Растительный и животный мир, почвенный состав.
2/3 площади Японских островов покрыто лесами — очень богатыми и разнообразными по составу. Южная часть островов покрыта тропическими лесами, центральная — субтропическими вечнозелеными и широколиственными умеренного типа. В тропических лесах растут сахарная, саговая пальмы, встречаются банан, фикус, древовидные папоротники. Чаща деревьев переплетена лианами, среди которых встречается лазающая пальма-лиана ротанг. В горах растут вечнозеленые дубы, тропические хвойные — сосна акамацу, пихта мами. На островах Кюсю, Сикоку господствуют субтропические леса из вечнозеленых дубов и японских сосен. Особенно типичны японские сосны с причудливо изогнутыми корявыми стволами и плоскими кронами, которые японцы так любят изображать на своих акварелях, ширмах, кимоно и посуде. Много бамбуковых рощ, в которых бамбук достигает высоты 20—30 м при толщине ствола 20—30 см, из него изготавливают мебель, кухонную утварь, строят дома, мосты.
Несмотря на обилие лесов, лесные ресурсы страны очень ограниченны. Считается, что в японских лесах на единице площади встречается большее число древесных пород, чем в любых других лесах мира того же типа. Однако в результате вырубок, неудовлетворительного ведения лесного хозяйства, длительной хищнической эксплуатации, эрозии почв и деятельности насекомых-вредителей леса сильно истощены.
Японцы издавна бережно и любовно относятся к природе. Восторгаться цветами и деревьями стало национальной традицией. Праздник цветения вишни (сакуры) — самый красивый национальный праздник. Осенью люди семьями уезжают в горы, чтобы любоваться на золото и багрянец кленовых лесов. Двери жилищ в праздничные, особенно новогодние, дни украшаются ветками сосны, которая олицетворяет для японцев долголетие, бамбуком — символом стойкости — и цветущей сливой, которая, расцветая в конце зимы, знаменует жизнерадостность среди невзгод. Бережное отношение к цветам, деревьям воспитывается в японцах с малых лет и сохраняется ими всю жизнь.
С давних пор укоренилась также традиция воссоздать природу в миниатюре — либо в виде весьма небольшого, карликового садика при доме, либо в виде своеобразного маленького ландшафта — бонкэй, напоминающего, скорее, игрушку.
Для животного мира характерны некоторые интересные особенности, вызванные, прежде всего, островной изоляцией. Первая из них — существенные фаунистические различия между островами. Так, для южных островов характерна тропическая фауна, которая не распространяется севернее пролива Тогара, относительная бедность млекопитающими и господство животных, ведущих древесный образ жизни. Встречается много обезьян, летучих мышей. Из крупных животных Рюкю живет японский олень. Наиболее интересными из эндемичных животных являются черный заяц "куро-усаги", синяя птица "рури-какету", ядовитая змея "хабу". Гораздо более богата фауна центральных островов Японского архипелага. Здесь водятся материковые животные — волк, лисица, енотовидная собака, барсук, олень, заяц, белка. И, наконец, животный мир Хоккайдо, самого северного острова, совсем особый. Здесь преобладают северные обитатели — бурый медведь, ласка, горностай, сибирский соболь. Как и в дальневосточной тайге, очень докучают людям и животным слепни, москиты и комары.
Разнообразен почвенный состав Японии.