
- •БиоОрганичесКая химИя
- •Часть I
- •060101 – «Лечебное дело»
- •Оглавление
- •Введение
- •1. Классификация и номенклатура биологически важных органических соединений
- •Вопрос 1. Как классифицируются органические соединения?
- •Вопрос 2. Какие виды номенклатуры органических соединений используются в настоящее время?
- •Вопрос 3. Как правильно назвать органическое соединение по систематической номенклатуре?
- •Вопрос 4. Какие признаки положены в основу классификации органических соединений?
- •Вопрос 5. Как правильно отнести данный углеводород
- •Вопрос 7. Как определить класс и дать название по систематической номенклатуре следующему соединению:
- •Вопрос 8. Как определить класс и дать название по систематической номенклатуре следующему соединению:
- •Вопрос 9. Как определить класс и дать название по систематической (международной) и рациональной номенклатурам следующим соединениям:
- •Вопрос 10. Как правильно написать формулу и дать название вторичного спирта, содержащего 4 атома углерода?
- •Вопрос 11. Как написать формулу и название (по международной номенклатуре) тиола, содержащего 3 атома углерода и отметить в этом соединении вторичный атом углерода?
- •Вопрос 12. Как написать формулу и название амида кислоты, содержащей 4 атома углерода?
- •Вопрос 13. Как из представленных формул выбрать те, которые изображены неправильно?
- •Вопрос 14. Как из предложенных названий:
- •Вопрос 15. Соответствует ли правилам Международной номенклатуры название 2-метил-4-бутанол?
- •2. Строение органических соединений
- •Вопрос 16. Как можно охарактеризовать понятие: строение органических соединений?
- •Вопрос 22. Что такое конфигурация молекулы?
- •Вопрос 23. Что такое конформация молекулы?
- •Вопрос 24. Что такое гомологический ряд?
- •Вопрос 25. Как написать формулу гомолога бутановой кислоты, имеющего на два атома углерода больше?
- •Вопрос 26. Как написать формулу гомолога бутаналя, имеющего на четыре атома водорода меньше?
- •Вопрос 27. Как написать формулу изомера пентановой кислоты по строению углеродной цепи?
- •Вопрос 28. Как написать формулу изомера 1-пентена по положению кратной связи?
- •Вопрос 29. Как написать формулу изомера бутаналя по функциональной группе?
- •Вопрос 31. Как определить, к какому типу изомеров относятся олеиновая и элаидиновая кислоты?
- •Вопрос 32. Как определить, к какому типу изомеров относятся соединения: бутановая кислота и метиловый эфир пропановой кислоты?
- •Вопрос 33. Как определить, к какому типу изомеров относятся соединения: 1-бутанол и 2-бутанол?
- •Вопрос 34. Как определить, являются ли изомерами лейцин и изолейцин?
- •3. Общие закономерности реакционной способности органических соединений
- •Вопрос 35. Как определить, какой тип реакций наиболее характерен для соединений, относящихся к тому или иному классу органических соединений?
- •Вопрос 36. Как по уравнению реакции определить, к какому типу химических реакций она относится?
- •Вопрос 37. Как правильно написать уравнение реакции и определить её механизм?
- •Вопрос 38. Какой продукт преимущественно образуется в результате реакции бромирования 3-метилпентана?
- •Вопрос 39. Назовите продукт взаимодействия 2-бутеновой кислоты с бромоводородом в присутствии перекиси и без неё.
- •Вопрос 40. В процессе метаболизма в живых организмах фумаровая кислота превращается в яблочную. Каким путем можно получить яблочную кислоту из фумаровой in vitro?
- •Вопрос 41. R-2-бромбутан может реагировать с водным раствором гидроксида натрия по механизмам sn1 и sn2. Опишите стереохимический результат реакции в каждом случае.
- •Вопрос 44. Каков внешний эффект взаимодействия олеата натрия с бромной водой?
- •4. Аминокислоты, пептиды, белки
- •Вопрос 45. Какие соединения относятся к - аминокислотам? Какова роль -аминокислот в функционировании живых организмов?
- •Вопрос 46. Как построить формулы стереоизомеров (энантиомеров) -аминокислот? Все ли природные -аминокислоты оптически активны?
- •Вопрос 47. Как проявляются кислотно-основные свойства и амфотерность -аминокислот? Какие свойства -аминокислот обуславливает их ионное строение?
- •Вопрос 48. Как определить, какую реакцию среды имеют растворы -аминокислот в дистиллированной воде?
- •Вопрос 49. Что такое «изоэлектрическая точка - аминокислоты»? Каким образом - аминокислоты перемещаются в электрическом поле?
- •Вопрос 51. С помощью какой реакции можно превратить изолейцин в 3-метил-2-пентеновую кислоту? а серин в 2- аминоэтанол?
- •Вопрос 53. Какие соединения образуются при взаимодействии в организме валина и пировиноградной кислоты?
- •Вопрос 54. Что представляют собой пептиды? в чём состоит их отличие от белков? в результате каких реакций образуются пептиды в организме?
- •Вопрос 56. Охарактеризуйте первичную, вторичную, третичную и четвертичную структуры белков.
- •Вопрос 57. Как классифицируются белки?
- •Вопрос 58. Какие качественные реакции используют для определения аминокислот и белков?
- •Вопрос 59. Можно ли с помощью ксантопротеиновой реакции (с азотной кислотой) отличить фенилаланин от тирозина? Если да, то в чем будет состоять различие? Если нет, объясните, почему.
- •Литература
Вопрос 48. Как определить, какую реакцию среды имеют растворы -аминокислот в дистиллированной воде?
Ответ. Значения рН растворов, полученных при растворении -аминокислот в воде зависит от природы функциональных групп в углеводородном радикале кислоты, а именно от количества кислотных и основных групп.
