Лекция_2_БИ_М_2014
.pdf
Peptidome
В базе данных содержатся сведения об идентифицированных белках и пептидах, их масс-спектры и подтверждающие результаты.
PopSet
В базе данных содержатся схожие нуклеотидные последовательности, полученные при сравнительных исследованиях: филогенетических, популяционных, экосистем.
Каждая запись последовательности – это набор последовательностей, представленных в той же молекуле, в том же виде (популяции, мутации), у других видов (филогенетически связанных) или анонимных видов из одной экосистемы.
Probe
В базе данных содержится информация о реагентах, и их дизайне, для использования в биомедицинских исследованиях, включая генотипирование, экспрессионные анализы, определение новых SNP, картирование геномов и замолкании генов. Описаны данные о производителе, эффективности, и получаемых результатов.
Protein
В базе данных содержится информация аминокислотных последовательностей, полученных при трансляции кодирующей областей генов, с аннотацией.
Protein Clusters
В базе данных содержится коллекция родственных белковых последовательностей (кластеров), состоящая из реферируемых белковых последовательностей, которые закодированы в геномах прокариот и эукариот, а также в геномах органелл.
В базе данных есть аннотация, публикации, данные о структурах, доменах и методах исследования.
SNP – Single Nucleotide
Polymorphism
В базе данных содержится информация об SNP, микросателлитах и маленьких делециях и инсерциях. Имеются данные о популяционной частоте и генотипировании SNP, условия экспериментов, а также о картированных SNP как нейтральных, так и значимых.
SRA – Sequence Read
Achieve
В базе данных содержится информация нуклеотидных последовательностях, полученных с использованием новых технологий, таких как Solid, Illumina и других.
Structure
В базе данных содержатся экспериментальные данные о белках, полученные с использованием кристаллографических подходов и NMR.
Taxonomy
В базе данных содержатся данные о названии и филогенетических связях более чем 160 000 организмов, на основе молекулярных данных.
UniSTS
Пополняемая база данных о STS (Sequence Tagged Sites), которая основана на данных, полученных при STS-картировании и других экспериментах. Для STSs прописаны пары праймеров, а также имеется дополнительная
информация, такая как геномная локализация, гены и последовательности