- •Розділ 1. Основні поняття медичної інформатики. Комп’ютер у діяльності майбутнього лікаря
- •1.1. Основні поняття медичної інформатики
- •Інформація та її визначення
- •Носії повідомлень
- •Визначення кількості інформації
- •Представлення інформації в комп’ютері
- •Системи числення
- •Десяткова система числення
- •Двійкова (бінарна) система числення
- •Переведення числової інформації з десяткової системи числення в двійкову
- •Кодування нечислової інформації
- •Логічні елементи в комп’ютері
- •Предмет та об’єкт медичної інформатики
- •Медична інформація та її види
- •Інформація, дані, знання
- •Типи медичних знань.
- •Інформаційний медичний документ
- •Опис даних: якісні, порядкові та кількісні дані. Шкали вимірювання
- •Якісні дані. Шкала класифікації (номінальна).
- •Порядкові дані. Шкала порядку.
- •Кількісні дані. Шкала інтервалів і шкала відношень.
- •Медичні дані
- •Питання для самоконтролю
- •1.2. Передача інформації. Мережеві технології. Основи телемедицини Передача інформації, схема передачі інформації
- •Основні поняття комп’ютерних мереж
- •Комунікаційне обладнання
- •Комунікаційне програмне забезпечення
- •Класифікація комп’ютерних мереж
- •Локальні мережі
- •Глобальні мережі
- •Глобальна мережа Internet та її можливості
- •Виникнення глобальної мережі Internet.
- •Протоколи мережі Internet.
- •Ідентифікація комп’ютерів в мережі. Адресація в Internet.
- •Основні послуги Internet.
- •Робота з електронною поштою
- •Поштові адреси та структура електронного листа.
- •Робота з гіпертекстовими сторінками World Wide Web.
- •Пошук в Internet
- •Робота з файлами засобами ftp-сервера
- •Загальні алгоритми пошуку інформації в Internet .
- •Основи телемедицини
- •Технології, що застосовуються у телемедицині
- •Будова телемедичних систем. Засоби передачі інформації в телемедицині
- •Функції телемедичних центрів
- •Стандарти, які застосовуються в телемедицині.
- •Стандарт Health Level 7
- •Проблеми телемедицини
- •Питання для самоконтролю
- •1.3. Комп’ютерні дані: типи даних, обробка та управління. Основні концепції баз даних
- •Класифікація баз даних
- •Основні типи моделей даних
- •Ієрархічна модель даних.
- •Модель даних типу мережа.
- •Реляційна модель даних.
- •Класифікація сучасних систем керування базами даних
- •Мовні засоби систем керування базами даних
- •Майбутнє субд
- •Питання для самоконтролю
- •Розділ 2. Медичні дані. Методологія обробки та аналізу інформації.
- •2.1. Кодування та класифікація. Історія класифікації і кодування
- •Поняття класифікації
- •Двоосьова icpc .
- •Поняття кодування
- •Проблеми класифікації та кодування
- •Класифікаційні системи
- •Системи класифікації в Україні
- •Питання для самоконтролю
- •2.2. Аналіз біосигналів. Методи обробки біосигналів. Візуалізація медико-біологічних даних. Обробка та аналіз медичних зображень. Біосигнали та їх обробка.
- •Реєстрація, трансформація та класифікація сигналів
- •Біосигнали і нестаціонарні сигнали.
- •Типи сигналів.
- •Приклади застосування аналізу біосигналів
- •Поняття медичного зображення.
- •Формування медичних зображень
- •Медичне зображення як об’єкт медичної інформатики.
- •Методи отримання медичних зображень
- •Обробка медичних зображень.
- •Основні принципи обробки зображень.
- •Попередня обробка.
- •Зміна контрастності зображення.
- •Затемнення і видимість деталей зображення
- •Зменшення шуму.
- •Квантування рівня сірого
- •Відновлення зображень
- •Покращення зображень
- •Методика виявлення краю або контуру
- •Сегментація.
- •Стиснення зображення
- •Перетворення зображення
- •Повне перетворення
- •Розрахунок параметрів.
- •Інтерпретація зображень.
