27. Особенности структуры рнк-полимеразы e.Coli: кор-фермент и
холофермент, роль отдельных субъединиц.
Найди вопрос в интернете
28. Альтернативные σ-факторы и их роль в инициации транскрипции.
Рнк-полимераза состоит из минимального фермента и сигма-фактора.
Сигма-фактор обеспечивает образование стабильной связи между бактериальной рнк-полимеразой и днк в области промотора. После того, как длина цепи рнк достигает 9 нуклеотидов, сигма-фактор высвобождается и элонгация осуществялется только минимальным ферментом. Клетки е.коли имеют один основной сигма-фактор и еще шесть альтернативных:
Инициация включает в себя синтез первых нуклеотидов цепи рнк. Фермент остается в области промотора, пока длина синтезируемой цепи не достигнет 9 нуклеотидовзатем фермент освобождает промотор. (Инициация требует наличия субстратов РНК-полимеразы нуклеозидтрифосфатов и заключается в образовании первых нескольких звеньев цепи РНК. Холофермент связывается с ДНК- формируется закрытый комплекс, происходит плавление ДНК – формируется открытый комплекс, абортивная инициация- тройной комплекс. Такой синтез ди-, три- и более длинных олигонуклеотидов называют абортивной инициацией в противоположность продуктивной (т.е. завершающейся образованием полноценного РНК-продукта ) инициации. Когда РНК-продукт достигает критической длины (от 3 до 9 нуклеотидов на разных промоторах), абортивная инициация полностью прекращается, транскрибирующий комплекс стабилизируется и уже не распадается до тех пор, пока синтез молекулы РНК не будет доведен до конца.->освобожденный комплекс
29. Характеристика рнк-полимераз I, II и III эукариот: структура и синтезируемые ими молекулы.
Днк полимераза 1- в исходном цикле удаляет праймеры
Днк полимераза 2 –учавствует в репарации(необходима для получения ионов магния)
Днк полимераза 3- синтезирует поврежденную цепь на лидирующую и на запаздывающую цепи)
И найди что нибудь еще в интернете
30. Структура бактериального промотора и механизм его распознавания
РНК-полимеразой. Инициация транскрипции у прокариот. Стадии
транскрипционного цикла.
Синтез рнк катализирует фермент рнк-полимераза. Транскрипция запускается, когда рнк-полимераза связывается со специальным участком, расположенным вначале гена – промотором. Промотор – последовательность днк, необходимая для образования комплекса рнк-полимераза и матрицы, а также обеспечивающий стадию инициации . Промотор расположен рядом с первой парой оснований, транскрибирующихся в последовательность рнк – стартовой точкой.
Бактериальные прмоторы характеризуются 4 общими чертами: наличием стартовой точки (-10), последовательности -35, участка между положениями -10 и -35 и иногда наличием так называемого UP-элемента.
Стартовой точкой служит пуриновое основание, обычно расположенное в середине последовательности САТ. Выше стартовой точки находится область из 6 пн, обнаруживаемая почти во всех промоторах. Центр этой гексомерной последовательности расположен на расстоянии примерно 10 пн выше стартовой точки транскрипции (-18 до -9 варьирует) По месту расположения эту гексамерную последовательность часто обозначают как последователность -10. Они имеет консенсус – ТАТААТ. Центр другой консервативной последовательности расположен на расстоянии примерно 35пн выше стартовой точки. Эта последовательность ТТГАЦА.Расстояние между положениями -10 и -35 варьирует от 16 до 18 пн у 90% промоторов. Хотя состав промежуточной последовательности не важен, ее размер имеет критическое значение, поскольку определяет соответствие расположения уконсервативных участков структуре РНКП. Некоторые промоторы содержат А-Т-богатую последовательность еще выще регионов – 10 и -35. Этот участок называют UP-элементом. Он служит для взаимодействия с альфа-субъединицей РНКП. Оптимальный промотор состоит из гексамера -35, отделенной 17 пн от гексамерной последовательности -10, которая расположена на 7 пн выше точки начала транскрипции.
