
- •Практикум по микробиологии
- •Часть 2. Микробиоценозы природных экосистем
- •Тема 1 микроорганизмы как часть экосистемы. Методы изучения микроорганизмов, входящих в состав микробиоценозов. Определение омч (кмафанм).
- •Микробиоценозы как часть экосистемы
- •Способы существования микроорганизмов в составе микробиоценоза
- •Методы изучения микроорганизмов, входящих в состав микробиоценозов
- •Идентификация микроорганизмов возможна при использовании системы классификации. Принципы современной систематики и классификации бактерий.
- •Определение общего микробного числа
- •Методика определения общего числа микроорганизмов омч (количества мафАнМ) бактериологическим методом
- •Методика выявления и определения количества термофильных и психрофильных микроорганизмов
- •Нормальная микрофлора кожи
- •Нормальная микрофлора дыхательных путей
- •Микрофлора разных отделов полости рта
- •Нормальная микрофлора пищевода
- •Микрофлора желудка
- •Микрофлора толстого кишечника
- •Микробиоценоз мочеполовой системы
- •Представители микробиоценоза организма человека и животных
- •Грамположительные кокки
- •Тема 3. Энтеробактерии
- •Коринебактерии, бактероиды, микобактерии
- •Модуль 6. Микрофлора пищевых продуктов и кормов.
- •Источники и пути обсеменения пищевых продуктов микроорганизмами
- •Особенности пищевых продуктов как среды обитания микроорганизмов
- •Особенности санитарно-микробиологического исследования пищевых продуктов
- •Тема 6 аэробные микроаэрофильные палочки и кокки семейств псевдомонады и ацетобактерии
- •Тема 7 молочнокислые палочки и кокки. Бифидобактерии.
- •Характеристика молочнокислых бактерий
- •Практическое значение молочнокислого брожения и молочнокислых микроорганизмов
- •Тема 8 Патогенные микроорганизмы в пищевых продуктах и кормах – листерии и иерсинии
- •Выявление и идентификация l. Monocytogenes при санитарно-микробиологических исследованиях
- •Выявление и идентификация Yersinia enterocolitica и Yersinia pseudotuberculosis
- •1 Этап. Предварительное холодовое обогащение в неселективной жидкой среде.
- •3 Этап. Выявление характерных колоний.
- •Санитарно-показательные микроорганизмы
- •Тема 9. Микробиоценозы объектов внешней среды Микрофлора воздуха. Санитарно-микробиологическое исследование воздуха.
- •Микрофлора воздуха
- •Санитарно-микробиологические исследования воздуха
- •Седиментационный метод (метод оседания) по Коху.
- •Аспирационный метод
- •Фильтрационный метод
- •Тема 10. Микроэкологические методы исследования почвы. Свободноживущие и симбиотические микроорганизмы почвы: – обитатели почвы
- •Условия обитания микроорганизмов в почве.
- •Антропогенное воздействие на почву
- •Экологические методы бактериологического исследования почвы.
- •Почвенные микроорганизмы, принимающие участие в круговороте азота
- •Свободноживущие и симбиотические азотфиксаторы семейств
- •Свободноживущие автотофные серо- железо- и марганецокисляющие почвенные бактерии
- •Грамположительные, не образующие спор палочки неправильной формы, род Arthrobacter.
- •Тема 11 санитарно-микробиологические методы бактериологического исследования почвы. Почвенные бациллы
- •Санитарно-микробиологическое исследование почвы
- •Бациллы
- •Сибирская язва
- •Диагностика сибирской язвы.
- •Тема 12 клостридии. Фузобактерии.
- •Ботулизм
- •Профилактика ботулизма
- •Столбняк
- •Газовая гангрена
- •Фузобактерии
- •Тема 13 обитатели почвы - актиномицеты и родственные им микроорганизмы
- •Тема 14 свободноживущие водные микроорганизмы – автотрофы
- •Тема 15 санитарно-микробиологическое исследование воды
- •Санитарно-микробиологическое исследование воды
- •Тема 16 водные микроорганизмы возбудители болезней
Методы изучения микроорганизмов, входящих в состав микробиоценозов
Одним из основных методов изучения микроорганизмов, входящих в состав микробиоценозов, является бактериологический метод исследования. Этот метод включает в себя изучение морфологии микроорганизмов в специально изготовленных для этой цели препаратах для микроскопии, а также посев исследуемого материала на специальные питательные среды, получение чистой культуры и изучение биохимических свойств микроорганизмов с целью их идентификации.
Однако большинство микроорганизмов, существующих в природных сообществах, еще только должно быть выделено в чистые культуры. Считается, что в настоящее время культивировать можно только 0,1 % всего микробного разнообразия, а остальных представителей бактерий вырастить и идентифицировать не удается, хотя в чистую культуру выделены и описаны уже около 5 тыс. видов прокариот. Некультивируемые микроорганизмы возможно изучать, применяя микроэкологические методы исследования, в том числе метод «стёкол обрастания», метод педоскопов и т.д.
Идентификация микроорганизмов возможна при использовании системы классификации. Принципы современной систематики и классификации бактерий.
В настоящее время в микробиологии приняты два различных подхода к систематике, обусловливающих существование двух систем классификации: филогенетической (естественной) и фенотипической (искусственной).
В основу филогенетической классификации положена идея создания системы прокариот, объективно отражающей родственные отношения между разными группами бактерий и историю их эволюционного развития. Наиболее приемлемой филогенетической системой классификации прокариот является система, основанная на сопоставлении последовательности нуклеотидов одного из генов рибосомной РНК - 16S-рРНК. Эта система положена в основу 2-го издания многотомной энциклопедии прокариот –Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (Руководство по систематикебактерий Берджи), первый том которой вышел в свет в 2001 г. В этом труде все прокариоты разделены на 26 филогенетических «ветвей» (групп) на основании строения их 16S-рРНК; 23 «ветви» представлены эубактериями, а три – архебактериями. Однако построить логически верную таксономию бактерий только с учетом этого признака не представляется возможным, поэтому предложенная филогенетическая система - не более чем одна из технически удобных и разработанных систем упорядочения многочисленных организмов в целях их идентификации.
Фенотипическая классификация преследует, в первую очередь, практические цели, заключающиеся в том, чтобы быстрее установить принадлежность микроорганизма к определенному таксону. Наиболее четко фенотипическая классификация получила свое выражение в Определителе бактерий Берджи (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology), периодически издаваемом Обществом американских бактериологов с привлечением к его написанию крупных специалистов из других стран, изучающих те или иные группы бактерий. Первое издание Определителя было выпущено в 1923 г. группой американских бактериологов под руководством Д. Берджи. Девятое издание в русском переводе вышло в 1997 г.