Прилади для проведення горизонтального електрофорезу

За більш ніж 40 років з моменту запровадження методу електрофоретичного розділення в агарозному гелі, було запропоновано різні варіанти конструкцій приладів для горизонтального електрофорезу. Зараз більшість кювет для проведення горизонтального електрофорезу є модифікацією приладу запропонованого Шефнером, в якому агарозний гель розміщується на окремій скляній чи пластиковій пластинці або в спеціальній ванночці. Пластинку встановлюють на платформі приладу таким чином, що гель знаходиться безпосередньо під поверхнею буферного розчину для проведення електрофорезу. Опір геля мало відрізняється від показника опору буферного розчину для електрофорезу - тому через гель проходить значна частина струму.

Буферні розчини для проведення горизонтального електрофорезу

Для проведення горизонтального електрофорезу зазвичай використовують такі буферні системи: трис-ацетатну, трис-боратну і трис-фосфатну (концентрація близько 50 мМ і рН 7,5-7,8) (таблиця 2). Буферні розчини готують у вигляді вихідних концентрованих розчинів певної кратності і зберігають при кімнатній температурі.

Буферна ємність трис-ацетатного буферного розчину порівняно низька і за тривалого багаторазового використання ця буферна система виснажується. Тому, при роботі з ТАЕ, рекомендують частіше проводити заміни буферного розчину. Трис-боратна та трис-фосфатна буферні системи забезпечують добре розділення фрагментів ДНК і володіють значно вищою буферною ємністю в порівнянні з ТАЕ. Слід зазначити, що агарозний гель готують за допомогою того буферного розчину, в середовищі якого буде проходити електрофоретичне розділення.

Таблиця 2. Склад буферних розчинів для проведення горизонтального електрофорезу.

Буферна система	Концентрації речовин в робочому буферному розчині	Приготування 1л концентрованого розчину відповідної кратності
трис-ацетат (ТАЕ)	0,04 М трис-ацетат; 0,002 М ЕДТА; рН 7,5-7,8	(50×): 242 г трис; 57,1 мл льодяної оцтової кислоти; 100 мл 0,5 М розчину ЕДТА, рН 8,0.
трис-фосфат (ТФЕ)	0,08 М трис-фосфат; 0,008 М ЕДТА; рН 7,5-7,8	(10×): 108 г трис; 15,5 мл 85%-вої фосфорної кислоти (1,679 мкг/мл); 40 мл 0,5 М розчину ЕДТА, рН 8,0.
трис-борат (ТБЕ)	0,089 М трис-борат; 0,089 М борна кислота; 0,002 М ЕДТА; рН 7,5-7,8	(5×): 54 г трис; 27,5 г борної кислоти; 20 мл 0,5 М розчину ЕДТА, рН 8,0.

Таблиця 3. Склад буферних розчинів для нанесення проб нуклеїнових кислот.

Тип буферного розчину	Концентрації речовин в 6-ти кратному концентрованому розчині	Температура зберігання
І	0,25% бромфенолового синього; 0,25% ксилолціанолу; 40% (вага/об’єм) сахарози; готують з використанням дистильованої води	+4 ºС
ІІ	0,25% бромфенолового синього; 0,25% ксилолціанолу; 15% (об’єм/об’єм) фіколу (тип 400); готують з використанням дистильованої води	Кімнатна
ІІІ	0,25% бромфенолового синього; 0,25% ксилолціанолу; 30% (об’єм/об’єм) гліцерину; готують з використанням дистильованої води	+4 ºС
ІV	0,25% бромфенолового синього; 40% (вага/об’єм) сахарози; готують з використанням дистильованої води	+4 ºС

Для нанесення проб ДНК в лунки агарозного геля також використовують певні буферні розчини різних типів (таблиця 3). Зазвичай буферні розчини для нанесення проб готують також у вигляді концентрованих 6-ти чи 10-ти кратних розчинів.