МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

РЯЗАНСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ РАДИОТЕХНИЧЕСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ

Кафедра автоматизированных систем управления

Предварительная обработка и расчет статистических характеристик спектрозональных изображений.

Методическое пособие по программе ImageJ

Выполнили:

Авилкин Н.В.

Власова Н.А.

Червоткин С.В.

Проверил:

Дондик Е. М.

Рязань 2012

Основная информация о программе ImageJ - особенности и возможности

ImageJ (Image Processing and Data Analysis in Java) - программа специально разработанная для анализа медицинских и биологических изображений. Эта программа имеет открытый код и свободно распространяется. 

Программа ImageJ – мощный графический редактор для обработки и анализа изображений. Кампания по разработке ImageJ инициирована автором Вейном Расбандом (Wayne Rasband) в Национальных Институтах Здравоохранения США (National Institutes of Health, USA).

Основные возможности ImageJ

• Автоматический и ручной подсчет объектов

• Измерение площади, периметра выделения в реальных единицах (см, мкм, и т.п.)

• Измерение значений яркости и оптической плотности

• Формирование гистограмм

• Работа со стеками изображений

• Написание макросов и плагинов для конкретных задач

Особенности программы ImageJ

Работает в различных ОС: ImageJ работает под управлением Linux, Mac OS 9, Mac OS X, Windows и Sharp Zaurus PDA.

Самую свежую версию под Вашу операцинную систему можно скачать на странице загрузкок.

.

Скорость:

ImageJ - одна из самых быстрых в мире программ по обработке изображений, написанных на Java. Она может проводить фильтрацию изображения размером 2048x2048 за 0,1 сек. Это приблизительно 40 миллионо пикселей в секунду! (Тестирование проводилось на 8-bit изображении, 3GHz Windows PC, IE 6.0, Microsoft Java 1.1.4.).

Типы изображений: Типы изображений могут быть различными: 8-битные (полутоновые), 16-битные (беззнаковые), 32-битные (с плавающей точкой) или RGB (цветные).

Форматы файлов: ImageJ поддерживает все известные форматы изображений (GIF, JPEG, BMP, PNG, PGM), а также DICOM, RAW, FITS и ASCII.

Отображение изображений: Инструменты обеспечивают увеличение и уменьшение (от 1:32 до 32:1), а также скроллинг изображений. Все анализы и функции работы с изображениями корректно работают на любом из этих увеличений.

Выделения: В программе ImageJ можно использовать различные типы выделений объектов: создавать прямоугольные, эллиптические, свободные по форме области. Создавать линейное или точечное выделение. Редактировать выделения и автоматически создавать их, используя инструмент "волшебная палочка" - wand tool. Рисовать, заполнять, очищать фильтровать или измерять выделенные фрагменты. Сохранять области выделенияи переносить их в другие изображения.

Расширение изображения:  Поддерживает сглаживание, увеличение резкости, нахождение границ, недианную фильтрацию и использование функции порог как для 8-bit полутоновых, так и для RGB цветных изображений. Возможно интерактивно настраивать яркость и контраст в 8-, 16- и 32-битных изображениях.

Геометрические операции: В программе можно обрезать, масштабировать, менять размер изображений и вращать их. Отражать как горизонтально, так и вертикально.

Анализ: Одна из главных возможностей программы ImageJ - возможность проводить измерение площади, периметра, значений яркости и многих других показателей изображения или выделения. При этом можно применять единицы измерения реального мира (см, мкм, и т.п.). Оценивать градуировки по стандартам плотности изображения. Формировать гистограммы и профили линий.

Редактирование: Доступны все стандартные инструменты: вырезать, копировать, вставить. Есть возможность использовать процедуру вставки используя режимы AND, OR, XOR или "смешивание" . Добавлять текст, стрелки, прямоугольники, овалы или многоугольники на изображение.

Работа с цветом: ImageJ может раскладывать 32-битные цветные изображения на RGB или HSV компоненты, а также объединять 8-битные компоненты в цветное изображение. Конвертировать изображение RGB в 8-битные цветные. Применять палитры псевдоцветов для полутоновых черно-белых изображений.

Стеки: Программа ImageJ позволяет представить стек связанных изображений в одном окне и работать с целым стеком, используя для этого все команды. Также ImageJ может открывать папку с изображениями как стек и сохранять стеки как множество файлов.

Программа ImageJ имеет по настоящему неограниченный потенциал для решения всевозможных задач анализа изображений от измерения внутриклеточных структур, анализа гистологических препаратов, морфометрического изучения макрообъектов в медицине и биологии до применения ее в материаловедении и астрономии.

Интерфейс программы ImageJ

Команды меню Plugins  В настоящее время для программы ImageJ написано более 500 плагинов и более 300 макросов, и их количество постоянно увеличивается. Отдельно загружаемые плагины и макросы существенно расширяют возможности ImageJ. Этот раздел меню ImageJ посвящен работе с плагинами и макросами. Команды меню File Данное меню содержит основные команды для работы с файлами. Здесь можно создавать новые изображения или стеки, открывать и редактировать имеющиеся, сохранять различные изменения файлов, конвертировать изображения в разные форматы, импортировать файлы разных форматов в ImageJ для дальнейшей работы с ними. Команды меню Image  Раздел меню ImageJ, в котором содержатся команды для работы с изображением - иправление типом изображения, цветом, команды для работы со стеками и гиперстеками, команды для создания дубликатов, команды для увеличения/уменьшения изображения и т.д. Команды меню Edit  Edit – Редактирование. Данное меню позволяет делать стандартные манипуляции вставки и удаления, также имеет массу дополнительных возможностей, которые будут рассмотрены в этом разделе меню ImageJ. Здесь мы сделаем акцент на возможности редактирования активного изображения, поскольку редактирование в текстовых окнах полностью аналогично редактированию, например в «блокноте» Windows. Команды меню Analyze  В данном меню ImageJ находятся команды для разнообразного анализа избражения или его частей, команды выбора параметров анализа, команды для работы с гистограммой изображения, а также дополнительные инструменты для анализа. Команды меню Process  В этом разделе меню содержатся команды, позволяющие проводить различные операции над изоражениями или выделениями. Остальное  Раздел, в котором собрана дополнительная информация об интерфейсе программы ImageJ - меню Help, меню Windows, горячих клавишах, панели инструментов и т.д.