Лекция_2_БИ_М_2014
.pdfОсновы биоинформатики
Д.б.н. Голденкова-Павлова Ирина Васильевна
irengold58@gmail.com
Биоинформатика: как она возникла?
В конце 1970-х годов был изобретён относительно быстрый и дешёвый метод экспериментального определения последовательности оснований в ДНК
(Метод Ф. Сэнгера, Ф. Максама и В. Гильберта)
...TGCCACAAATCAC...
выделение секвенирование
Организм |
ДНК «в пробирке» |
Последовательность |
В 1978 г. было опубликовано 200 статей, описывающих
секвенированные нуклеотидных последовательности
gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa
Важное событие в развитии биоинформатики
Для хранения все возрастающей информации о последовательностях ДНК в 1982 году был основан
GenBank
GenBank — хранилище последовательностей нуклеиновых кислот в
виде компьютерных файлов
Важный этап развития биоинформатики
1996 год: сформулированы
«Бермудские принципы» (названы по месту проведения конференции)
Все данные, даже по небольшим участкам геномов, должны помещаться в банки данных и быть доступны для всех желающих.
Объекты исследований биоинформатики
-ДНК – последовательность нуклеотидов,
-РНК,
-Белки – последовательность аминокислот
What is Bio-Informatics ?
Компьютерные методы для понимания биологических данных
Данные, получаемые лабораториями и хранимые в базах данных
Новые знания
Bio-Informatics
Алгоритмы и методы
Goal: Возможность открытия новых биологических акономерностей и создание глобальных перспектив для наук о жизни
Исходя из этого…
§Экспериментаторы работают на биоинформатиковJ
§Но и биоинформатика может дать многое экспериментатору, нужно только…
§Быть любознательным и не бояться нового…J
Биоинформатика для экспериментаторов
-Источники информации и базы данных в Интернете
-Возможность поиска нужной информации
-Возможность анализа полученных экспериментальных данных