- •Проблеми обробки та аналізу зображень
- •Проблема візуалізації зображень.
- •Двовимірні томографічні зображення.
- •Тривимірне об’ємне зображення.
- •Способи двовимірної візуалізації.
- •Способи дійсної три вимірної візуалізації.
- •Застосування тривимірної візуалізації.
- •Сучасні тенденції обробки зображень
- •Обробка двовимірних та тривимірних медичних зображень. Обробка двовимірних медичних зображень
- •Обробка тривимірних медичних зображень
- •Питання для самоконтролю
- •2.4. Методи біостатистики. Сучасна технологія аналізу даних
- •Планування дослідження.
- •Підготовка даних до аналізу
- •Попередній аналіз даних
- •Вибір і реалізація методу аналізу
- •Закони розподілу дискретних випадкових величин Біноміальний розподіл (розподіл Бернуллі)
- •Розподіл Пуассона
- •Закони розподілу неперервних випадкових величин Нормальний закон розподілу (Гауса)
- •Розподіл
- •Розподіл Ст’юдента (Госсета)
- •Емпіричні закони розподілу випадкових величин
- •Оцінка параметрів розподілу та перевірка гіпотез Загальні поняття
- •Етапи перевірки гіпотез
- •Критерії перевірки гіпотез
- •Стійкість критеріїв
- •Послідовність операцій при виборі критерію
- •Постановка задачі
- •Визначення додаткових умов вибору критерію
- •Вибір конкретного критерію
- •Вимоги до вибірок
- •Критерій (критерій Пірсона)
- •Кореляційний аналіз
- •Регресійний аналіз
- •Тестові завдання для самоконтролю
- •Розділ 3. Медичні знання та прийняття рішень в медицині
- •3.1. Формалізація та алгоритмізація медичних задач. Основні поняття
- •Алгоритми та їх властивості.
- •Способи подання алгоритмів
- •Типи алгоритмів та їх структурні схеми Лінійні алгоритми
- •Циклічні алгоритми
- •Цикл-поки
- •Цикл-до
- •Питання для самоконтролю
- •3.2. Формальна логіка у вирішенні медико-біологічних задач. Основи логіки висловлень
- •Поняття висловлення
- •Множина значень висловлення
- •Алфавіт логіки висловлень
- •Логічні операції та таблиці істинності. Бінарні і унарні операції
- •Операція заперечення.
- •Операція кон’юнкції
- •Операція диз’юнкції
- •Операція імплікації
- •Операція еквівалентності
- •Діаграми Вена
- •Властивості логічних операцій
- •Основні логічні функції.
- •Логічна функція якщо
- •Способи подання логічних функцій
- •Питання для самоконтролю
- •3.3. Методи підтримки прийняття рішень. Стратегії отримання медичних знань Типи діагностичних і прогностичних технологій
- •Види лікарської логіки.
- •Детерміністична логіка
- •Табличні методи
- •Машинні технології
- •Логіка фазових інтервалів
- •Фазовий простір станів
- •Застосування ймовірнісної логіки в діагностиці
- •Основи теорії ймовірнісної діагностики
- •Розробка систем ймовірнісної діагностики
- •Приклад застосування систем ймовірнісної діагностики
- •Метод послідовного статистичного аналізу Вальда
- •Визначення й архітектура систем знань
- •Людина і комп’ютер
- •Експертні системи в медицині
- •Штучний інтелект.
- •Історія ес
- •Розробка експертних систем
- •База знань
- •Формальні моделі зображення знань
- •Продукційні моделі
- •Семантичні моделі
- •Модель типу фрейм
- •Характеристики експертних систем
- •Приклади застосування експертних систем
- •Тенденції розвитку систем знань
- •Питання для самоконтролю
- •3.4. Клінічні системи підтримки прийняття рішень. Засоби прогнозування. Моделювання медико-біологічних процесів . Поняття системи
- •Властивості систем
- •Структура систем
- •Загальна теорія систем. Системний підхід
- •Поняття моделі. Типи моделей
- •Типи моделей
- •Математична модель. Історія
- •Ступені складності математичної моделі
- •Ступені адекватності
- •Математичне моделювання
- •Етапи математичного моделювання
- •Обмеження і переваги методу математичного моделювання
- •Приклади математичних моделей.
