- •Розділ 1. Фізико-хімічні основи молекулярної біології
- •Енергетика взаємодії між атомами та молекулами Вільна енергія
- •Ковалентний зв’язок між атомами в молекулах
- •Механізм гнучкості полімерного ланцюга
- •Перебудови системи ковалентних зв’язків у хімічних реакціях
- •Нековалентні взаємодії між атомами та молекулами Вандерваальсові взаємодії
- •Електростатичні (іонні) взаємодії
- •Водневий зв’язок
- •Гідрофобні взаємодії
Нековалентні взаємодії між атомами та молекулами Вандерваальсові взаємодії
Рис.
1.7. Взаємодія між
тимчасовими диполями двох молекул.
Вандерваальсові взаємодії між неполяризованими молекулами називають дисперсійними; взаємодії між двома поляризованими молекулами (постійними диполями) – орієнтаційними (або диполь-дипольними); між неполяризованою молекулою та постійним диполем – індукційними (або взаємодіями типу диполь-індукований диполь). Основні властивості вандерваальсових взаємодій:
Вандерваальсові взаємодії, які призводять до притягання на малих відстанях, реалізуються між будь-якими молекулами та атомами незалежно від їх природи.
Вандерваальсові взаємодії є короткодіючими: енергія взаємодій швидко знижується з відстанню між молекулами чи атомами r (пропорційно до 1/r6). Тобто, практично, вандерваальсові взаємодії є суттєвими при безпосередньому контакті між молекулами (атомами, хімічними групами).
Слова “безпосередній контакт” означають, що існує певна оптимальна величина r0 – відстань, на якій енергія взаємодій є мінімальною. При зниженні r притягання між молекулами змінюється відштовхуванням: електронні оболонки різних молекул (вже насичені валентними електронами) не можуть проникати одна в одну (відповідно до принципу заборони Паулі. Величина r0, власне, характеризує розмір кожного атому (вандерваальсів радіус), який використовується при будуванні молекулярних моделей (як, наприклад, на рис. 1.3). Непроникність атомів один для одного (стеричні обмеження) має велике значення для структури біополімерів: серед великої кількості конформацій можливими є лише ті, для яких не спостерігається проникнення однієї частини ланцюга в іншу (два атоми не можуть займати одну область простору).
Вандерваальсові взаємодії є найслабшими серед усіх нековалентних взаємодій. Для порівняння: величина середньої кінетичної енергії теплового руху RT при 27°С становить 0,6 ккал/моль; типові значення енергії вандерваальсових взаємодій (на відстані r0) варіюють у межах 0,1–0,5 ккал/моль.
Останнє твердження потребує уточнення стосовно макромолекул. Коли взаємодіють досить великі поверхні, між якими реалізується велика кількість міжатомних контактів, вандерваальсові взаємодії стають суттєвим фактором стабілізації структури макромолекул та макромолекулярних комплексів. Для того, щоб таких контактів було дійсно багато (щоб не було пустот), дві поверхні повинні добре відповідати одна одній (як ключ до замка) – бути просторово комплементарними. Просторова комплементарність між поверхнями макромолекул є, таким чином, одним з важливих механізмів специфічної взаємодії між ними.