Промотор – последовательность днк, необходимая для образования комплекса рнк-полимераза и матрицы, а также обеспечивающий стадию инициации.
Первоначальный контакт рнк-полимеразы с днк происходит в области промотора -35
Закрытый комплекс формируется при взаимодействии со всей последовательностью промотора.
Плавление в области промотора -10 приводит комплекс в открытую форму.
При связывании рнк-полимеразу с промотром днк образуется транскрипционный пузырек
Распознание матрицы начинается со связвания рнк-полимеразы с двухцепочесной молекулой днк в области промотора с образованием «закрытого комплекса». Затем цепи днк расплетаются и образуется «открытый комплекс», создающий условия для спаривания матрицы с рибонуклеотидами. Транскрипционный пузырек образуется в результате локального расплетения цепей днк, начинающегося от участка связывания днк с рнк-полимеразой.
Инициация включает в себя синтез первых нуклеотидов цепи рнк. Фермент остается в области промотора, пока длина синтезируемой цепи не достигнет 9 нуклеотидовзатем фермент освобождает промотор. (Инициация требует наличия субстратов РНК-полимеразы нуклеозидтрифосфатов и заключается в образовании первых нескольких звеньев цепи РНК. Холофермент связывается с ДНК- формируется закрытый комплекс, происходит плавление ДНК – формируется открытый комплекс, абортивная инициация- тройной комплекс. Такой синтез ди-, три- и более длинных олигонуклеотидов называют абортивной инициацией в противоположность продуктивной (т.е. завершающейся образованием полноценного РНК-продукта ) инициации. Когда РНК-продукт достигает критической длины (от 3 до 9 нуклеотидов на разных промоторах), абортивная инициация полностью прекращается, транскрибирующий комплекс стабилизируется и уже не распадается до тех пор, пока синтез молекулы РНК не будет доведен до конца.->освобожденный комплекс
В ходе элонгации фермент движется вдоль днк, обеспечивая рост цепи рнк. Рнк –полимераза синтезирует рнк. На стадии элонгации в ДНК расплетено примерно 18 н.п. Примерно 12 нуклеотидов матричной нити ДНК образует гибридную спираль с растущим концом цепи РНК .По мере своего движения, фермент расплетает дуплекс днк, формируя одноцепочечную матрицу.нуклеотиды ковалентно присоединяются к 3 штрих концу растущей цепи рнк, образуя в месте расплетения гетеродуплекс рнк и днк.
Позади участка расплетения матричная цепь днк вновь соединятеся со второй цепью, восстанавлявая двойную спираль, а рнк высвобождается в виде одноцепочечной молекулы. Т.е. элонгация представляет собой движение транскрипционного пузырька, в ходе которого цепи днк расплетаются таким образом, чтобы одна из цепей могла служить матрицей для синтеза рнк.Эти перемещения должны сопровождаться относительным вращением РНК-полимеразы и ДНК.)
Терминация– прекращение синтеза цепи рнк в результате распознания последовательности днк называемой терминатором. Прекращается формирование фосфодиэфирных связей, а транскрипционный комплекс диссоциирует от днк. Фермент и новосинтезироанная цепь рнк диссоциирует, а днк восстанавливает свою двухцепочечную структуру. Рнк-полимераза и синтезированная рнк отсоединяется от матричной днк.
Рнк-полимераза состоит из минимального фермента и сигма-фактора.
Сигма-фактор обеспечивает образование стабильной связи между бактериальной рнк-полимеразой и днк в области промотора. После того, как длина цепи рнк достигает 9 нуклеотидов, сигма-фактор высвобождается и элонгация осуществялется только минимальным ферментом. Клетки е.коли имеют один основной сигма-фактор и еще шесть альтернативных