Лекция_2_БИ_М_2014

Conserved Domains

В базе данных представлены выравненные последовательности и профили доменов белков, которые эволюционно консервативны, а также выравненные последовательности доменов белков с установленной трехмерной структурой.

dbVAR (Database Genomic Structural Variation)

В базе данных представлены данные о значительных перестройках в геномах: делеции, инсерции, транслокации и инверсии, а также о взаимосвязи некоторых вариаций с проявлением определенного фенотипа

Epigenomics

В базе данных представлены данные о модификациях хроматина (модификации гистонов, метилирование ДНК) в различных типах клеток, которые приводят к изменению экспрессии генов. Данные этой базы, в том числе, представлены графически.

EST (Expressed Sequence

Tag)

В базе данных представлены последовательности из других баз данных. Можно использовать как каталог экспрессирующихся генов в разных органах, тканях или типах клеток либо общих для определенного вида, по сравнению с уровнем экспрессии генов «домашнего хозяйства»

Gene

В базе данных представлены последовательности генов, в основном, из организмов, геномы которых сексенированы полностью или частично. База данных позволяет проводить поиск необходимого гена.

Информация о генах включает следующее: последовательность, номенклатуру, локализацию в хромосоме, описание продукта гена и его свойства (например, взаимодействия), о потенциальном использовании как маркера, проявляемом фенотипе, гомологах, профиля экспрессии и др.

Genome

В базе данных представлены последовательности и карты геномов из более 1000 видов и штаммов, в том числе и как полностью определенные, и те, которые в настоящее время секвенируют.

Представлены геномы: всех трех царств: прокариоты, эукариоты и археи, а также множества вирусов, фагов, вироидов, органелл и плазмид.

Genome Project

В базе данных собраны данные о полностью секвенирванных и еще секвенирующихся геномов клеточных организмов, включая аннотацию, данные о картировании, и сборке.

База данных организована как обзор по геному каждого организма.

Geo Datasets

В базе данных хранятся курируемые данные об экспрессии генов и молекулярных механизмах, полученных при использовании микрочиповых технологий.

HomoloGene

В базе данных содержаться данные автоматически образованного спектра гомологичных генов и их соответствующих мРНК, геномных и белковых последовательностях исследуемого эукариотического организма.

При анализе показаны гомологичные гены из других организмов, на основе автоматического анализа последовательностей.

Nucleotide

Содержит нуклеотидные последовательности из различных баз данных с аннотациями, возможно получить белковую последовательность, если таковая имеется.