Испанская империя и колонии в Америке. «Индейская криптография»
В XVI веке при дипломатической переписке императора Карла I становится популярным метод nomenclator — указатель географических названий. 11 марта 1532 года Родриго Ниньо, посол в Венеции, использовал его для того, чтобы напомнить императору о некоторых средствах защиты на тот случай, если турецкий султан захочет захватить крепость Клиса в Далмации. Почти 25 лет спустя то же самое сделал маркиз де Мондехар, вице-король Неаполя, чтобы известить Филиппа II о возможных переговорах относительно перемирия между христианами и турками, что стало причиной кризиса имперской разведки в Средиземноморье. Бернардино де Мендоса, посол Испании в Англии и Франции во многих своих письмах использовал метод nomenclator, где особую роль играла замена букв цифрами и шифр из биграмм.
Закодированное письмо Эрнана Кортеса с использованием комбинированного шифра с подстановкой омофонов и метода nomenclator.
Термин «индейская криптография», внедрённый исследователем Гильермо Ломанн Вильена, применяется для обозначения зашифрованных документов в испанских колониях Америки. Первым известным документом на территории Америки, в котором использовался шифр была депеша Христофора Колумба, адресованная Диего Колумбу в 1500 году, и перехваченная губернатором Санто-Доминго, Франсиско де Бобадилья.
Письма зашифровывали не только вице-короли и высшие сановники, но и представители католических орденов и отдельные личности: свой шифр имел завоеватель Мексики Эрнан Кортес и вице-короли Перу Педро де ла Гаска, Франсиско де Толедо, адмирал Антонио де Агуайо. es снабдил графа де Чинчон, губернатора Перу с 1629 по 1639 годы, новым изобретением в криптографии начала XVII века — указателем индейских географических названий; одновременно с этим была внедрена новая система — буквы замещались двумя цифрами, использовались также триграммы.
Уникальный слоговой шифр иезуитов использован в Тетради Бласа Валера; одновременно в документе содержится дешифровка инкских кипу, юпаны, знаков токапу и секес, во многом и послуживших основой для создания шифра; поскольку ключевое значение в кипу и в шифре имел цвет, то он послужил поводом для изобретения в 1749 году итальянцем Раймондо де Сангро метода цветного книгопечатания.
Чёрные кабинеты
Антуан Россиньоль
Джон Валлис
В 1626 году, при осаде города Реальмон, а позже и в 1628 году при осаде Ла-Рошели, французский подданный Антуан Россиньоль расшифровал перехваченные сообщения, и тем самым помог победить армию гугенотов. После победы правительство Франции несколько раз привлекали его к расшифровке шифров. После его смерти его сын, а позже и внук, продолжили дело отца. В то время правительство Франции привлекало к работе множество криптографов, которые вместе образовывали так называемый «Чёрный кабинет».
Антуану Россиньолю принадлежит доктрина, согласно которой стойкость шифра должна определяться видом зашифрованной информации. Для военного времени достаточной будет являться стойкость, если сообщение с приказом армейскому подразделению не будет расшифровано противником хотя бы до момента исполнения получателем, а для дипломатической почты шифр должен обеспечивать сохранность на десятки лет.
В России датой учреждения первой государственной шифровальной службы можно считать 1549 год — образование «посольского приказа» с «циферным отделением». А как минимум с 1702 года Петра сопровождала походная посольская канцелярия под руководством первого министра Ф. А. Головина, которая с 1710 года приобрела статус постоянного учреждения. В нём сосредоточилась криптографическая работа с перепиской между Петром, его приближёнными и различными получателями, а также по созданию новых шифров.
Впоследствии над дешифрованием сообщений в России трудились в том числе такие математики как Кристиан Гольдбах, Леонард Эйлер и Франц Эпинус. При этом во время Семилетней войны Эйлер, находясь в Пруссии, хотя и продолжал переписываться с высшими лицами Российской империи, также занимался дешифровкой перехваченных писем русских офицеров.
К началу XVIII века подобные кабинеты были по всей Европе, в том числе «Die Geheime Kabinettskanzlei» в Вене, первое дешифровальное отделение в Германии под начальством графа Гронсфельда, группа Джона Валлиса в Англии. До, во время и после войны за независимость США они оказались способны вскрыть большую часть колониальных шифров. Большинство из них было закрыто к середине XIX века, в том числе, по одной из версий — из-за отсутствия вооружённого противостояния с США.