Рассмотрим аминокислоты с неполярным углеводородным радикалом. В их молекуле содержатся одна кислотная (–СООН) и одна основная (–NH2) группы. В водных растворах молекулы аминокислот ионизированы. Используемая для приготовления раствора дистиллированная вода не содержит в избытке ни ионы Н+, ни ионы ОН–, среда нейтральная рН = 7,0), следовательно, ионные формы аминокислот в растворе образуются в результате переноса ионов Н+ от кислотной группы (–СООН) к основной группе (–NH2). Таким образом, практически все молекулы аминокислоты существуют в растворе в виде диполярных ионов и среду можно считать близкой к нейтральной.
В молекулах глутаминовой и аспарагиновой кислот содержатся в две кислотные карбоксильные группы (–СООН) и одна основная (–NH2). В растворе так же происходит перенос ионов Н+ от карбоксильной группы к аминогруппе в -положении. Протон, образующийся при диссоциации второй карбоксильной группы, переходит в раствор. Таким образом, в растворе накапливается избыток ионов Н+, следовательно, среда кислая (рН 7).
Аминокислоты лизин, аргинин и гистидин содержат в молекуле одну кислотную карбоксильную группу и две основные аминогруппы. В растворе так же происходит перенос ионов Н+ от карбоксильной группы к аминогруппе в -положении. При взаимодействии второй аминогруппы с водой в растворе накапливается избыток ионов ОН–, следовательно, среда щелочная (рН 7).
Вопрос 49. Что такое «изоэлектрическая точка - аминокислоты»? Каким образом - аминокислоты перемещаются в электрическом поле?
Ответ. Значение рН среды, при котором практически все молекулы аминокислоты существуют в форме биполярных ионов, называется изоэлектрической точкой этой аминокислоты и обозначается рI. В изоэлектрической точке суммарный заряд молекулы - аминокислоты равен нулю. Диполярные ионы не перемещаются в электрическом поле, следовательно, при значении рН среды, численно равном рI, раствор аминокислоты не проводит электрический ток.
При значениях рН среды ниже значения рI, аминокислота в растворе существует преимущественно в виде катиона. Под действием постоянного электрического поля, например при электрофорезе, катион аминокислоты перемещается к отрицательно заряженному электроду (катоду).
При значениях рН среды выше значения рI, аминокислота в растворе существует преимущественно в виде аниона. Под действием постоянного электрического поля, например при электрофорезе, анион аминокислоты перемещается к положительно заряженному электроду (аноду).
Существует мнемоническое правило, позволяющее запомнить направление движения аминокислот при электрофорезе. Так, в кислой среде -аминокислота является катионом, движется к катоду и там восстанавливается (слова кислая, катион, катод, восстанавливается начинаются с согласной буквы). В основной (щелочной) среде -аминокислота является анионом, движется к аноду и там окисляется (слова основная, анион, анод, окисляется начинаются с гласной буквы).
С помощью электрофореза можно разделить смеси - аминокислот на индивидуальные аминокислоты.
Например, у нас есть смесь трёх кислот: аланина (рI = 6,1), лизина (рI = 9,7) и глутаминовой кислоты (рI = 3,2). Попробуем определить направление их движения, если электрофорез ведётся при рН = 6,1.
Для лизина значение рН среды электрофореза ниже значения рI (6,1 9,7), следовательно, лизин в растворе существует преимущественно в виде катиона и под действием постоянного электрического поля, будет двигаться к катоду.
Для глутаминовой кислоты значение рН среды электрофореза выше значения рI (6,1 3,2), следовательно, глутаминовая кислота в растворе существует преимущественно в виде аниона и под действием постоянного электрического поля, будет двигаться к аноду.
Вопрос 50. Приведите структурную формулу валина. Назовите эту аминокислоту по правилам международной номенклатуры. Для этого соединения приведите по одному изомеру положения функциональной группы, строения углеродного скелета и изомер функциональной группы. Является ли валин оптически активным? Если да, изобразите и назовите энантиомеры. Какую среду покажет раствор этой аминокислоты в дистиллированной воде? В какой ионной форме существует эта аминокислота в желудочном соке (рН = 1)? При каком значении рН раствор этой кислоты не проводит электрический ток?
Ответ. Чтобы назвать валин по Международной номенклатуре, находим самую длинную углеродную цепь, нумеруем, начиная со старшей функциональной группы (карбоксильной). В цепи 4 атома углерода, это бутановая кислота, имеющая в положении 2 амино-, в положении 3 – метильную группы. Углеродная цепь разветвлена, для построения изомера по строению цепи достаточно расположить атомы углерода в одну цепь и получим изомер – 2-аминопентановую кислоту. Для построения изомера по положению функциональной группы можно перенести аминогруппу в положение 3, а метильную – в положение 2, получим 3-амино-2-метилбутановую кислоту. Для получения третьего изомера необходимо изменить какую-либо из функциональных групп, например при замене группы –ОН на аминогруппу получим амид 2-гидрокси-3-метилбутановой кислоты.
Валин является оптически активным соединением, т.к. в составе его молекулы есть асимметрический атом углерода (С2) и отсутствуют элементы симметрии, следовательно, эту кислоту можно представить как в виде двух абсолютных конфигураций (R- и S-изомеры), так и в виде двух относительных конфигураций (L- и D-изомеры).
В составе молекулы присутствует одна карбоксильная и одна аминогруппа, валин является амфотерным соединением, поэтому его раствор в дистиллированной воде имеет нейтральную среду. В сильнокислой среде (рН = 1) валин протонируется по аминогруппе и представляет собой катион. Значение рН, при котором раствор аминокислоты не проводит электрический ток, называется изоэлектрической точкой; для валина это 6,0.