36. Энхансеры, сайленсеры и изоляторы транскрипции.
Сайленсеры- короткая последовательность ДНК способная инактивировать экспрессию расположенного поблизости гена.
Энхансер (англ. enhancer — усилитель, увеличитель) — небольшой участок ДНК, способный связываться с факторами транскрипции, при этом увеличивая уровень транскрипции гена или группы генов.
И найти еще какую нибудь информацию в интернете.!!
37. Характеристика днк-связывающих доменов факторов транскрипции
эукариот (спираль-поворот-спираль, гомеодомен, спираль-петля-спираль,
«лейциновая __________застежка», «цинковые пальцы»).
Процессинг РНК
Доме́н белка́ — элемент третичной структуры белка, стабильную и независимую подструктуру белка, фолдинг которой проходит независимо от остальных частей. В состав домена обычно входит несколько элементов вторичной структуры. Сходные по структуре домены встречаются не только в родственных белках (например, в гемоглобинах разных животных), но и в совершенно разных белках.
Цинковый палец — тип белковой структуры, небольшой белковый мотив, стабилизированный одним или двумя ионами цинка, связанными координационными связями с аминокислотными остатками белка. Как правило, цинковый палец включает около 20 аминокислот и ион цинка связывает 2 гистидина и 2 цистеина. Цинковые пальцы являются белковыми модулями, взаимодействующими с ДНК, РНК, другими белками или небольшими молекулами.
Основной группой белков с цинковыми пальцами являются ДНК-связывающие факторы транскрипции, а также искусственные ферменты рестрикции получаемые путем слияния ДНК-связывающего домена цинкового пальца с ДНК-разрезающим доменом нуклеазы. Домен цинкового пальца может быть спроектирован так чтобы узнавать и связываться с желаемой последовательностью ДНК.
Лейциновая застёжка-молния— тип белковой структуры, белковый мотив. Часто встречается в ДНК-связывающих факторах транскрипции. В лейциновой застёжке аминокислота лейцин находится приблизительно в каждом 8-м положении альфа-спирали, в результате чего лейциновые остатки оказываются на одной её стороне, образуя амфипатическую спираль, в которой одна сторона обладает гидрофобными свойствами. Лейциновая застёжка образует димерный белок благодаря связыванию двух параллельных альфа-спиралей подобно застёжке-молнии. В основе транскрипционного контроля лежит взаимодействие двух классов белков с ДНК
1. Сигма факторов РНК-Полимеразы прокариот и базальных факторов эукариот
2. Активаторов и репрессоров (у эу называются транскрипциооные факторы)
Они используют схожие механизмы распознавания специфических последовательностей ДНК
За взаимодействие регуляторных белков с ДНК отвечают ДНК-связывающие домены нескольких типов, в основе которых могут лежать следующие консервативные мотивы
Спираль-поворот-спираль
Спираль-петля-спираль
Цинковые пальцы
Лейциновая застежка и др.
Спираль-поворот-спираль (НТН)-одна из наиболее распространенных ДНК-связывающих мотивов. Одна спираль входит в большую бороздку ДНК, вторая замыкает. Белки с мотивом НТН связываются с ДНК как димеры, причем расстояние между распознающими спиралями двух субъединиц одинаково у различных белков.
Эукариоты часто используют мотив, подобный НТН – гомеодомен. Гомеодомен – дискретный модуль из около 60 АМК в составе многих белков, контролирующих развитие дрозофилы (и др.эукариот). Связываются с ДНК за счет структурного элемента – спираль-петля-спираль, и благодаря высокому содержанию положительно заряженных АМК (арг и лиз).
Цинковые пальцы – петля из 23-25 АМК, выступающая из Zn-связывающего сайта, сформированного остатками Гис и Цис. Цинковый палец образует альфа-спираль и бета-слой, которые формируют ДНК-связывающий модуль.
Лейциновая молния включает протяженные альфа спирали, обогащенные остатками лей, расположенными по одну сторону спирали, а также домен, богатый положительно заряженными АМК. Взаимодействуют с ДНК в виде димеров. Непосредственный контакт с ДНК осуществляют домены богатые положительно заряженными АМК, а богатые лей участки служат для стабилизации структуры димера за счет взаимодействия с гидрофобными участками соответствующих альфа-спиралей.