- •Биокинетика
- •Глава 1. Введение в биокинетику
- •Предмет изучения биокинетики
- •Химическая кинетика как основа биокинетики
- •1.2.1. Современные представления о механизме химической реакции
- •1.2.2. Скорость химической реакции
- •1.2.3. Константа равновесия
- •1.2.4. Выражения для константы скорости элементарной химической реакции
- •1.2.5. Влияние pH на скорость химической реакции
- •1.2.6. Кинетический эксперимент
- •Глава 2. Ферментативный катализ
- •2.1. Кинетические схемы и механизм ферментативной реакции
- •2.1.1. Схема Михаэлиса-Ментен
- •2.1.2. Определение параметров Wm и Km из экспериментальных данных
- •2.1.3. Метод графов при анализе кинетических схем
- •2.1.4. Определение концентрации активных центров
- •2.2. Типичные зависимости начальной стационарной скорости реакции от концентрации субстрата
- •2.2.1. Ингибирование и активация избытком субстрата
- •2.2.2. Аллостерические эффекты
- •2.3. Многосубстратные реакции
- •2.4.2. Релаксационная кинетика
- •2.5. Влияние температуры и pH на скорость ферментативных реакций
- •2.6. Ингибирование ферментативных реакций
- •2.7. Инактивация ферментов
- •2.8. Полиферментные системы. Сопряженные ферментные реакции
- •2.9. Кинетика действия ферментов в открытых системах
- •3.1.1. Химическое строение рецепторов и лигандов
- •3.1.2. Агонисты и антагонисты
- •3.2.3. Строение и функционирование g-белок сопряженных рецепторов
- •3.2.4. Механизмы внутриклеточного проведения и усиления рецепторного сигнала
- •3.2.5. Инактивация рецепторного сигнала
- •3.3.1. Диффузия рецепторов
- •3.3.2. Связываение нескольких молекул лиганда с одним рецептором
- •1) Координаты Хилла.
- •2) Координаты Бьеррума.
- •3.4. Взаимодействие нескольких лигандов с одним рецептором
- •3.5. Учет функции распределения клеток по количеству рецепторов на мембране
- •3.6. Феномен колебаний рецепторного связывания
- •Глава 4. Клеточный рост
- •4.1. Клеточный цикл
- •4.2. Экспоненциальная фаза роста
- •4.2.1. Многосубстратные процессы
- •4.2.2. Ингибирование и активация клеточного роста
- •4.2.3. Влияние pH
- •4.4.1. Выражение для удельной скорости клеточного роста в экспоненциальной фазе
- •4.4.2. Многостадийность клеточного цикла
- •5.1. Пассивный транспорт
- •5.2. Активный ионный транспорт
- •Глава 6. Эндоцитоз
4.4.2. Многостадийность клеточного цикла
Время удвоения равно
(4.61)
где R – время репликации, a – время нахождения в других фазах клеточного цикла. Тогда
(4.62)
Выражение (4.62) соответствует уравнению Моно
(4.63)
где:
(4.64)
(4.65)
Для микробов:
(4.66)
Для многоклеточных организмов:
(4.67)
(4.68)
(4.69)
4.4.3. Старение клетки в процессе роста
Старение – инактивация ключевых ферментативных систем:
- репликационного комплекса,
- лимитирующего фермента.
(4.70)
(4.71)
В квазистационаре (dS’/dt = 0):
(4.72)
(4.73)
(4.74)
(4.75)
(4.76)
(4.77)
(4.78)
При старении клеток в процессе роста существует пороговая минимальная концентрация субстрата, ниже которой клеточный рост невозможен:
(4.79)
4.4.4. Кинетические модели апоптоза
Появление в популяции клеток, потерявших способность к размножению.
Две модели:
1) Прогрессирующая некомпетентность.
(4.80)
где Na – способные к делению клетки.
(4.81)
(4.82)
Возможна ситуация:
(максимальное
количество некомпетентных клеток) (4.83)
Если a дается уравнением Моно, то
(4.84)
где tm – время достижения максимума по Na.
(4.85)
(4.86)
а) Начальный период:
(4.87)
(4.88)
(4.88)
(4.89)
б) Режим истощения субстрата (на больших временах):
(4.90)
1) Запрограммируемый отказ.
В ряде случаев остановка роста связана с потерей чувствительности клеток к ростовым факторам среды (т.е. уменьшением числа рецепторов на клетке). Кинетика изменения числа рецепторов R на клеточной мембране можно описать уравнением
(4.91)
Предположим, что скорость деления клеток пропорциональна числу рецепторов на мембране:
(4.92)
Тогда:
(4.93)
(4.94)
Если >>:
(4.95)
4.5. Модель “хищник-жертва”
(4.96)
где N1 – популяция жертвы, N2 – популяция хищника.
1) Существует стационарное состояние:
,
(4.97)
2) Фазовый портрет (связь между N1 и N2).
,
(4.98)
(4.99)
(4.100)
(4.101)
(4.102)
Такой фазовый портрет соответствует колебательной траектории.
3) Средняя численность популяции равна стационарной численности.
(4.103)
(4.104)
(4.105)
аналогично:
(4.106)
4.6. Ассоциации микроорганизмов
Типы взаимодействий – от симбиоза до антагонизма.
Пример: ассоциация двух микроорганизмов M1 и M2.
(4.107)
(4.108)
Глава 5. Мембранный транспорт
Мембраны: клеточные, внутриклеточные (ядро, митохондрии, лизосомы). Мембранные поры: диаметр 8÷14 А, длина (толщина мембраны) ~160 А. Строение мембраны: липиды и белки, билипидный слой (гидрофобная часть внутри мембраны). У мембраны есть разность электрических потенциалов внутренней и внешней поверхности (сказывается на транспорте ионов).
Виды мембранного транспорта:
- пассивная диффузия (по градиенту химического или электрохимического потенциала),
- облегченная диффузия (обратимое взаимодействие с переносчиком),
- активный транспорт (против градиента),
- транслокация групп (изменение вещества при транспорте, переносчик-фермент).