- •1. Гемодинаміка судинного русла
- •2. Модель зміни концентрації лікарського препарату в крові пацієнта
- •3. Моделювання росту популяцій
- •57. Випадкові відхилення 58. Випадкові відхилення
- •4. Математична модель «хижак – жертва»
- •5. Моделювання клітинного росту
- •6. Математичне моделювання в імунології.
- •7. Моделювання епідемічних процесів
- •Питання для самоконтролю
- •3.5. Доказова медицина Доказова медицина. Принципи доказової медицини
- •Визначення доказовості
- •Аспекти доказової медицини
- •Умови ефективного функціонування доказової медицини
- •Алгоритм дій
- •Мета-аналіз
- •Види мета-аналізу
- •Переваги мета-аналізу
- •Проблеми мета-аналізу
- •Кокранівські бази даних
- •Принципи Кокранівського Співробітництва
- •Проблемні групи зі створення систематичних оглядів
- •Кокранівські робочі групи з методології оглядів
- •Кокранівські спеціалізовані групи
- •Кокранівські центри
- •Кокранівська мережа споживачів
- •Кокранівська електронна бібліотека
- •Кокранівська база даних систематичних оглядів
- •Кокранівський реєстр контрольованих випробувань
- •Прийняття оптимальних рішень в охороні здоров’я
- •Тенденції розвитку Кокранівського Співробітництва
- •Стислий довідник з доказової медицини
- •Принципи створення довідника
- •І. Систематичні огляди як джерело доказів.
- •Іі. Рандомізовані контрольовані випробування як джерела доказів
- •Особливості викладу матеріалу
- •Питання для самоконтролю
- •Розділ 4. Системи, направлені на пацієнтів, та інституційні інформаційні системи в охороні здоров’я
- •4.1. Типи інформаційних систем в галузі охорони здоров’я. Госпітальні інформаційні системи та їх розвиток. Вимоги до інформації
- •Основні аспекти інформатизації медичної діяльності
- •Загальна технологічна схема діагностично-лікувального процесу.
- •Етапи створення і основні характеристики міс
- •Класифікація медичних інформаційних систем
- •Медичні інформаційні системи базового рівня
- •Інформаційно довідкові системи.
- •Консультативно-діагностичні системи.
- •Арм лікаря.
- •Автоматизоване робоче місце лікаря діагноста
- •Медичні інформаційні системи рівня лікувально-профілактичного закладу
- •Інформаційні системи консультативних центрів.
- •Скрінінгові системи.
- •Інформаційні системи лікувально-профілактичної установи Особливості організації інформаційного середовища лікувально профілактичної установи
- •Основні типи даних
- •Інформаційні системи поліклінічного обслуговування.
- •Міс територіального і державного рівня
- •Інформаційне забезпечення міс
- •Госпітальні інформаційні системи
- •Архітектура гіс.
- •Автоматизовані робочі місця головного лікаря та його замісників.
- •Регістратура
- •Електронна медична карта (емк)
- •Стаціонар
- •Лабораторні дослідження.
- •Операційна
- •Облік лікарських засобів.
- •Питання для самоконтролю
- •4.2. Електронна медична картка. Ведення медичної документації за допомогою персонального комп’ютера.
- •Концепція побудови електронних медичних карток
- •Ступінь захисту інформації про пацієнтів
- •Система медичного документообігу закладів охорони здоров’я
- •Структура системи
- •Етапи документообігу
- •Питання для самоконтролю
- •4.3. Інформаційні ресурси системи охорони здоров’я
- •4.4. Етичні та правові принципи в системі охорони здоров’я Захист медичної інформації
- •Медична інформаційна система як об’єкт захисту
- •Проблеми організації захисту лікарської таємниці
- •Загрози інформації, що містить лікарську таємницю.
- •Проблеми впровадження комплексних систем захисту.
- •Вимоги до моделі процесів інформаційної безпеки.
- •Формування моделі інформаційної безпеки.
- •Питання для самоконтролю
- •Додатки Нейронні мережі.
