Лекция_3_БИ_М_2014
.pdf
Окружение стартового кодона
Консенсусная последовательность Козак
Изменение уровня экспрессии репортерного гена в зависимости от окружения AUG кодона
|
|
|
Уровни экспрессии, % |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Изменение в положении -3 |
G--AUGG |
|
|
|
|
|
|
C--AUGG |
|
|
|
|
|
Уровни экспрессии, % |
T--AUGG |
|
|
|
|
|
|
A--AUGG |
|
|
|
|
|
|
0 |
20 |
40 |
60 |
80 |
100 |
120 |
|
|
|
Уровни экспрессии, % |
|
|
|
A--AUGC |
|
|
|
|
|
Изменение в положении +1 |
|
|
|
|
|
|
|
A--AUGT |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Уровни экспрессии, % |
A--AUGA |
|
|
|
|
|
|
A--AUGG |
|
|
|
|
|
|
0 |
20 |
40 |
60 |
80 |
100 |
120 |
Частота кодонов
Роль кодового с става
Универсальный генетический код
|
A |
|
T |
|
G |
|
|
C |
||||
A |
AAA |
|
lys |
ATA |
|
Ile |
AGA |
|
Arg |
ACA |
|
Thr |
|
AAT |
|
Asn |
ATT |
|
Ile |
AGT |
|
Ser |
ACT |
|
Thr |
|
AAG |
|
Lys |
ATG |
|
Met |
AGG |
|
Arg |
ACG |
|
Thr |
|
AAC |
|
Asn |
ATC |
|
Ile |
AGC |
|
Ser |
ACC |
|
Thr |
T |
TAA |
|
*** |
TTA |
|
Leu |
TGA |
|
*** |
TCA |
|
Ser |
|
TAT |
|
Tyr |
TTT |
|
Phe |
TGT |
|
Cys |
TCT |
|
Ser |
|
TAG |
|
*** |
TTG |
|
Leu |
TGG |
|
Trp |
TCG |
|
Ser |
|
TAC |
|
Tyr |
TTC |
|
Phe |
TGC |
|
Cys |
TCC |
|
Ser |
G |
GAA |
|
Glu |
GTA |
|
Val |
GGA |
|
Gly |
GCA |
|
Ala |
|
GAT |
|
Asp |
GTT |
|
Val |
GGT |
|
Gly |
GCT |
|
Ala |
|
GAG |
|
Glu |
GTG |
|
Val |
GGG |
|
Gly |
GCG |
|
Ala |
|
GAC |
|
Asp |
GTC |
|
Val |
GGC |
|
Gly |
GCC |
|
Ala |
C |
CAA |
|
Gln |
CTA |
|
Leu |
CGA |
|
Arg |
CCA |
|
Pro |
|
CAT |
|
His |
CTT |
|
Leu |
CGT |
|
Arg |
CCT |
|
Pro |
|
CAG |
|
Gln |
CTG |
|
Leu |
CGG |
|
Arg |
CCG |
|
Pro |
|
CAC |
|
His |
CTC |
|
Leu |
CGC |
|
Arg |
CCC |
|
Pro |
Стохастическое моделирование процесса трансляции
|
|
available the next codon |
|
|
|
on the ribosome |
|
мРНК |
|
|
3’ |
5’ |
AUG |
GGCAGTAGGGGTGGAGTA |
UAA |
|
|
да |
|
|
Initiation |
|
Termination |
|
of translation |
|
of translation |
Скорость прохождения кодона рибосомой;
Различия в частоте встречаемости кодонов у представителей различных таксонов
H.sapiens
A.thaliana
Стохастическое моделирование процесса трансляции мРНК At3g53020 Arabidopsis thaliana .
25-й кодон CGA (кодирующий аргинин) заменен на самый "медленный" синонимичный кодон CGC. Скорость прохождения кодона рибосомой резко уменьшилась.
Sffce Скорость прохождения кодона рибосомой;
Время, в течение которого кодон занят рибосомой
Время, проводимое рибосомой на кодоне из-за торможения впереди расположенными рибосомами
cga
cgc
25
Стохастическое моделирование процесса трансляции мРНК At3g53020 Arabidopsis thaliana .
25-й кодон CGA (кодирующий аргинин) заменен на самый "быстрый" синонимичный кодон АGA. Скорость прохождения кодона рибосомой увеличилась.
Sffce Скорость прохождения кодона рибосомой;
Время, в течение которого кодон занят рибосомой
Время, проводимое рибосомой на кодоне из-за торможения впереди расположенными рибосомами
cga
aga
25
pVIGG-T and codon composition
Целевые гены с нативным (epo и int ) и модифицированным (em и im ) кодоновым составом