2.3.3 Терминация транскрипции

2.3.3.1 Система транспорта-биосинтеза железа у Vibrio anguillarum

В дополнение к посттранскрипционных механизмам существуют также механизмы, которые непосредственно влияют на транскрипцию генов-мишеней. Система транспорта и биосинтеза железа у Vibrio anguillarum кодируется опероном, который включает в себя гена четырех сидерофоров, транспортирующих трехвалентное железо (fatDCBA) и два гена биосинтеза сидерофоров (angR and angT), а также две asRNA ( RNAα и RNAβ ) (Chen Q, Crosa JH , 1996; Salinas PC, Waldbeser LS, Crosa JH , 1993; Waldbeser LS, Chen Q, Crosa JH , 1995; Waldbeser LS et al, 1993). В то время как RNAα подавляет экспрессию fatA и fatB в богатых железом условиях, RNAβ вызывает дифференциальное транскрипцию всего оперона fatDCBA-angRT и укороченный мессенджера fatDCBA (Stork M et al, 2007) . RNAβ комплементарна к 3′ области fatA и 5 'концу angR. Связывание asRNA с растущей полицистронной цепью fatDCBA приводит к терминации транскрипции на потенциальной шпильке близ стоп-кодона fatA. Тоже происходит in vitro при анализе с добавлением внешней RNAβ, полагая, что другие механизмы, такие как кодеградация или транскрипционная интерфоеренция, могут быть исключены (Stork M et al, 2007).

2.3.3.2 RnaG контролирует ген вирулентности icsA у Shigella flexneri

Другим примером является ген вирулентности icsA (virG) Shigella flexneri, который контролируется asRNA RnaG. asRNA репрессирует транскрипцию, используя механизм транскрипционного вмешательства и затухания транскрипции (Giangrossi M et al, 2010). 5’ конец РНК icsA образует две длинные шпильки, которые напоминают структуру антитерминатора. Связывание asRNA с активно транскрибирующейся мРНК препятствует образованию антитерминатора и способствует образованию шпильки, которая терминирует транскрипцию. Кроме того, мутации, которые позволяют избежать спаривания оснований в основании терминатора, значительно снижают ингибирование транскрипции, вызванное asRNA (Giangrossi M et al, 2010).

2.3.4 Транскрипционная интереференция