- •Основні поняття
- •Моделі нейронних мереж Багатошаровий персептрон
- •Ймовірнісна нейронна мережа в задачах класифікації.
- •Узагальнено-регресійна нейронна мережа в задачах регресії
- •Карти Кохонена, що самоорганізуються
- •Лінійна мережа
- •Алгоритм побудови нейронних мереж Оцінка адекватності нейромережевих моделей
- •Методика побудови нейронної мережі в пакеті neuropro 0.25.
- •Розпізнавання образів у програмі емуляції нейронної мережі «numbers»
- •Класифікація даних на прикладі аналізу «ірисів фішера»
- •Поняття про приборно – комп’ютерні системи.
- •Коротка історична довідка.
- •Класифікація медичних приборно-комп’ютерних систем
- •Класифікація за функціональними можливостями
- •Класифікація за призначенням
- •Основні принципи побудови мпкс Структура мпкс.
- •Медичне забезпечення
- •Апаратне забезпечення мпк Деякі елементи обчислювальної техніки
- •Програмне забезпечення мпкс.
- •1. Підготовки дослідження.
- •2. Проведення дослідження.
- •3. Перегляду і редагування записів.
- •4. Обчислювального аналізу.
- •5. Оформлення висновку.
- •6. Роботи з архівом.
- •Системи для проведення функціональної діагностики. Системи для дослідження функцій кровообігу.
- •Комп’ютерна електрокардіографія
- •Комп’ютерна реографія.
- •Системи для дослідження органів дихання.
- •Системи для дослідження головного мозку
- •Комп’ютерна електроенцефалограма
- •Системи для ультразвукових досліджень
- •Комп’ютерна ехотомографія
- •Інші типи спеціалізованих систем
- •Методи обробки й аналізу медичних зображень.
- •Мпкс для рентгенівських досліджень
- •Мпкс для магнітно-резонансних досліджень.
- •Мпкс для радіонуклідних досліджень(рнд).
- •Багатофункціональні системи
- •Системи для проведення моніторингу
- •Специфіка моніторингових систем
- •Електрокардіографічний моніторинг
- •Системи управління лікувальним процесом.
- •Системи інтенсивної терапії.
- •Системи оберненого біологічного зв’язку.
- •Системи протезування та штучні органи.
- •Перспективи розвитку мпкс
- •Питання для самоконтролю
Носії повідомлень
Зростаючі потоки повідомлень, необхідність зберігання їх у великих обсягах сприяли розробці і застосуванню носіїв повідомлень, що забезпечують можливість довготривалого їх зберігання в досить компактній формі. Носій – фізичне середовище, в якому зберігаються повідомлення. Прикладом носія повідомлення є медична картка, рентгенівська плівка, електромагнітна хвиля, тощо.
Носії повідомлень поділяють на довгоіснуючі та недовгоіснуючі. Подання повідомлень на довгоіснуючих носіях називають письмом. Прикладом може бути послідовність друкованих чи рукописних знаків, що сприймаються зором (письмо, що сприймається на дотик сліпими) – записи в медичній картці пацієнта, кардіограма, рентген, тощо. Прикладами повідомлень на недовгоіснуючих носіях є повідомлення, що передаються телефоном, жестами.
Будь-який живий організм як єдине ціле спілкується із зовнішнім світом, використовуючи фізичні або хімічні носії (голос, жест, запах). Важливим прикладом передачі інформації є передача генетичної інформації, що пов’язана з молекулами ДНК (дивись рисунок 2). Ці молекули складаються з ланцюга вуглеводних та фосфатних груп однакового складу і кожна вуглеводна група з’єднана з однією азотистою основою: аденін (А), гуанін (Г), цитозін (Ц) і тімін (Т).
Рис. 1. Схема передачі генетичної інформації
Всі молекули ДНК відрізняються послідовним чергуванням відповідних основ (А, Г, Ц, Т), тобто первинне повідомлення знаходиться у хромосомах ядра клітини і записано у чотирьох літерному алфавіті молекул ДНК. Кількість інформації, яка зберігається у хромосомах log 41000000 =2 000 000 біт.
Цієї інформації більше, ніж достатньо для і передачі щодо наслідування даних ознак.
