Лабораторная работа № 5

Тема:	Количественный анализ каталитической активности ферментов. Анализ амилолитической активности амилазы слюны
Цель работы:	Ознакомление с принципами выражения каталитической активности ферментов: единицы активности ферментов Определение каталитической активности амилазы Изучение влияния физических и химических факторов на активность ферментов

Оборудование и материалы:

• Спектрофотометр Solar PV 1251B

• Кюветы стеклянные

• Термостат

• Плитка электрическая

• Пробирки

• Штативы для пробирок

• Колбы на 100-250мл

• Стакан на 300 мл

• Автоматические микропипетки

• палочки стеклянные

Реактивы:

• Крахмал, 0.25% раствор

• Сахароза, 2% раствор

• Фосфатно-цитратные буфера: рН 4.0, рН 5.4, рН 6.8, рН 8.0

• Фосфатный буфер, рН 6.8

• Гидроксид натрия (NaOH), 10% раствор

• Сульфат меди (CuSO₄), 1% раствор

• Раствор Люголя (1% раствор йода в 2,5% растворе KJ)

• Вода дистиллированная

Теоретическая часть

Активный центр фермента

Участок молекулы фермента, который предназначен для специфического связывания субстрата, называется активным центром. Активный центр – это уникальная комбинация аминокислотных остатков в молекуле фермента, обеспечивающая непосредственное его взаимодействие с молекулой субстрата и принимающая прямое участие в акте катализа. У сложных ферментов в состав активного центра входит также кофактор.

В активном центре условно различают каталитический участок, непосредственно вступающий в химическое взаимодействие с субстратом и участок связывания, который обеспечивает специфическое сродство к субстрату и формирование его комплекса с ферментом. Несмотря на огромное разнообразие структуры ферментов, их специфичности и механизма действия, существует ряд общих закономерностей формирования активных центров:

1. на активный центр приходится относительно малая часть объёма фермента (5-10 аминокислотных остатков). Роль остальных аминокислот, составляющих основную массу фермента, состоит в том, чтобы обеспечить молекуле фермента правильную конформацию для оптимального протекания химической реакции;

2. активный центр – это сложная трёхмерная структура, в образовании которой принимают участие группы, принадлежащие разным частям линейной последовательности аминокислот. Радикалы аминокислот, образующих активный центр, оказываются вблизи друг от друга в результате формирования третичной структуры белка (рис. 5.1). Поэтому при воздействии физических и химических факторов, вызывающих денатурацию (нагревание, концентрированные кислоты и щёлочи) утрачивается конформация активного центра и фермент теряет свою активность;

Рис. 5.1.

Аминокислотные остатки, образующие активный центр лизоцима (А) принимают участие во взаимодействии с субстратом. Схематическое представление первичной структуры лизоцима показывает, что активный центр фермента построен из аминокислотных остатков, которые в полипептидной цепи расположены далеко друг от друга (В).

3. активный центр имеет форму узкого углубления или щели, в которую ограничен доступ воде, за исключением тех случаев, когда вода является одним из реагирующих веществ. В этом углублении присутствует несколько полярных аминокислотных остатков, необходимых для связывания субстрата и катализа;

4. в составе активного центра можно условно выделить две части: а) контактный или якорный участок, где происходит связывание субстрата в нужной ориентации; б) каталитический участок, обеспечивающий протекание реакции. Четкую грань между каталитическим и субстратным центром провести можно не всегда – у некоторых ферментов они совпадают или перекрываются (рис. 5.2).

Рис. 5.2.

Структура активного центра химотрипсина. Показаны принципиально важные для катализа остатки Ser195 и His 57.

5. размеры ферментов намного превышают размеры их низкомолекулярных субстратов;

6. субстраты относительно слабо связываются с ферментами.

В связывании и превращении субстрата принимают участие следующие группировки аминокислотных радикалов:

• полярные заряженные: карбоксильные группы глутамата и аспартата, аминогруппы лизина; гуанидиновые группы аргинина; имидазольные группы гистидина;

• полярные незаряженные: гидроксильные группы серина и треонина; сульфгидрильные группы цистеина; фенольные группы тирозина;

• неполярные группы: углеводородные цепи алифатических аминокислот; ароматические кольца фенилаланина и триптофана.

У сложных ферментов в формировании активных центров принимают участие также функциональные группы коферментов.

В образовании фермент-субстратных комплексов принимают участие такие же взаимодействия, как и те, что обеспечивают формирование пространственной структуры макромолекул, межклеточных контактов и других процессов в биологических системах:

• водородные связи между полярными незаряженными группировками субстрата и фермента;

• ионные связи между противоположно заряженными группировками субстрата и фермента;

• гидрофобные взаимодействия между неполярными группировками субстрата и фермента.

Эти три основных типа нековалентных взаимодействий различаются по своей геометрии, энергии, специфичности.