7. Измерение Длин Связей
Если Вы выбираете связь, а не атом, в строке состояния появляется информация о данной связи. По умолчанию HyperChem использует встроенную библиотеку значений длин связей между атомами определенного типа гибридизации. Если связи нет в библиотеке значений, HyperChem использует среднее значение ковалентных радиусов этих двух атомов, использующихся в процедуре Model Building (построения модели).
Чтобы измерить длину связи. Щелкните левой кнопкой мыши на связи углерод-кислород. Связь выделяется и в строке состояния появляется длина связи.
Произведите L-щелчок на меню Build. Когда связь выбрана, в меню Build пункт Constrain bond length становится активным. Эта процедура позволит Вам также определять длину связи.
8. Измерение Углов Связи
Чтобы измерить угол связи, произведите L-протягивание между двумя конечными атомами, присоединенными к общему третьему атому.
Произведите L-протягивание от атома углерода, присоединенного к кислороду, до атома водорода, присоединенного к кислороду (рис. 2.4.).
Отпустите кнопку мыши. Угол подсвечивается, и значение угла появляется в строке состояния. Значения угла по умолчанию выбраны из Model Builder, поскольку эта структура может быть основана на любой из гибридизаций: тетраэдральная (109), треугольная (120), или линейная (180). Измерьте другие углы в структуре.
|
Рис. 2.4. |
9. Измерение торсионных углов вращения
Сделайте L-протягивание между кольцевым атомом углерода и водородом, связанным с атомом азота, чтобы выбрать торсионный угол вращения. Отпустите кнопку мыши. Торсионный угол выделен и в строке состояния показана величина торсионного угла (- 60(Гош)). Поэкспериментируйте измерением величин других торсионных углов.
|
Рис. 2.5. |
10. Измерение расстояния между валентно-несвязанными атомами
Активизируйте команду Multiple Selections в меню Select.
Это позволит Вам выбирать больше чем один элемент за одну операцию выделения. Иначе, когда Вы выберете второй элемент, выбор предыдущего элемента будет отменен.
Произведите последовательно L-щелчок, на любых двух несоединенных атомах. В строке состояния появляется расстояние.
Измерьте расстояния между несколькими парами валентно-несвязанными атомами и сравните расстояния.
11. Водородные связи
Для того, чтобы подтвердить благоприятные условия для образования водородной связи, HyperChem вычисляет и отображает водородные связи.
Водородная связь формируется, если расстояние до водородного донора меньше чем 3.2 Ангстрем и угол между ковалентными связями донора и акцептора меньше чем 120 . Вам, возможно, нужно вращать -NH2 группу или -OH группу (выделить нужную группу и связь, относительно которой производят вращение, вращать с помощью кнопки Z-вращение правой кнопкой мыши).
Для отображения водородной связи произведите R-щелчок на пустой области в рабочем пространстве. Все предыдущие выборы отменяются. Включите Show Hydrogen Bonds (Показывать Водородные связи) в меню Display. Выберите Recompute H Bonds в меню Display. HyperChem отображает водородную связь как прерывистую линию.
Водородные связи не вычисляются автоматически в каждой конфигурации. Если Вы изменяете геометрическую структуру молекулы, Вы должны повторно вычислить водородные связи.