Передавання інформації до дочірніх клітин відіграє фундаментальну роль в усіх життєвих процесах, роль «повідомлення» 1, що передається грає набір хромосом (набір молекул ДНК) вихідної клітини, а «повідомлення» 1 , на виході – це набори хромосом двох повних клітин. Одержане «повідомлення» 1 анулює питання про перешкоди, але питання про перешкоди (наприклад, радіоопромінення клітин) можуть бути причиною мутації.
Перейдемо до передавання інформації від хромосом до цитоплазми клітини. Основна роль належить білковим речовинам – ферментам, завдяки яким відбуваються в організмі біохімічні реакції. Синтез білків відбувається в рибосомах. Білкові молекули мають приблизно 20 амінокислот. Таким чином, на «виході» лінії зв’язку є рибосоми і «повідомлення» 1 на виході – це білок. Це повідомлення записано на 20-ти літерному алфавіті амінокислот. Головну роль у процесі передачі інформації від ДНК хромосом до білкових молекул мають молекули РНК. На молекулах ДНК хромосом, як на «шаблоні» синтезуються молекули РНК (інформаційні РНК, які проникають у рибосоми). Таким чином схема передачі генетичної інформації має вигляд:
Роль «повідомлення» на вході 1 і «повідомлення» на виході 1 грають ДНК і білок, а роль «сигналу» на вході і «сигналу» на виході – молекули і РНК.
Визначення кількості інформації
Використання термінів «більше інформації» або «менше інформації» має на увазі якусь можливість її виміру (або хоча б кількісного співставлення). При суб’єктивному сприйнятті вимір інформації можливий лише у разі встановлення деякої порядкової шкали для оцінки «більше»-«менше», та й то суб’єктивної
Існують декілька підходів до визначення міри кількості інформації. Розглянемо три основних: структурний (синтаксичний), статистичний і семантичний (змістовий).
За структурним підходом вимірювання інформації проводиться шляхом підрахунку числа інформаційних елементів або комбінацій з цих елементів. Якщо маємо об’єкт, який може знаходитися в одному з N рівноймовірних станів, то за визначенням Шеннона, кількість інформації І в повідомленні про те, що об’єкт знаходиться у будь-якому одному стані, визначається формулою:
I = log2N.
Наприклад, при реалізації однієї з двох рівноймовірних незалежних подій (результат підкидання монети) ймовірність реалізації однієї з них дорівнює 1/2. Число можливих станів N = 2, тоді I = log22 = 1. Отримана таким чином одиниця інформації називається бітом. Тобто біт – кількість інформації, яка міститься у повідомленні про найпростішу двопозиційну ситуацію типу: «сигнал є», «сигналу немає» , «так» або «ні», 1 або 0.
Інтуїтивно зрозуміло, що чим більш рідкою й незвичайною є подія (тобто чим вона менш ймовірна), тим більше вона несе в собі інформації, тому що інакше вона є легко передбачуваною, а значить має малу інформаційну цінність. Виникає запитання, у якому випадку інформації більше – при киданні монети або при киданні кубику? Очевидно, що при киданні кубику, оскільки імовірність випадання певної грані – 1/6, а число можливих станів N = 6, тобто
I = log26 = 2,6 біт.
Важливою перевагою застосування логарифмічної міри є властивість адитивності. Ця властивість полягає у тому, що коли повідомлення дістаються від незалежних об’єктів, які мають відповідно N1 i N2 можливих станів, то загальна кількість інформації про стан цих об’єктів визначається формулою:
I = log2N1 + log2N2.
Структурний підхід до визначення кількості інформації є ідеальним для застосування в обчислювальній техніці, яка оперує з інформацією, закодованою тільки двома символами: 0 і 1.
У статистичному підході, запропонованому К.Шенноном (1948 р.), ступінь невизначеності (а значить і кількість інформації) можна характеризувати за допомогою ймовірності. Згідно з ним, кількість інформації, яка міститься у повідомленні про те, що відбулася одна будь-яка подія Ai з кількох можливих, тим більша, чим менша ймовірність появи цієї події [P(Ai)].
