В составе централизованного Русского государства (с 1478)

Покорив Новгород в 1478 году, Москва унаследовала его прежние политические отношения с соседями. Наследием периода независимости было сохранение дипломатической практики, при которой северо­-западные соседи Новгорода — Швеция и Ливония – поддерживали дипломатические отношения с Москвой через новгородских наместников великого князя.

В территориальном отношении Новгородская земля в эпоху Московского царства (XVI-XVII вв.) делилась на 5 пятин: Водскую, Шелонскую, Обонежскую, Деревскую и Бежецкую. Наиболее мелкими единицами административного деления в то время являлись погосты, по которым определялось географическое местоположение селений, производился подсчёт населения и их податного имущества.

Царствование Василия III

21 марта 1499 года сын царя Ивана III Василий был объявлен Великим князем Новгородским и Псковским. В апреле 1502 года Великим князем Московским и Владимирским и Всея Руси самодержцем, то есть стал соправителем Ивана III, а после смерти Ивана III 27 октября 1505 года — единоличным монархом.

Смутное время. Шведская оккупация.

1609 году в Выборге правительство Василия Шуйского заключило со ШвециейВыборгский договор, по которому в обмен на военную помощь шведской короне передавался Корельский уезд.

В 1610 году в Новгород был назначен воеводой Иван Одоевский.

В 1610 году царь Василий Шуйский был низвержен и Москва присягнула королевичуВладиславу. В Москве образовалось новое правительство, которое начало приводить к присяге королевичу и другие города Московского государства. В Новгород был послан для приведения к присяге и для оберегания от шведов, явившихся в это время на севере и от воровских шаек И. М. Салтыков. Новгородцы и, вероятно, во главе их и Одоевский, бывший постоянно в хороших отношениях с новгородским митрополитомИсидором, имевшим большое влияние на новгородцев, да, по-видимому, и сам пользовавшийся среди новгородцев уважением и любовью, согласились не раньше впустить Салтыкова и присягнуть королевичу, чем получат из Москвы список с утверждённой крестоцеловальной грамоты; но и получив грамоту присягнули только после того, как взяли с Салтыкова обещание, что он не введёт с собой в город поляков.

Скоро в Москве и во всей России возникло сильное движение против поляков; во главе ополчения, поставившего своей задачей изгнать поляков из России, стал Прокопий Ляпунов, вместе с некоторыми другими лицами составивший временное правительство, которое, вступив в управление страной, начало рассылать и воевод по городам.

Летом 1611 года к Новгороду подошёл шведский генерал Якоб Делагарди со своей армией. Он вступил в переговоры с новгородскими властями. Он спрашивал воевод, враги они шведам или друзья и хотят ли соблюдать Выборгский договор, заключённый со Швецией при царе Василии Шуйском. Воеводы могли ответить только, что это зависит от будущего царя и что они на этот вопрос ответить не имеют права.

Правительством Ляпунова в Новгород был послан воевода Василий Бутурлин. Бутурлин, прибыв в Новгород, начал вести себя иначе: немедленно начал переговоры с Делагарди, предлагая русскую корону одному из сыновей короля Карла IX. Начались переговоры, которые затянулись, а между тем у Бутурлина с Одоевским возникли распри: Бутурлин не позволял осторожному Одоевскому принимать мер к охране города, допустил Делагарди, под предлогом переговоров, перейти Волхов и подступить к самому пригородномуКолмовскому монастырю, и даже разрешил, новгородским торговым людям поставлять шведам разные припасы.

Шведы поняли, что им представляется очень удобный случай овладеть Новгородом, и 8 июля повели приступ, который был отражён только благодаря тому, что новгородцы вовремя успели сжечь окружавшие Новгород посады. Однако новгородцы продержались в осаде недолго: в ночь на 16 июля шведам удалось прорваться в Новгород. Сопротивление им было оказано слабое, так как все ратные люди были под начальством Бутурлина, который после непродолжительного боя удалился из города, пограбив новгородских купцов; Одоевский и митрополит Исидор заперлись в Кремле, но, не имея в своём распоряжении ни боевых запасов, ни ратных людей, должны были вступить в переговоры с Делагарди. Был заключён договор, по условиям которого новгородцы признавали шведского короля своим покровителем, и Делагарди был впущен в Кремль.

К середине 1612 года шведы заняли всю Новгородскую землю, кроме Пскова и Гдова. Неудачная попытка взять Псков. Шведы прекратили военные действия.

У князя Пожарского не хватало войска, чтобы воевать одновременно с поляками и шведами, поэтому с последними он начал переговоры. В мае 1612 года из Ярославля в Новгород был отправлен посол «земского» правительства Степан Татищев с грамотами к новгородскому митрополиту Исидору, боярину князю Ивану Одоевскому и командующему шведскими войсками Якобу Делагарди. У митрополита Исидора и боярина Одоевского правительство спрашивало, как у них дела со шведами? К Делагарди правительство писало, что если король шведский даст брата своего на государство и окрестит его в православную христианскую веру, то они рады быть с новгородцами в одном совете. Одоевский и Делагарди ответили, что вскоре пришлют в Ярославль своих послов. Вернувшись в Ярославль, Татищев объявил, что от «шведов добра ждать нечего». Переговоры со шведами о кандидате Карла-Филиппа в московские цари стали для Пожарского и Минина поводом к созыву Земского собора.^[17] В июле в Ярославль приехали обещанные послы: игумен Вяжицкого монастыря Геннадий, князь Фёдор Оболенский и из всех пятин, из дворян и из посадских людей - по человеку. 26 июля новгородцы предстали перед Пожарским и заявили, что «королевич теперь в дороге и скоро будет в Новгороде». Речь послов закончилась предложением «быть с нами в любви и соединении под рукою одного государя».

Затем из Ярославля в Новгород было отправлено новое посольство Перфилия Секерина. Ему было поручено при содействии новгородского митрополита Исидора заключить со шведами договор «чтоб крестьянству была тишина и покой». Возможно, что в связи с этим поднят был в Ярославле и вопрос об избрании царем шведского королевича, признанного Новгородом. Однако, царское избрание в Ярославле не состоялось.

В октябре 1612 года Москва была освобождена и возникла необходимость в выборе нового государя. Из Москвы во многие города Руси, и в том числе в Новгород, были разосланы грамоты от имени освободителей Москвы — Пожарского и Трубецкого. В начале 1613 года в Москве состоялся Земский собор, на котором был избран новый царь — Михаил Романов.

Шведы покинули Новгород лишь в 1617 году, в полностью разорённом городе осталось только несколько сотен жителей. В ходе событий Смутного времени границы Новгородской земли были существенно уменьшены из-за потери пограничных с Швецией земель по Столбовскому миру 1617 года.