
- •БиоОрганичесКая химИя
- •Часть I
- •060101 – «Лечебное дело»
- •Оглавление
- •Введение
- •1. Классификация и номенклатура биологически важных органических соединений
- •Вопрос 1. Как классифицируются органические соединения?
- •Вопрос 2. Какие виды номенклатуры органических соединений используются в настоящее время?
- •Вопрос 3. Как правильно назвать органическое соединение по систематической номенклатуре?
- •Вопрос 4. Какие признаки положены в основу классификации органических соединений?
- •Вопрос 5. Как правильно отнести данный углеводород
- •Вопрос 7. Как определить класс и дать название по систематической номенклатуре следующему соединению:
- •Вопрос 8. Как определить класс и дать название по систематической номенклатуре следующему соединению:
- •Вопрос 9. Как определить класс и дать название по систематической (международной) и рациональной номенклатурам следующим соединениям:
- •Вопрос 10. Как правильно написать формулу и дать название вторичного спирта, содержащего 4 атома углерода?
- •Вопрос 11. Как написать формулу и название (по международной номенклатуре) тиола, содержащего 3 атома углерода и отметить в этом соединении вторичный атом углерода?
- •Вопрос 12. Как написать формулу и название амида кислоты, содержащей 4 атома углерода?
- •Вопрос 13. Как из представленных формул выбрать те, которые изображены неправильно?
- •Вопрос 14. Как из предложенных названий:
- •Вопрос 15. Соответствует ли правилам Международной номенклатуры название 2-метил-4-бутанол?
- •2. Строение органических соединений
- •Вопрос 16. Как можно охарактеризовать понятие: строение органических соединений?
- •Вопрос 22. Что такое конфигурация молекулы?
- •Вопрос 23. Что такое конформация молекулы?
- •Вопрос 24. Что такое гомологический ряд?
- •Вопрос 25. Как написать формулу гомолога бутановой кислоты, имеющего на два атома углерода больше?
- •Вопрос 26. Как написать формулу гомолога бутаналя, имеющего на четыре атома водорода меньше?
- •Вопрос 27. Как написать формулу изомера пентановой кислоты по строению углеродной цепи?
- •Вопрос 28. Как написать формулу изомера 1-пентена по положению кратной связи?
- •Вопрос 29. Как написать формулу изомера бутаналя по функциональной группе?
- •Вопрос 31. Как определить, к какому типу изомеров относятся олеиновая и элаидиновая кислоты?
- •Вопрос 32. Как определить, к какому типу изомеров относятся соединения: бутановая кислота и метиловый эфир пропановой кислоты?
- •Вопрос 33. Как определить, к какому типу изомеров относятся соединения: 1-бутанол и 2-бутанол?
- •Вопрос 34. Как определить, являются ли изомерами лейцин и изолейцин?
- •3. Общие закономерности реакционной способности органических соединений
- •Вопрос 35. Как определить, какой тип реакций наиболее характерен для соединений, относящихся к тому или иному классу органических соединений?
- •Вопрос 36. Как по уравнению реакции определить, к какому типу химических реакций она относится?
- •Вопрос 37. Как правильно написать уравнение реакции и определить её механизм?
- •Вопрос 38. Какой продукт преимущественно образуется в результате реакции бромирования 3-метилпентана?
- •Вопрос 39. Назовите продукт взаимодействия 2-бутеновой кислоты с бромоводородом в присутствии перекиси и без неё.
- •Вопрос 40. В процессе метаболизма в живых организмах фумаровая кислота превращается в яблочную. Каким путем можно получить яблочную кислоту из фумаровой in vitro?
- •Вопрос 41. R-2-бромбутан может реагировать с водным раствором гидроксида натрия по механизмам sn1 и sn2. Опишите стереохимический результат реакции в каждом случае.
- •Вопрос 44. Каков внешний эффект взаимодействия олеата натрия с бромной водой?
- •4. Аминокислоты, пептиды, белки
- •Вопрос 45. Какие соединения относятся к - аминокислотам? Какова роль -аминокислот в функционировании живых организмов?
- •Вопрос 46. Как построить формулы стереоизомеров (энантиомеров) -аминокислот? Все ли природные -аминокислоты оптически активны?
- •Вопрос 47. Как проявляются кислотно-основные свойства и амфотерность -аминокислот? Какие свойства -аминокислот обуславливает их ионное строение?
- •Вопрос 48. Как определить, какую реакцию среды имеют растворы -аминокислот в дистиллированной воде?
- •Вопрос 49. Что такое «изоэлектрическая точка - аминокислоты»? Каким образом - аминокислоты перемещаются в электрическом поле?
- •Вопрос 51. С помощью какой реакции можно превратить изолейцин в 3-метил-2-пентеновую кислоту? а серин в 2- аминоэтанол?
