Лекция_3_БИ_М_2014
.pdf
Промотор
Это используется при создании экспрессионных векторов для бактерий,
которые необходимы для наработки целевых белков в бактериях!!!
Трансляция = матричный синтез белка
Генетический код – соответствие нуклеотидной последовательности аминокислотной
§триплетный
§неперекрывающийся
§вырожденный
Где начинается трансляция?
прокариоты
dnaN |
ACATTATCCGTTAGGAGGATAAAAATG |
gyrA |
GTGATACTTCAGGGAGGTTTTTTAATG |
serS |
TCAATAAAAAAAGGAGTGTTTCGCATG |
bofA |
CAAGCGAAGGAGATGAGAAGATTCATG |
csfB |
GCTAACTGTACGGAGGTGGAGAAGATG |
xpaC |
ATAGACACAGGAGTCGATTATCTCATG |
metS |
ACATTCTGATTAGGAGGTTTCAAGATG |
gcaD |
AAAAGGGATATTGGAGGCCAATAAATG |
spoVC |
TATGTGACTAAGGGAGGATTCGCCATG |
ftsH |
GCTTACTGTGGGAGGAGGTAAGGAATG |
pabB |
AAAGAAAATAGAGGAATGATACAAATG |
rplJ |
CAAGAATCTACAGGAGGTGTAACCATG |
tufA |
AAAGCTCTTAAGGAGGATTTTAGAATG |
rpsJ |
TGTAGGCGAAAAGGAGGGAAAATAATG |
rpoA |
CGTTTTGAAGGAGGGTTTTAAGTAATG |
rplM |
AGATCATTTAGGAGGGGAAATTCAATG |
Где начинается трансляция? прокариоты
dnaN |
ACATTATCCGTTAGGAGGATAAAAATG |
gyrA |
GTGATACTTCAGGGAGGTTTTTTAATG |
serS |
TCAATAAAAAAAGGAGTGTTTCGCATG |
bofA |
CAAGCGAAGGAGATGAGAAGATTCATG |
csfB |
GCTAACTGTACGGAGGTGGAGAAGATG |
xpaC |
ATAGACACAGGAGTCGATTATCTCATG |
metS |
ACATTCTGATTAGGAGGTTTCAAGATG |
gcaD |
AAAAGGGATATTGGAGGCCAATAAATG |
spoVC |
TATGTGACTAAGGGAGGATTCGCCATG |
ftsH |
GCTTACTGTGGGAGGAGGTAAGGAATG |
pabB |
AAAGAAAATAGAGGAATGATACAAATG |
rplJ |
CAAGAATCTACAGGAGGTGTAACCATG |
tufA |
AAAGCTCTTAAGGAGGATTTTAGAATG |
rpsJ |
TGTAGGCGAAAAGGAGGGAAAATAATG |
rpoA |
CGTTTTGAAGGAGGGTTTTAAGTAATG |
rplM |
AGATCATTTAGGAGGGGAAATTCAATG |
|
Последовательность Шайна-Дальгарно (SD) |
Последовательность Шайна-Дальгарно
Используется при создании экспрессионных векторов для бактерий, которые необходимы для эффективной наработки
целевых белков в бактериях!!!
Гомологичные последовательности – последовательности, имеющие общее происхождение (общего предка)
Признаки гомологичности белков
§сходная 3D-структура
§в той или иной степени похожая аминокислотная последовательность
§аналогичная функция
§разные другие соображения…
Определение: гомология
Гомологичными называют
сопоставимые части сравниваемых биологических объектов
Гомология в биологии
Сходство последовательностей,
связанное с происхождением от общего
предка. ala gly glu asp asp glu asp gly ala glu asp glu
Поиск гомологов
По ДНК или по белку?
Какой поиск предпочтительней?
ДНК или белок?
Какая последовательность более постоянна в эволюционном плане?
UCAUAC
Or
Serine -Tyrosine
BLAST – Basic Local
Alignment and Search Tool
üЛокальное выравнивание
üГлавная задача – поиск похожих последовательностей в базах данных (=> главное достоинство – скорость)
üОчень неточно восстанавливает сходство
üОсновная программа поиска по БД
üДля специализированных БД часто предлагается на сайте БД
üДля поиска среди известных последовательностей есть специальные сервера