Лекция_3_БИ_М_2014
.pdf
Поиск сходных последовательностей:
1.Первый шаг: выравнивание двух или более последовательностей.
2.Результат поиска – список последовательностей из БД, с которыми может быть выровнена исходная последовательность. Список отсортирован по уровню меры сходства.
Поиск сходных последовательностей:
1.Пример – поиск гена, похожего на заданный. Найденный сходный ген может дать дополнительную информацию о возможной функции.
2.Пример – последовательность с известной функцией ищется в геноме другого организма (поиск гомологов).
Поиск должен быть быстры и чувствительным!!!
Определение
Выравнивание (alignment) – сравнение двух (парный) или нескольких (множественный) последовательностей. Поиск серий идентичных символов в последовательностях
Выравнивания – методы сравнения
§Глобальное выравнивание – находит лучшее решение для целых последовательностей.
§Локальное выравнивание – находит похожие районы в двух последовательностях.
Глобальное |
Локальное |
_____ _______ |
__ ____ |
__ ____ ____ |
__ ____ |
Почему нас интересует локальное сходство последовательностей?
Мы верим, что:
1.функцию, структуру и многие другие свойства белка/ДНК определяет
последовательность;
2.родственные белки имеют похожие свойства
Þмолекулы, похожие по последовательности, похожи и по свойствам
Т.о. свойства можно предсказать, анализируя изученные последовательности, похожие на данную
Примеры применения выравнивания
Знаки препинания на ДНК
§Начало транскрипции – промотор
§Конец транскрипции – терминатор
Промоторы
•recA cgttgatactgtatgagcatacagtataatgcta
•rpsL attgacaccttttcggcatcgccctaaaatctga
•aroF tgttgaaaactttactttatgtgttatcgtggca
•lpdA ttttaaaaattgttaacaattttgtaaaatagta
•cyoA tttacagtaatgtaaccttcccgtaaaatgtcac
•uvrD aattggcatctctgacctcgctgatataatacct
•atpI gttgaaatcacgggggcgcaccgtataatttagg
•tonB ttgaatatgattgctatttgcatttaaaatgcat
•rpsU tttacaaagcagcagcaattgcagtaaaattata
•cirA cttgataattgttatcgtttgcattatcgtggtg
•fur ttttcatttaggcgtggcaattctataatttatg
•ampC attgtcacgctgattggtgtcgttacaatgacac
•uvrB gtgatgaactgtttttttatccagtataatgaac
•argC cttgacacacctctggtcatgatagtatgagtgt
•rpmH cttgactccggagtgtacaattattacaatctgt
•rplT gttaacgtttttaactttttaattagaatgtcac
•gyrA tttacctcaaactgcgcggctgtgttataatgca
Промоторы
•recA |
|
---gagcatacagtataat |
|
•rpsL |
ttgacaccttttc--ggcatcgccctaaaat |
||
•aroF |
|
---ctttatgtgttatcgt |
|
•lpdAГилбертtttaaaaattgtt-бокс |
--aacaattttgtaaaatПрибноу-бокс |
||
•cyoA |
tttacagtaatgt--aaccttcccgtaaaat(-10) |
||
•uvrD |
(-35) |
---acctcgctgatataat |
|
•atpI |
|
---gggcgcaccgtataat |
|
•tonB |
ttgaatatgattgc-tatttgcatttaaaat |
||
•rpsU |
tttacaaagcagca-gcaattgcagtaaaat |
||
•cirA |
ttgataattgtta--tcgtttgcattatcgt |
||
•fur |
ttttcatttaggc--gtggcaattctataat |
||
•ampC |
|
---ttggtgtcgttacaat |
|
•uvrB |
gtgatgaactgttt-ttttatccagtataat |
||
•argC |
|
----ctggtcatgatagtat |
|
•rpmH |
ttgactccggagt--gtacaattattacaat |
||
•rplT |
|
---actttttaattagaat |
|
•gyrA |
tttacctcaaactgcgcggctgtgttataat |
||
Промотор