- •Вопрос 53. Какие соединения образуются при взаимодействии в организме валина и пировиноградной кислоты?
- •Вопрос 54. Что представляют собой пептиды? в чём состоит их отличие от белков? в результате каких реакций образуются пептиды в организме?
- •Вопрос 56. Охарактеризуйте первичную, вторичную, третичную и четвертичную структуры белков.
- •Вопрос 57. Как классифицируются белки?
- •Вопрос 58. Какие качественные реакции используют для определения аминокислот и белков?
- •Вопрос 59. Можно ли с помощью ксантопротеиновой реакции (с азотной кислотой) отличить фенилаланин от тирозина? Если да, то в чем будет состоять различие? Если нет, объясните, почему.
- •Литература
3. Общие закономерности реакционной способности органических соединений
Вопрос 35. Как определить, какой тип реакций наиболее характерен для соединений, относящихся к тому или иному классу органических соединений?
Ответ. Обратите внимание, что речь идёт не о всех реакциях, в которые способны вступать органические соединения того или иного класса, а только о наиболее характерных.
Пожалуй, только для алканов можно полностью исключить один из типов реакций – присоединение. Протекание реакций всех других типов для алканов возможно (в зависимости от условий реакции и типа реагента). Однако наиболее распространёнными для алканов являются реакции замещения. В молекулах алканов (по сравнению с другими классами органических соединений) наблюдается наиболее равномерное распределение электронной плотности. Поэтому для этих соединений маловероятна атака электрофильных или нуклеофильных частиц. Следовательно, наиболее характерным типом реакций для соединений этого класса являются реакции радикального замещения.
В молекулах, содержащих -связи в составе двойной или тройной связи наблюдается повышенная электронная плотность выше и ниже плоскости самой молекулы. Это приводит к тому, что к двойной связи притягиваются положительно заряженные ионы или полярные молекулы своим положительным полюсом (электрофильные частицы). В результате последующего взаимодействия происходит присоединение реагента по кратной связи. Следовательно, наиболее характерными для алкенов и алкинов являются реакции электрофильного присоединения.
В молекулах, содержащих функциональные группы, происходит сдвиг электронной плотности от атома углерода к гетероатому функциональной группы (например, к атому галогена в галогенпроизводных или к атому кислорода в спиртах и т.д.). В результате на атоме углерода образуется частичный положительный заряд. Следовательно, реагент, атакующий этот атом углерода, должен иметь частичный или целый отрицательный заряд (нуклеофильная частица). В результате взаимодействия происходит замещение функциональной группы на нуклеофильный реагент. Таким образом, для галогенпроизводных и спиртов наиболее характерны реакции нуклеофильного замещения.
Вопрос 36. Как по уравнению реакции определить, к какому типу химических реакций она относится?
Ответ. Для решения этой задачи необходимо знать отличительные признаки реакций разного типа.
1. По электронной природе реагентов различают нуклеофильные, электрофильные, свободнорадикальные реакции.
Нуклеофильные реагенты – это одно- или многоатомные анионы или молекулы, имеющие центры с повышенной электронной плотностью. К ним относятся такие анионы и молекулы, как HO-, RO-, Cl-, Br-, RCOO-, CN-, R-, NH3, C2H5OH и т.д.
Электрофильные реагенты – это катионы, простые или сложные молекулы, которые сами по себе или же в присутствии катализатора обладают повышенным сродством к электронной паре или отрицательно заряженным центрам молекул. К ним относятся катионы H+, Cl+, +NO2, +SO3H, R+ и молекулы со свободными орбиталями AlCl3, ZnCl2 и т.п.
Свободные радикалы – это электронейтральные частицы, имеющие неспаренный электрон, например: Cl, NO2.
2. По изменению числа частиц в ходе реакции выделяют реакции замещения, присоединения, отщепления, разложения, окислительно-восстановительные.
В случае реакций замещения в молекуле один атом (или группа атомов) замещается другим атомом (или группой атомов), в результате чего образуются новые соединения. В этом случае число веществ, вступивших в реакцию, равно числу веществ-продуктов реакции.
СН3–СН3 + С12 СН3–СН2С1 + НC1
При протекании реакций присоединения из двух (или нескольких) молекул образуется одно новое вещество:
CH2 = CH2 + HBr → CH2Br–СH3
В результате реакции отщепления образуется новое органическое вещество, содержащее кратную связь:
СН3–СН2С1 + NaOH(спиртовой р-р) СН2 = СН2 + NaC1 + Н2О
Реакции разложения приводят к образованию из одного вещества двух или более веществ более простого строения:
НСООН → СО2 + Н2
Если в молекуле исходного вещества два или более атомов углерода, реакции разложения, как правило, протекают с разрывом связи углерод-углерод.
