Карта метаболизма организма Proteus mirabilis
Название организма: Proteus mirabilis
Описание: Грамотрицательная кишечная бактерия Proteus mirabilis, комменсальная бактерия человека, является частой причиной инфекций мочевыводящих путей у людей с длительными постоянными катетерами или при проблемах и повреждениях мочевыводящих путей (например, из-за повреждения спинного мозга или анатомической аномалии). Инфекция может привести к острому пиелонефриту, лихорадке, бактериемии, образованию камней в почках и мочевом пузыре или закупорке постоянных мочевых катетеров. Бактерия очень подвижна. Клетки обладают сильными адгезионными способностями, которые позволяют ему поражать мочевой пузырь, почки и даже проникать в кровоток.
Систематика:
|
Kingdom: |
Bacteria |
|
Phylum: |
Proteobacteria |
|
Class: |
Gammaproteobacteria |
|
Order: |
Enterobacteriales |
|
Family: |
Enterobacteriaceae |
|
Genus: |
Proteus |
|
Species: |
Mirabilis |
Внешний вид: Грамотрицательная, спорообразующая, факультативно анаэробная палочка.
Рис.1. Микрофотография Proteus mirabilis
|
Strain (Штамм) |
HI4320 |
|
Complete (Завершён) |
Yes |
|
Sequencing centre (Центр секвенирования) |
(18-FEB-2008) Sebaihia M., Sulston Laboratories, Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, (25-AUG-2008) National Center for Biotechnology Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA |
|
Sequencing quality (Качество секвенирования) |
Level 6: Finished |
|
Sequencing method (Метод) |
Sanger |
|
Isolation site (Источник) |
Urine of a nursing home patient with a long term (>30 day) indwelling urinary catheter. |
|
Number of replicons (Количество репликонов) |
2 |
|
Gram staining properties (Окраска по Граму) |
Negative |
|
Shape |
Bacilli |
|
Flagellar presence (Наличие жгутиков) |
Yes |
|
Number of membranes (Количество мембран) |
2 |
|
Oxygen requirements (Чувствительность к 02) |
Aerobic |
|
Optimal temperature (Оптимальная температура) |
37.0 |
|
Temperature range (Температурная зона) |
Mesophilic |
|
Habitat (Среда обитания) |
HostAssociated |
|
Biotic relationship (Биологические отношения) |
Free living |
|
Host name (Носитель) |
Homo sapiens |
|
Sporulation (Спороношение) |
Nonsporulating |
|
Diseases (Болезни) |
Encephalitis, urinary tract infections, surgical wound infections, pyelonephritis, pneumonia, septicemia |
Гликолиз / глюконеогенез:
|
Номер
|
Название (английское)
|
Название (русское)
|
|
1.1.1.1
|
S-(hydroxymethyl) alcohol dehydrogenase
|
S- (гидроксиметил) алкогольдегидрогеназа
|
|
1.2.1.12
|
glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase
|
глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа
|
|
1.2.4.1
|
pyruvate dehydrogenase E1 component
|
компонент пируватдегидрогеназы Е1
|
|
1.8.1.4
|
dihydrolipoamide dehydrogenase
|
дигидролипоамиддегидрогеназа
|
|
2.3.1.12
|
pyruvate dehydrogenase E2 component
|
компонент пируватдегидрогеназы Е2
|
|
2.7.1.-
|
PTS system, sugar-specific IIA component
|
Система PTS, специфичный для сахара компонент IIA
|
|
2.7.1.11
|
6-phosphofructokinase 1
|
6-фосфофруктокиназа 1
|
|
2.7.1.199
|
PTS system, sugar-specific IIA component
|
Система PTS, специфичный для сахара компонент IIA
|
|
2.7.1.40
|
pyruvate kinase II
|
Пируваткиназа 2
|
|
2.7.2.3
|
phosphoglycerate kinase
|
фосфоглицерат киназа
|
|
3.1.3.11
|
fructose-1,6-bisphosphatase II
|
фруктоза-1,6-бисфосфатаза II
|
|
3.2.1.86
|
6-phospho-beta-glucosidase
|
6-фосфо-бета-глюкозидазы
|
|
3.3.3.10
|
glucose-1-phosphatase
|
глюкозо-1-фосфатазы
|
|
4.1.1.49
|
phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)
|
фосфоенолпируват карбоксикиназа
|
|
4.1.2.13
|
fructose-bisphosphate aldolase, class II
|
фруктоза-бисфосфат альдолаза, класс II
|
|
4.2.1.11
|
enolase
|
енолаза
|
|
5.1.3.15
|
glucose-6-phosphate 1-epimerase
|
глюкозо-6-фосфат-1-эпимераза
|
|
5.1.3.3
|
aldose 1-epimerase
|
альдозо-1-эпимераза
|
|
5.1.3.9
|
glucose-6-phosphate isomerase
|
глюкозо-6-фосфат-изомераза
|
|
5.3.1.1
|
triosephosphate isomerase (TIM)
|
триозофосфатизомераза (TIM)
|
|
5.4.2.11
|
2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase
|
2,3-бисфосфоглицерат-зависимая фосфоглицерат мутаза
|
|
5.4.2.12
|
probable phosphoglycerate mutase
|
вероятная фосфоглицерат мутаза
|
|
5.4.2.2
|
phosphoglucomutase
|
фосфоглюкомутазы
|
|
6.2.1.1
|
acetyl-CoA synthetase
|
ацетил-КоА-синтетаза
|
Описание:
Гликолиз - это процесс превращения глюкозы в пируват и генерирования небольших количеств АТФ (энергии) и НАДН (восстановительной способности). Это центральный путь, который продуцирует важные метаболиты-предшественники: шестиуглеродные соединения глюкозы-6P и фруктозы-6P и трехуглеродные соединения глицерона-P, глицеральдегида-3P, глицерата-3P, фосфоенолпирувата и пирувата. Ацетил-КоА, другой важный метаболит-предшественник, получают окислительным декарбоксилированием пирувата.
Суммарное уравнение гликолиза: Глюкоза + 2НАД+ + 2АДФ + 2Pi → 2 пируват + 2НАДH + 2Н+ + 2АТФ + 2Н2O
Глюконеогенез - это путь синтеза глюкозы из неуглеводных предшественников. По сути, это инверсия гликолиза с небольшими вариациями альтернативных путей.
Суммарное уравнение глюконеогенеза выглядит следующим образом: 2 Пируват + 4ATP + 2GTP + 2NADH + 2H+ + 6H2O → глюкоза + 4ADP + 2GDP + 6Pi + 2NAD+[4].
Источники:
http://bacmap.wishartlab.com/organisms/677#kegg-pathways https://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?pmr00010
Используемый здесь штамм HI4320, был выделен из мочи пациента дома престарелых с длительным (> 30 дней) постоянным мочевым катетером.