Повідомлення про подію, яка має тільки два однаково можливих результати, містить 1біт інформації: якщо ймовірність кожного результату P(Ai) = 0,5 , то . Це повністю відповідає означенню кількості інформації за структурним підходом. Якщо ж заздалегідь відомо, що подія відбудеться, P(Ai) = 1, то кількість інформації про таку подію I = log21 = 0. Такий стан речей, звичайно, не означає, що коли в повідомленні немає нової для споживача інформації, то це не є інформація. Інформаційний характер повідомлення зберігається, бо його мета була повідомити інформацію. Або, при футбольному матчі між сильною та слабкою командами ймовірність перемоги сильної команди велика, ймовірність нічийного результату набагато менша; ймовірність поразки – зовсім мала. Звідси й випливає, що кількість інформації – це міра зменшення невизначеності у повідомленні.
На практиці важливою є чисельна оцінка ступеня невизначеності різноманітних результатів дослідів. Нехай відбувається множина незалежних подій: подія A1 – n1 раз, подія A2 – n2 раз, …, подія Ak – nk раз. Тоді загальна кількість інформації дорівнює: Ізаг = I1n1 + I2n2 + … + Iknk , a оскільки , то
Оцінимо середню кількість інформації, яку ми отримуємо, коли відбувається деяка одна подія із усіх: де тоді
А оскільки то
Тобто, середня кількість інформації дорівнює зменшенню ентропії в результаті реалізації події.
Повідомлення усуває невизначеність, доставляючи кількість інформації, що дорівнює зменшенню ентропії. Отже, ентропія є мірою відсутньої інформації про стан системи. За знаком вона протилежна кількості інформації. Тому кількість інформації можна вимірювати зменшенням ентропії. Зауважимо, що ентропія неможливої події дорівнює нулю. Проте, ані структурний, ані статистичний підходи не враховують зміст, цінність і корисність інформації. Ці характеристики оцінюються семантичною мірою інформації. Семантична концепція інформації, виникла як спроба виміру змісту повідомлень у формі суджень, що є носіями знань, що можуть бути зрозумілі людиною
Можна оцінювати цінність інформації Іц шляхом визначення зміни ймовірності досягнення мети при отриманні інформації: де Р0 – ймовірність досягнення мети до отримання інформації, а Р1 – ймовірність досягнення мети після отримання інформації. При цьому можливі три випадки. Здобута інформація може не змінювати ймовірності досягнення мети (Р0 = Р1 ). Тоді Іц = 0, таку інформацію називають порожньою. Наприклад, інформація про прогноз погоди під час постановки діагнозу. Можливий випадок, коли Іц > 0 (одержання лікарем результатів аналізів, що допомагають з’ясувати стан хворого), таку інформацію називають корисною. А можливий випадок, коли Іц < 0. Таку інформацію можна назвати дезінформацією (невірно зроблені аналізи, несправна медична апаратура тощо). Семантичний підхід до визначення кількості інформації може бути застосований для оцінювання інформаційної цінності симптомів Iц при постановці діагнозів різних захворювань. Суть методу полягає в наступному:
(10)
де – умовна ймовірність симптому Si при захворювані Bj, яка показує, як часто трапляється цей симптом при даному захворюванні; P(Si) –імовірність симптому Si у розглядуваному класі захворювань, що характеризує, як часто трапляється цей симптом серед усіх захворювань даного класу.
Застосування формули (10) передбачає статистичне дослідження великої кількості історії хвороб з перевіреними діагнозами. Наприклад, таким дослідженням встановлено, що симптом порушення серцевого ритму буває приблизно 92 рази серед 100 випадків інфаркту міокарда. Отже, умовна ймовірність цього симптому дорівнює 0,92. У класі схожих захворювань, об’єднаних назвою «гострий живіт» (інфаркт міокарду, перитоніт, крупозне запалення легенів, тромбоемболія), цей симптом трапляється приблизно у 25% випадків. Тоді інформаційна цінність симптому порушення серцевого ритму при інфаркті міокарду серед даного класу захворювань визначиться так :
= 1,7 біт .
З аналізу отриманого результату випливає, що такий симптом є цінним для діагностики інфаркту міокарду.