2 Декабря 1928 года Всеволод Эмильевич вернулся в Москву. Он был полон энергии, однако его дальнейшие планы были недостаточно ясны.

Мейерхольд поставил новую, только что завершённую Маяковским феерическую комедию «Клоп» (1929). Пьеса восхитила режиссёра. Оно и понятно: в комедии прозвучала гневная отповедь тем, кто был противниками Мейерхольда и Маяковского в искусстве. Мейерхольд вернулся к стилистике сценического плаката, агитационного театра.

Вскоре на сцене ТИМа появилась ещё одна новая пьеса Маяковского — «Баня». Этот спектакль, вызвавший немало горячих диспутов, также имел успех.

В 1929–1933 годах Мейерхольд предпринял несколько попыток создания современных трагедийных спектаклей. Однако и в «Командарме 2» И. Сельвинского, и в «Последнем, решительном» Вс. Вишневского, и в «Списке благодеяний» Ю. Олеши, и во «Вступлении» Ю. Германа всё более явными становились некая агитационная схематичность и отход от живых образов в сторону образов-понятий, образов-плакатных масок (во многом такой подход диктовался и самой драматургией, к которой обращался Мейерхольд). В каждой постановке удавались отдельные сцены. Удавались настолько, что об этих фрагментах говорили как о небольших шедеврах. Эпизод Боголюбова в финале «Последнего, решительного», безмолвный проход Райх в «Списке благодеяний», сцена Нунбаха — Свердлина с бюстом Гёте во «Вступлении» приобретали характер великолепно поставленных сольных актёрских номеров.

Выдающийся режиссёр был нетерпим и подозрителен в жизни. Всюду он видел интриги, в нём укоренилась болезненная вера во всякого рода закулисные сплетни. Он жил в плену собственных фантазий и страхов, заметно усилившихся в годы сталинских репрессий. Однажды на улице Горького за его спиной хлопнул автомобильный двигатель, и Мастер шарахнулся в подворотню, потянув следом спутника: «Они подкупили администратора театра, чтобы тот меня застрелил!»

В феврале 1936 года в газете «Правда» была опубликована статья «Сумбур вместо музыки. Об опере „Леди Макбет Мценского уезда“». В статье, содержавшей обвинение оперы Шостаковича в формализме, прозвучал и выпад против Мейерхольда: «…левацкое искусство вообще отрицает в театре простоту, реализм, понятность образа, естественное звучание слова. Это — перенесение в оперу, в музыку наиболее отрицательных черт „мейерхольдовщины“ в умноженном виде». Гигантская машина была запущена в ход. Началась «дискуссия о формализме», на самом деле обозначавшая травлю попавших в опалу деятелей искусства. Слово «мейерхольдовщина» стало нарицательным.

14 марта 1937 года Всеволод Эмильевич выступил в Ленинграде с докладом «Мейерхольд против мейерхольдовщины». Он всячески поддерживал Шостаковича и отстаивал своё право художника, в том числе и право на ошибку. Мейерхольд обличал других режиссёров, которые механически заимствуют у него формальные открытия, применяют их вне связи с содержанием спектакля.

В этот период Мейерхольд поставил неудачную драму Сейфуллиной «Наташа». Пьеса была доведена до генеральной репетиции, но спектакль не был выпущен. Режиссёр признал неудачу, его противники торжествовали: ГосТИМ провалил современную пьесу.

В театре возлагали большие надежды на подготовленную Мейерхольдом постановку пьесы Е. Габриловича «Одна жизнь» по роману Н. Островского «Как закалялась сталь». Спектакль готовился к двадцатилетию Октября и задумывался как высокая трагедия. Мейерхольд репетировал с подъёмом. Но и этот спектакль был закрыт. Режиссёра обвинили в клевете на страну, партию, комсомол.

Травля Мейерхольда продолжалась, против него выступили законопослушные режиссёры и государственные чиновники. 7 января 1938 года Комитет по делам искусств принял постановление о ликвидации ГосТИМа, поскольку «театр им. Мейерхольда в течение всего своего существования не мог освободиться от чуждых советскому искусству, насквозь буржуазных формалистических позиций».

В этот день состоялся последний спектакль театра — 725-е представление «Дамы с камелиями» Александра Дюма-сына. Эта мелодрама была поставлена в 1934 году. В этом изысканно красивом спектакле с декорациями в манере Мане и Ренуара Зинаида Райх создала полный драматизма образ Маргариты Готье. «Дама с камелиями» имела оглушительный успех.

Зинаида Райх играла последний спектакль с необыкновенным подъёмом, драма героини соединилась с ощущением обречённости самого театра. Переполненный зал скандировал: «Мей-ер-хольд!» Все уже знали о закрытии театра.

В эти трагические дни Станиславский не побоялся протянуть руку поддержки своему ученику и сопернику. Мейерхольд принял приглашение Станиславского и перешёл в его оперный театр.

Он начал работать над постановкой оперы Верди «Риголетто» по режиссёрскому плану Константина Сергеевича.

7 августа 1938 года Станиславский умер, и уже ничто не могло спасти опального Мейерхольда. Ещё состоялось его назначение на должность главного режиссёра Государственного оперного театра им. Станиславского, он ещё успел завершить постановку «Риголетто» и приступить к работе над оперой Сергея Прокофьева «Семён Котко».

В мае—июне 1939 года Мейерхольд разработал план выступления студентов института им. Лесгафта на параде физкультурников в Ленинграде. Это была его последняя режиссёрская работа.

Последний и неожиданный триумф Мейерхольда был устроен ему на Первой всесоюзной режиссёрской конференции. В его честь в зале гремели овации — и 13 июня 1939 года, в день её открытия, и 15 июня, когда он выступал в прениях. Речь Мейерхольда стала его последним публичным выступлением.

Сразу же после конференции Всеволод Эмильевич уехал в Ленинград для подготовки парада. В ночь с 19 на 20 июня он был арестован в своей квартире на Карповке. А дальше — месяцы следствия и пыток в застенках Лубянской тюрьмы.

На второй же день после препровождения на Лубянку Мейерхольд написал письмо-заявление, в котором признал основные обвинения, в частности, в том, что он был завербован «для участия в антисоветской работе» ещё в 1922 году.