Методы изучения микроорганизмов, входящих в состав микробиоценозов

Одним из основных методов изучения микроорганизмов, входящих в состав микробиоценозов, является бактериологический метод исследования. Этот метод включает в себя изучение морфологии микроорганизмов в специально изготовленных для этой цели препаратах для микроскопии, а также посев исследуемого материала на специальные питательные среды, получение чистой культуры и изучение биохимических свойств микроорганизмов с целью их идентификации.

Однако большинство микроорганизмов, существующих в природных сообществах, еще только должно быть выделено в чистые культуры. Считается, что в настоящее время культивировать можно только 0,1 % всего микробного разнообразия, а остальных представителей бактерий вырастить и идентифицировать не удается, хотя в чистую культуру выделены и описаны уже около 5 тыс. видов прокариот. Некультивируемые микроорганизмы возможно изучать, применяя микроэкологические методы исследования, в том числе метод «стёкол обрастания», метод педоскопов и т.д.

Идентификация микроорганизмов возможна при использовании системы классификации. Принципы современной систематики и классификации бактерий.

В настоящее время в микробиологии приняты два различных подхода к систематике, обусловливающих существование двух систем классификации: филогенетической (естественной) и фенотипической (искусственной).

В основу филогенетической классификации положена идея создания системы прокариот, объективно отражающей родственные отношения между разными группами бактерий и историю их эволюционного развития. Наиболее приемлемой филогенетической системой классификации прокариот является система, основанная на сопоставлении последовательности нуклеотидов одного из генов рибосомной РНК - 16S-рРНК. Эта система положена в основу 2-го издания многотомной энциклопедии прокариот –Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology (Руководство по систематикебактерий Берджи), первый том которой вышел в свет в 2001 г. В этом труде все прокариоты разделены на 26 филогенетических «ветвей» (групп) на основании строения их 16S-рРНК; 23 «ветви» представлены эубактериями, а три – архебактериями. Однако построить логически верную таксономию бактерий только с учетом этого признака не представляется возможным, поэтому предложенная филогенетическая система - не более чем одна из технически удобных и разработанных систем упорядочения многочисленных организмов в целях их идентификации.

Фенотипическая классификация преследует, в первую очередь, практические цели, заключающиеся в том, чтобы быстрее установить принадлежность микроорганизма к определенному таксону. Наиболее четко фенотипическая классификация получила свое выражение в Определителе бактерий Берджи (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology), периодически издаваемом Обществом американских бактериологов с привлечением к его написанию крупных специалистов из других стран, изучающих те или иные группы бактерий. Первое издание Определителя было выпущено в 1923 г. группой американских бактериологов под руководством Д. Берджи. Девятое издание в русском переводе вышло в 1997 г.