грец. τέμνειν — «розрізати», або Bacillariophyta) — одна з найбільших груп одноклітинних водоростей та важлива складова фітопланктону. Відрізняється від інших груп будовою клітинної стінки, що має вигляд кремнеземового панцира.
Особливості морфології та будови
Тип структури -- кокоїдний.
Клітинні покриви складаються, як і зазначалось, з кремнеземового панцира (фрустули), який розташований назовні від плазмолеми. Сам панцир має дві половини: верхню (епітеку) та нижню (гіпотеку). Відповідно кожна половина складається із стулки та пояскового обідка. Край стулки загнутий під певним кутом, утворює загин стулки. У цій зоні з краєм стулки одним боком щільно з'єднується поясковий обідок. Поясковий обідок верхньої стулки насувається на поясковий обідок нижньої, у результаті утворюється пенал (гіпотека), що накрита кришкою (епітекою). Зона, де перекриваються пояскові обідки, називається пояском. Різним групам діатомових водоростей притаманна фрустула певної будови, тому її форма та будова -специфічна діагностична ознака.
Ядро у клітині одне, структурно пов'язане з оболонкою пластиди (зовнішня мембрана ядра переходить у зовнішню мембрану пластидної ЕПС), займає центральне положення. Апаратів Гольджі 1-2. Мітоз відкритий, центріолі відсутні. Замість мікротрубочок - полярні диски.
Фотосинтетичний апарат представлений вторинно-симбіотичними родопластами, що займають переважно пристінне положення. Оболонка пластиди має 4 мембрани, причому між внутрішньою та зовнішньою мембранами є перипластидний простір. Тилакоїди зібрані у ламели по три, під оболонкою пластиди розташована оперізуюча ламела. Піреноїд один, голий, може бути пронизаний парами тилакоїдів. У пластиді наявна замкнена в кільце ДНК, що розташовується на полюсах органели.
Мітохондрій у клітині кілька, локалізовані на периферії, кристи трубчасті.
Вакуолярний апарат представлений 4 типами вакуолей, в залежності від вмісту: з волютином, хризоламінарином, олією та клітинним соком.
Більшість видів діатомових водоростей здатні виділяти слиз. З його допомогою водорості рухаються (ті, що мають шов), утворюють колонії, ніжки для прикріплення, слизові трубки.