Лекция_3_БИ_М_2014
.pdf
BLAST terminology |
sequence list: |
|
|
|
Hits/subject |
blast |
output |
query sequence |
|
target |
|
|
database |
information about |
|
(GenBank/ |
|
|
SwissProt) |
input query sequence, e.g., |
|
|
function |
61 |
The aim of a database (blast) search is to discover sequence homology on basis of sequence similarity
BLAST returns similar sequences, not necessarily biological similar sequences
Какую программу BLAST
выбрать?
Программа |
Query |
Тип БД |
Сравнивает |
Blastn |
ДНК |
ДНК |
ДНК |
Blastp |
белок |
белок |
белки |
Blastx |
ДНК |
белок |
белки |
Tblastn |
белок |
ДНК |
белки |
Tblastx |
ДНК |
ДНК |
белки |
Choose the BLAST program
Program Input |
Database |
|
blastn |
DNA |
1 |
DNA |
||
blastp |
protein |
1 |
protein |
||
blastx |
DNA |
6 |
protein |
||
tblastn |
protein |
6 |
DNA |
||
tblastx |
DNA |
36 |
DNA |
||
ДНК потенциально кодирует ШЕСТЬ белков
5’ CAT CAA
5’ ATC AAC
5’ TCA ACT
5’ CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3’
3’ GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5’
5’ GTG GGT
5’ TGG GTA
5’ GGG TAG
BLAST
Подробно будем разбираться на следующих занятиях
Примеры применения выравнивания
Белки
Рассмотрим на второй паре
Примеры применения выравнивания
Молекулярный филогенез
Филогенез
Эволюция – случайный процесс с неслучайным результатом
Предположение: жизнь - монофилетична
Любые два организма имеют общего предка в прошлом
ancestor
descendant 1 |
descendant 2 |