29. Анализ гибридизации

• Результаты даются, как отношение

• Изображения используют цвета:

- Cy3 – зеленый

- Cy5 – красный

- желтый

• Желтый – это означает эквивалентную интенсивность, либо отсутствие изменений в экспрессии

Программное обеспечение используется для сравнения относительных уровней флюоресценции для двух красителей. Это сравнение обычно дается как соотношение и градации цвета. Cy3 гибридизация, как правило, показана зеленым цветом, а Cy5 гибридизация дается как красная. Эти цвета являются на самом деле псевдоцветами, порожденными программным обеспечением, используемыми для анализа результатов конфокальной микроскопии.. Таким образом, при равных уровнях гибридизации, в результате выходит желтый цвет.

30. Пример spotted microarray

• РНК из облученных клеток (красные)

• Сравнивается с РНК из необработанных клеток (зеленый)

• Большинство генов имеют небольшое изменение экспрессии (желтый)

• Ген CDKN1A: красный = увеличение экспрессии

• Ген Myc: зеленый = уменьшение экспрессии

31. Анализ регуляции клеточного цикла

• Клетки дрожжей оснановленные на различных стадиях клеточного цикла

- G1, S, G2 и M

• РНК, выделенная на каждом этапе

• Управление РНК из несинхронизированной культуры

Дрожжевые клетки были арестованы в каждом из чекпоинтов клеточного цикла G1, S, G2 и М. РНК выделяли из арестованных клеток и метили Cy3.Контрольные клетки меченные Cy5 были синхронизированными, таким образом, представляли клетку во всех разных точках клеточного цикла.

32. Результаты анализа клеточного цикла

• определены 800 генов, экспрессия которых измененялась во время клеточного цикла

• Сгруппированы по величине пика экспрессии

- M/G1, G1, S, G2 и M

• Четыре различных процедуры использованы для синхронизации клеток

- Все дали сходные результаты

• Результаты Spellman и др., 1998;. Cho и др., 1998.

Из примерно 6000 генов дрожжей на микрочипе, более 800 показали изменения в экспрессии в определенной точке во время клеточного цикла. Эти гены были затем сгруппированы, или "кластеризированны", на основании их экспрессии, которая поднималась и опускалась во время клеточного цикла. Сравнение результатов четырех различных процедур используемых для синхронизации клеток, обнаружили, что те же самые гены всегда группируются вместе.

33. Гены, регулируемые клеточным циклом

• Каждый ген является линией на продольной оси

• Обработка в разных панелях

• Этапы клеточного цикла имеют цветовую маркировку вверху

• На вертикальной оси групп генов стадии, в которых наблюдаются пики экспрессии

Результаты представлены на рисунке, экспрессия каждого гена была представлена ​​в виде ряда цветов с указанием изменений в гибридизации по отношению к ее уровню в контрольных несинхронизированных клетках. Красный цвет указывает на увеличение экспрессии и зеленый указывает на уменьшение экспрессии. Алгоритмы, используемые для кластера генов описаны в главе, посвященной биоинформатике. Четыре различных процедуры используемых для синхронизации клеток показаны на отдельных панелях на рисунке. В верхней части каждой панели, различные стадии клеточного цикла обозначены цветными полосами. По вертикальной оси, гены с похожими паттернами экспрессии сгруппированы вместе.