Например, под действием соответствующих ферментов яблочная кислота может разлагаться с образованием молочной кислоты:
НООССН2СН(ОН)СООН СН3СН(ОН)СООН + СО2
3. В органической химии присутствует большое количество реакций, определяемых по частным признакам:
- гидратация – присоединение воды по двойной связи углерод-углерод или углерод-гетероатом:
СН3–CH = CH2 + H2О СН3–CH(ОН)–CH3;
- дегидратация – отщепление воды с образованием непредельного соединения:
СН3–CH(ОН)–CH3 СН3–CH = CH2 + H2О;
- гидрирование – присоединение водорода по двойной связи углерод-углерод или углерод-гетероатом:
СН3–CH = CH2 + H2 СН3–CH2–CH3,
СН3–CО–CH3 + H2 СН3–CH(ОН)–CH3;
- дегидрирование – отщепление водорода с образованием непредельного соединения:
СН3–CH2–CH3 СН3–CH = CH2 + H2
- гидролиз – взаимодействие сложного субстрата с водой с образованием более простых соединений:
- нитрование – взаимодействие с азотной кислотой, в результате которого атом водорода в молекуле субстрата замещается на нитрогруппу:
СН3–CH3 + HNO3 СН3–CH2NO2 + H2O;
- сульфирование – взаимодействие с серной кислотой или олеумом, в результате которого атом водорода в молекуле субстрата замещается на сульфогруппу:
СН3–CH3 + H2SO4 СН3–CH2SO3H + H2O;
- галогенирование – взаимодействие с галогеном, в результате которого атом водорода в молекуле субстрата замещается на атом галогена или атомы галогена присоединяются по кратной связи:
СН4 + С12 СН3С1 + НC1
CH2 = CH2 + Br2 CH2Br – CH2Br;
- дегалогенирование – отщепление молекулы галогена с образованием кратной связи или циклического соединения:
CH2Br – CH2Br CH2 = CH2 + Br2;
- гидрогалогенирование – взаимодействие с галогеноводо-родом, в результате которого атомы водорода и галогена присоединяются по кратной связи:
CH2 = CH2 + HBr CH2Br–СH3;
- дегидрогалогенирование – отщепление молекулы галогеноводорода с образованием кратной связи:
CH2Br–СH3 CH2 = CH2 + HBr;
- карбоксилирование – реакция, в результате которой в продукте реакции появляется карбоксильная группа; так в присутствии АТФ пировиноградная кислота в организме превращается в ацетоуксусную кислоту:
СН3–СО–СООН+СО2+АТФ НООС–СН2–СО–СООН+АДФ+ Н3РО4;
- декарбоксилирование – реакция, в результате которой от субстрата отщепляется карбоксильная группа в виде углекислого газа:
R–CH(NH2)–COOH R–CH2NH2 + CO2;
- дезаминирование – отщепление от молекулы субстрата аминогруппы, в результате которого могут образовываться непредельные, гидрокси- или оксосоединения в зависимости от условий реакции или типа действующего фермента, так in vivo (в организме) могут протекать следующие реакции:
- окислительное дезаминирование, в результате которого аминогруппа замещается на оксогруппу:
R–CH(NH2)–COOH + [O] R–СО–CООН + NH3;
- гидролитическое дезаминирование, в результате которого аминогруппа замещается на гидроксигруппу:
R–CH(NH2)–COOH + H2O R–СН(ОН)–CООН + NH3;
- внутримолекулярной дезаминирование, в результате которого образуется непредельное соединение:
R–CH2–CH(NH2)–COOH R–CH=CH–CООН + NH3;
- восстановительное дезаминирование, в результате которого аминогруппа замещается на атом водорода:
R–CH(NH2)–COOH + [Н] R–CH2–CООН + NH3;
- дезаминирование in vitro (в пробирке) происходит, как правило, под действием азотистой кислоты с образованием гидроксисоединений:
R–CH(NH2)–COOH + НNО2 R–СН(ОН)–CООН + N2 + H2O;
-
изомеризация – превращение субстрата
в изомер, т.е. соединение, имеющее тот
же качественный или количественный
состав, но другое строение:
Обратите внимание, что в органической химии к реакциям восстановления относятся реакции гидрирования (присоединения водорода), а к реакциям окисления – реакции дегидрирования (отщепления водорода) и те реакции, в результате которых к молекуле субстрата присоединяются атомы кислорода.
Названия ферментов, ускоряющих реакцию, часто связаны с классификацией реакций по частным признакам. Так, ферменты, катализирующие окислительно - восстановительные реакции, называются оксидоредуктазы; ферменты, катализирующие реакции отщепления водорода (дегидрирования) называются дегидрогеназами; реакции декарбоксилирования ускоряют декарбоксилазы, а дезаминирования – дезаминазы; для того, чтобы в организме прошла реакция изомеризации потребуются изомеразы, а для реакции гидролиза необходимы гидролазы.