Лекция_3_БИ_М_2014

Новые экспериментально-аналитические области исследований

МЕТОДЫ:

ИНТЕГРАТИВНЫЕ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ ПОДХОДЫ: транскриптомика, протеомика, метаболомика, клеточная биология и др.

БИОИНФОРМАТИКА:

компьютерная интеграция экспериментальных данных, получаемых аналитическими методами молекулярной биологии, математическое моделирование молекулярно-генетических процессов.

Методы компьютерной науки – решающие!

•Новые технологии создают огромное количество данных.

•Невозможно анализировать данные вручную.

•Новые математические, статистические, компьютерные технологии и алгоритмы – необходимы!

•Имеет дело с анализом биологической информации: гены, геномы, белки, клетки.

•Используемые термины: Bioinformatics, Computational biology.

Инструменты

биоинформатики

Основу биоинформатики составляют сравнения.

Задачи:

1. Найти отличия:

Задачи:

2. Найти общее (сходство):

Задачи:

3. Найти чем отличаются:

Основу биоинформатики составляют сравнения.

Если есть последовательность, для которой имеются экспериментальные данные, и известны функции ее белкового продукта, и другая, похожая на нее последовательность, мы можем предположить, что эти последовательности выполняют сходные функции.

Это задача поиска сходства последовательностей

gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa

Возможные вопросы:

1.Можно определить из какого организма эта ДНК?

2.Отличается ли эта последовательность от другой последовательности этого организма?

3.Какие параметры характеризуют эту последовательность?

4.Последовательность кодирует белок? Транспозон? Регулятор?